원장님이 진료에 집중하는 동안에도
세무와 회계의 결정은 쌓여갑니다

수입금액이 일정 기준을 넘으면 종합소득세 신고 전에 세무대리인의 성실신고확인 절차를 거치게 됩니다. 장부와 증빙의 정합성을 더 촘촘히 검증받게 되고, 신고 기한과 절차도 일반 신고와 달라집니다. 준비 없이 맞으면 부담이 크지만, 평소 장부 관리가 되어 있다면 크게 어렵지 않습니다. 대상 여부와 준비 사항은 상담에서 함께 확인해 드립니다.

핵심은 개원 전에 지분·손익 배분·정산 기준을 문서로 합의해 두는 일입니다. 매출 기여, 투자 비율, 근무 형태에 따라 합리적인 배분 구조는 달라집니다. 이미 운영 중이라도 정산 기준을 다시 세워 합의할 수 있습니다. 리파인드는 세무·회계 관점에서 배분 구조와 정산 절차를 설계하고, 필요한 경우 관련 전문가와의 협업을 조율합니다.

봉직의는 근로소득자로서 병원이 원천징수와 연말정산을 처리하지만, 개원의는 사업소득자로서 장부 기록과 종합소득세 신고를 스스로 책임지게 됩니다. 비용 인정 범위, 4대보험 부담, 신고 절차가 모두 달라집니다. 소득 규모가 커질수록 구조 설계의 영향도 커지므로, 개원 전에 달라지는 항목을 미리 계산해 보는 것이 좋습니다. 개원 준비 상담에서 함께 검토해 드립니다.

일률적인 답은 없습니다. 초기 자금 여력, 장비의 사용 기간, 비용 처리 방식, 개원 시점의 현금흐름에 따라 유불리가 달라집니다. 같은 장비라도 병원의 상황에 따라 결론이 반대가 되기도 합니다. 리파인드는 두 방식의 현금흐름과 비용 처리를 숫자로 비교해 판단의 근거를 드립니다.

기본은 평소의 장부와 증빙을 신고 내용과 일치하게 관리하는 일입니다. 병의원은 매출과 비용 처리에 대한 검증이 이루어지는 업종이므로, 신고 전 사전 점검이 중요합니다. 리파인드는 장부·증빙·신고 이력을 정기적으로 점검해 쟁점을 미리 정리합니다. 조사가 시작된 경우에는 세무조사 대응 절차에 따라 함께 진행합니다.

다른 업종과 전제가 다릅니다. 의료법 제33조 제2항은 의료기관을 개설할 수 있는 주체를 의사 개인과 의료법인, 민법·특별법에 따라 설립된 비영리법인 등으로 한정하고 있어, 일반 주식회사를 세워 의원을 운영하는 방식은 허용되지 않습니다. 실무에서 거론되는 경영지원회사(MSO)는 의료기관이 아니라 구매·인사·마케팅 등 경영 지원 업무를 맡는 별도 법인이며, 용역의 실질과 대가의 적정성이 뒷받침되지 않으면 세무상 쟁점이 됩니다. 소득 구조를 정리하는 방법은 개원 형태 외에도 여러 갈래가 있으므로, 법인 여부부터 단정하기보다 현재의 소득 규모와 자산 계획을 함께 놓고 봐야 합니다.

진료 목적의 의료용역은 부가가치세가 면세되지만, 미용 목적의 시술처럼 부가가치세법이 정한 항목은 과세 대상입니다. 과세 진료와 면세 진료가 함께 있는 병의원은 과세사업자로 등록해 부가가치세를 신고하고, 두 진료에 공통으로 쓰인 매입세액은 정해진 기준에 따라 안분해야 합니다. 진료 항목의 구분이 모호한 채로 수납이 쌓이면 신고 이후 쟁점이 되기 쉬우므로, 수납 단계에서부터 항목을 나누어 기록하는 편이 안전합니다. 진료과와 시술 구성에 따라 판단이 달라지므로 개별 확인이 필요합니다.

의료업이 속한 보건업은 직전 과세기간 수입금액이 5억원 이상이면 성실신고확인 대상이 됩니다. 대상이 되면 종합소득세 신고 전에 세무대리인이 장부와 증빙의 적정성을 확인한 성실신고확인서를 함께 제출하게 되고, 신고·납부 기한은 5월 31일에서 6월 30일까지로 연장됩니다. 확인 과정에서 비용의 증빙 요건을 더 촘촘히 보게 되므로, 5월에 몰아서 준비하기보다 연중 장부에서 정리해 두는 편이 부담이 적습니다. 성실신고확인비용 세액공제처럼 대상자에게 적용되는 제도도 함께 확인합니다.

