[상담사례] 근무 형태가 뒤섞인 회사, 고용 세액공제를 다시 계산했습니다

신고가 틀린 것이 아니라, 보수적으로 되어 있었습니다.

요건 판단이 애매할 때 대리인은 낮은 쪽을 택합니다. 그 선택이 몇 해 쌓이면 적지 않은 금액이 됩니다.

1. Client 상황

정보통신업을 영위하는 서울 소재 중기업이었습니다. 단기간 근무와 장·단기 계약, 유연근무가 섞여 있어 상시근로자 수를 어떻게 세느냐에 따라 연도별 인원이 달라지는 구조였습니다.

2. 핵심 쟁점

• 근무 형태가 혼재된 조직의 상시근로자 수 산정 기준
• 고용 관련 세액공제가 보수적으로만 적용되어 온 점
• 중기업이라는 이유로 검토되지 않은 세액감면 특례의 적용 여부

3. 리파인드의 접근

연도별 근로자 명부를 근무 형태별로 나누어 상시근로자 수를 다시 산정했습니다. 그 위에서 고용 관련 세액공제를 재계산하고, 일반적인 중소기업 세액감면 대신 이 법인에 적용 가능한 특례 규정이 있는지를 조문 단위로 확인했습니다. 고용도 지출도 이미 있었고, 빠져 있던 것은 그것을 공제로 연결하는 근거였습니다.

4. 결과

경정청구가 인용되어 과거 납부한 법인세 중 3억 원대를 환급받았고, 이후 연도에 사용할 수 있는 이월세액공제도 3억 원대를 추가로 확보했습니다.

5. 남기는 말

애매한 요건을 낮은 쪽으로 신고한 것 자체는 잘못이 아닙니다. 다만 되돌릴 수 있는 기간은 5년입니다.

본 사례는 회계법인 리파인드가 수행한 실제 자문 경험을 바탕으로 하되, 고객 식별을 방지하기 위해 업종·규모·구성을 각색·재구성한 것입니다. 개별 사안의 결과는 사실관계와 법령에 따라 달라지며, 동일한 결과를 보장하지 않습니다.