폐업 시 잔존재화 부가가치세와 사업양도 예외

전환 세금 3가지

과세사업자가 폐업할 때 매입세액을 공제받은 재화가 사업장에 남아 있으면 부가가치세법 제10조제6항에 따라 자기에게 공급한 것으로 보아 폐업일을 공급시기로 부가가치세를 내야 하고 감가상각자산은 부가가치세법 시행령 제66조에 따라 경과한 과세기간 수만큼 줄인 금액이 공급가액이 됩니다.

과세 대상이 되는 남은 재화

부가가치세법 제10조제6항은 사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화를 자기에게 공급하는 것으로 보며 같은 조 제1항 각 호는 자기생산·취득재화를 매입세액이 공제된 재화와 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화 등으로 정합니다. 그러므로 면세사업자에게서 산 물품이나 세금계산서 없이 취득해 매입세액을 공제받지 않은 재화는 폐업할 때 과세되지 않습니다. 매입세액을 공제받은 재고자산·비품·화물차·건물은 폐업일에 남아 있는 이상 과세 대상에 들어갑니다.

폐업일과 세금계산서

부가가치세법 시행령 제28조제4항은 부가가치세법 제10조제6항에 따라 재화의 공급으로 보는 경우의 공급시기를 부가가치세법 시행령 제7조에 따른 폐업일로 정하고 부가가치세법 시행령 제7조제1항제3호는 폐업일을 사업장별로 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 하되 그 날이 분명하지 않으면 폐업신고서 접수일로 합니다. 부가가치세법 시행령 제71조제1항제3호는 부가가치세법 제10조제6항의 재화를 세금계산서 발급의무 면제 대상으로 정하므로 잔존재화는 세금계산서를 발급하지 않고 폐업 확정신고의 과세표준에 넣어 신고합니다.

공급가액 계산

부가가치세법 제29조제3항제3호는 폐업하는 경우의 공급가액을 폐업 시 남아 있는 재화의 시가로 정하지만 같은 조 제11항은 그 재화가 감가상각자산이면 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 금액을 공급가액으로 하며 부가가치세법 시행령 제66조제2항이 그 계산식을 정합니다.

부가가치세법 시행령 제66조제4항은 취득가액을 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액으로 하고 같은 조 제5항은 과세기간 개시일 뒤에 취득하거나 공급으로 보게 되는 경우 그 과세기간 개시일에 취득하거나 공급한 것으로 보므로 경과된 과세기간 수는 취득한 과세기간의 개시일부터 폐업한 과세기간의 개시일까지를 과세기간 단위로 셉니다. 그 밖의 감가상각자산은 경과된 과세기간 수가 4에 이르면 공급가액이 0원입니다.

위 표는 2026년 9월에 폐업한다고 가정한 계산입니다. 국세청은 법인이 사업의 포괄양수도로 취득한 건물을 지점 사업장으로 쓰다가 그 지점을 폐업하는 경우 폐업 시 잔존재화로 부가가치세가 과세되며 공급가액을 계산할 때 경과된 과세기간 수는 양도자의 취득일을 기준으로 한다고 회신했습니다(서면-2020-법령해석부가-2141, 2020. 6. 26.).

사업양도 예외와 폐업 전 양도

부가가치세법 제10조제9항제2호와 부가가치세법 시행령 제23조는 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업양도를 재화의 공급으로 보지 않으며 미수금·미지급금과 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등으로서 재정경제부령으로 정하는 것은 빼고 승계해도 포괄적 승계로 봅니다. 사업양도로 자산이 모두 법인에 넘어가면 폐업 시점에 남은 재화가 없어 잔존재화 과세가 생기지 않으며 양수 법인이 나중에 폐업하면 그 재화는 부가가치세법 제10조제1항제2호에 따라 자기생산·취득재화로서 다시 과세 대상이 됩니다. 다만 양수자가 부가가치세법 제52조제4항에 따라 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 납부한 경우는 사업양도 예외에서 빠집니다.

사업양도 요건을 갖추지 못한 채 법인에 자산을 넘기는 경우에는 넘기는 시점이 폐업일 전인지 뒤인지에 따라 과세 방식이 달라집니다. 국세청은 임대업자가 폐업 전에 임대용 부동산을 양도하면 매각대금을 공급가액으로 하고 사실상 폐업일 이후에 양도한 건물은 폐업 시 잔존재화로서 부가가치세법 시행령 제66조에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 회신했습니다(서면-2017-부가-0730, 2017. 3. 27.). 폐업일 전에 세금계산서를 발급하고 공급해야 전환 법인이 그 세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있으므로 폐업일을 정하기 전에 매입세액을 공제받은 자산 목록을 취득일·취득가액과 함께 뽑아 사업양도 대상, 폐업 전 양도 대상, 잔존재화 신고 대상으로 나누어 두세요.

관련 서비스 · 법인전환(설립)전문센터

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 국세청 회신은 해당 사실관계에 대한 판단이며 계산 예시의 수치는 설명을 위한 가정입니다.

회계법인 리파인드는 세무·회계·재무에서 승계까지 함께 맡습니다. 상담 신청 · 02-516-3830