개원에 들어간 인테리어와 장비는 지출한 해에 전액 비용이 되는 것이 아니라, 자산으로 계상한 뒤 정해진 내용연수에 걸쳐 감가상각으로 나누어 비용 처리하는 것이 원칙입니다. 임차한 건물에 시설한 인테리어는 임차 기간과의 관계도 함께 봅니다. 투자 규모와 시기에 따라 적용 가능한 공제·감면 제도가 달라질 수 있으므로, 계약 전에 처리 방식을 정해 두면 개원 첫해의 세부담 예측이 달라집니다. 견적 단계에서 상담을 주시면 자금 계획과 함께 검토해 드립니다.

지급 형식이 아니라 실질로 판정됩니다. 근무 시간과 장소가 정해져 있고 병원의 지휘·감독을 받는 형태라면 근로소득으로 보아 원천징수와 4대보험을 적용하는 것이 원칙이고, 오래된 관행에 따라 사업소득으로 처리해 온 경우는 세무조사에서 쟁점이 되기 쉽습니다. 계약서의 명칭보다 실제 근무 형태가 기준이므로, 채용 단계에서 근무 조건과 소득 구분을 맞춰 두는 것이 안전합니다. 이미 지급이 누적된 경우에는 정리 방법과 시점을 함께 검토합니다.

의료업은 현금영수증 의무발행업종이어서 건당 10만원 이상 거래는 환자가 요구하지 않아도 발급해야 하며, 미발급은 가산세 사유가 됩니다. 카드 매출과 현금영수증, 요양급여 청구액, 그리고 장부의 수입금액이 서로 맞물리는지 정기적으로 대사해 두는 것이 관리의 기본입니다. 비급여 비중이 큰 진료과일수록 수납 시스템과 장부의 연결을 점검할 필요가 큽니다. 리파인드는 월 단위로 이 대사를 수행하고 차이가 생긴 원인을 정리해 보고합니다.

사안에 따라 다릅니다. 취득 시 취득세와 자금 조달 비용, 보유 기간의 감가상각과 이자, 처분 시점의 양도소득세까지 함께 놓고 비교해야 답이 나오고, 명의를 어디에 두느냐에 따라 결론이 달라지기도 합니다. 취득 자금의 출처와 대출 구조는 이후 검증에서 확인되는 항목이므로 취득 단계에서 정리해 두는 편이 좋습니다. 리파인드는 두 방식의 현금흐름과 세부담을 숫자로 비교해 판단 근거를 드립니다.

사업에 사용된 차입금의 이자는 원칙적으로 필요경비로 인정됩니다. 다만 사업과 무관한 자금 인출이 누적되어 부채가 사업용 자산을 넘어서면, 그 초과분에 대응하는 이자는 필요경비에서 제외됩니다. 대출금이 개인 자금과 섞이면 구분 자체가 어려워지므로, 개원 자금과 생활 자금의 계좌를 분리하는 것이 관리의 출발점입니다. 이미 섞여 있다면 정리 순서를 함께 설계합니다.

전화, 상담 신청 폼, 카카오톡 중 편한 채널로 문의하시면 일정을 잡아 드립니다. 첫 상담에서는 병원의 현황과 고민을 듣고, 검토가 필요한 쟁점과 진행 방식을 안내해 드립니다. 상담을 했다고 해서 수임 의무가 생기는 것은 아닙니다. 상담 내용은 공인회계사법상 비밀유지 의무에 따라 보호됩니다.

의료법 제33조 제2항은 의원을 개설할 수 있는 자를 의사·치과의사·한의사·조산사, 국가와 지방자치단체, 의료법인, 비영리법인 등으로 한정하고 있고, 같은 조 제8항은 의료인이 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없다고 정하고 있습니다. 경영지원회사가 구매·인사·전산 같은 비진료 업무를 용역으로 제공하는 것 자체를 법이 일률적으로 막고 있지는 않습니다. 다만 대법원은 의료법 제33조 제2항이 금지하는 개설행위를 "의료기관의 시설 및 인력의 충원·관리, 개설신고, 의료업의 시행, 필요한 자금의 조달, 그 운영성과의 귀속 등을 주도적인 입장에서 처리하는 것"으로 보아 왔습니다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2012다67368 판결). 구조의 이름이 아니라 실질을 봅니다. 회계법인 리파인드는 용역대가의 적정성과 특수관계자 거래에서 생기는 세무 리스크를 검토하며, 의료법 위반 여부에 대한 법률 판단과 계약서 작성은 해당 자격을 가진 제휴 전문가가 자신의 이름과 책임으로 직접 수행합니다.

복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일부터 6개월 이내에 사업용계좌를 사업장 관할 세무서장 또는 납세지 관할 세무서장에게 신고하도록 되어 있습니다(소득세법 제160조의5 제3항). 계좌를 변경하거나 추가할 때는 종합소득세 확정신고기한까지 신고하면 됩니다. 사용 의무를 어긴 경우의 가산세는 사업용계좌를 사용하지 않은 금액의 1천분의 2이고, 신고를 하지 않은 경우에는 수입금액에 미신고기간 비율을 곱한 금액과 대상 거래금액 합계액의 1천분의 2 중 큰 금액이 가산세가 됩니다(같은 법 제81조의8 제1항). 종합소득 산출세액이 없어도 붙습니다. 공동개원이라면 이 가산세도 각 원장의 손익분배비율에 따라 배분되므로(같은 법 제87조 제2항), 대표 원장 한 사람의 문제로 끝나지 않습니다. 2026년 8월 현재 시행 중인 조문 기준입니다.

요양기관이 심사평가원에 심사청구를 하면 심사 내용을 통보받은 공단이 그 내용에 따라 요양급여비용을 지급하는 구조여서(국민건강보험법 제47조 제2항·제3항), 입금은 진료보다 늦게 이루어집니다. 그런데 소득세법 제39조 제1항은 총수입금액의 귀속연도를 그 금액이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 정하고 있고, 용역 제공의 수입시기는 원칙적으로 용역의 제공을 완료한 날입니다(같은 법 시행령 제48조 제5호). 입금일이 기준은 아닙니다. 12월에 진료하고 이듬해 2월에 받은 금액도 일반적으로 진료가 이루어진 과세기간의 수입으로 보게 됩니다. 다만 심사 과정에서 삭감되거나 이의신청으로 뒤집히는 금액은 언제 확정된 것으로 볼지를 두고 다툼이 남는 영역이라, 미수금 명세를 진료월 단위로 남겨 두면 다툴 여지를 줄일 수 있습니다.

면세사업에 관련된 매입세액은 애초에 공제 대상이 아니고(부가가치세법 제39조 제1항 제7호), 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분해 계산합니다(같은 법 제40조, 시행령 제81조 제1항). 진료실과 시술실에 함께 쓰이는 인테리어가 대표적입니다. 예정신고 때는 그 기간의 비율로 안분하고 확정신고 때 정산하며, 해당 과세기간의 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액 전액을 공제하되 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다(시행령 제81조 제2항 제1호, 2026년 2월 27일 시행 기준). 건물이나 구축물을 신축·취득하면서 과세·면세 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에는 면적 기준을 먼저 적용하도록 되어 있습니다(같은 조 제4항 단서). 결국 개원 공사 단계에서 과세 진료 비중을 어떻게 설계하고 자료로 남겼는지가 실제 공제액을 갈라놓습니다.

공동사업장은 그 장소를 1거주자로 보아 소득금액을 계산하고, 계산된 소득금액은 약정한 손익분배비율(약정이 없으면 지분비율)에 따라 각 공동사업자에게 분배됩니다(소득세법 제43조 제1항·제2항). 사업자등록을 할 때 공동사업자와 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분·출자명세를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하도록 되어 있고(같은 법 제87조 제4항), 신고한 내용에 변동이 생기면 대표공동사업자가 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 종료일부터 15일 이내에 변동 내용을 신고하게 되어 있습니다(같은 법 시행령 제150조 제4항). 원장들 사이에 특수관계가 있으면서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등의 사유가 인정되면, 그 특수관계인의 소득금액을 손익분배비율이 큰 주된 공동사업자의 소득으로 보는 규정도 있습니다(같은 법 제43조 제3항). 합의서만 새로 쓰고 신고를 미루면, 바꾸기 전 비율로 분배된 상태가 그대로 남습니다.

사업소득의 필요경비는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것을 말하므로(소득세법 제27조 제1항), 진료 수입을 위해 지출한 광고비는 성격상 여기에 들어갑니다. 증빙이 관건입니다. 세무와 별개로, 신문·인터넷신문·정기간행물, 현수막과 벽보·전단, 전광판, 대통령령으로 정하는 인터넷 매체 등을 이용한 의료광고는 미리 자율심의기구의 심의를 받도록 되어 있고, 그 심의의 유효기간은 승인받은 날부터 3년입니다(의료법 제57조 제1항·제8항). 유효기간이 지난 뒤에도 계속 광고하려면 만료 6개월 전에 다시 심의를 신청하게 되어 있습니다(같은 조 제9항, 2026년 8월 현재 시행 조문). 광고 문구가 의료법 제56조가 정한 금지 대상에 해당하는지에 대한 판단은 자율심의기구와 해당 분야 전문가의 몫이고, 회계법인 리파인드는 지출의 필요경비 요건과 증빙을 세무·회계 관점에서 검토합니다.