병의원 미용 목적 진료의 부가가치세 과세 범위

병·의원 세무

의사가 제공하는 진료용역은 부가가치세법 제26조 제1항 제5호에 따라 면세되지만 요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 가목과 나목에 열거된 성형수술과 피부 관련 시술은 면세 범위에서 제외되어 부가가치세법 제30조에 따른 10퍼센트 세율로 과세됩니다.

과세 대상 진료의 요건

부가가치세법 시행령 제35조 제1호 본문은 의료법에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사와 간호법에 따른 간호사가 제공하는 용역을 면세하는 의료보건 용역으로 정하고 단서에서 국민건강보험법 제41조 제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 진료용역 중 가목과 나목에 해당하는 것을 면세 범위에서 제외하고 있으므로 과세 여부는 그 진료가 비급여인지와 가목·나목의 열거 항목에 해당하는지를 함께 따져 정합니다.

치료 목적 수술의 판단 기준

국세청은 비염 치료를 목적으로 한 코 수술의 면세 여부를 묻는 자문에 미용 목적 성형수술은 부가가치세가 과세된다고 하면서 해당 진료용역이 어느 쪽에 해당하는지는 시술의 목적과 방법 등 제반 사실관계를 종합해 판단할 사항이라고 회신했습니다(기준-2021-법령해석부가-0012, 2021. 2. 9.). 같은 명칭의 수술이라도 요양급여 대상으로 시행된 진료는 단서의 요건을 갖추지 못하므로 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 본문에 따라 면세됩니다.

열거 항목의 범위를 다룬 결정례

지방이식술

2011년 제2기 과세기간에 지방이식술 수입을 면세로 신고한 성형외과 사안에서 처분청은 주름 개선 효과가 있다는 이유로 주름살제거술에 포함해 과세했으나 조세심판원은 당시 시행령이 비급여 성형시술 가운데 다섯 가지만 과세 대상으로 정했던 입법 경위를 들어 과세 범위를 확장해 해석할 수 없고 자가지방을 이식하는 시술은 주름살제거술과 시술 방법이 다르다며 과세를 취소했습니다(조심-2013-서-1653, 2014. 1. 15.).

스컬트라와 필러, 코필러

과세 범위가 확대된 2014년 2월 1일 이전에 스컬트라 시술을 면세로 신고한 피부과 의원 사안에서 국세청은 병원 홈페이지가 주름 치료 효과를 홍보하고 진료차트에 팔자주름·눈 밑·입가 주름 등 시술 부위와 주입량이 기록된 점을 들어 미용 목적의 주름살제거술로 보고 과세를 유지했습니다(심사-부가-2016-0074, 2016. 8. 1.). 이 결정문이 인용한 개정 연혁에 따르면 미용 목적 성형수술 다섯 가지는 2011년 7월 1일 이후 공급분부터 과세로 전환되었고 현행 가목·나목의 확대 범위는 2014년 2월 1일 이후 용역 제공을 개시하는 분부터 적용되었습니다.

국세청은 절개 없이 필러를 주입해 콧등을 높이는 코필러 시술도 미용 목적 코성형으로서 과세 대상이라고 보았고(법규과-498, 2014. 5. 19.) 보톡스·필러·지방이식 등의 시술은 비급여 진료 중 쌍꺼풀수술·코성형수술·유방확대술·유방축소술·지방흡인술·주름살제거술에 해당하면 과세한다고 회신했습니다(서면-2016-부가-3366, 2016. 5. 12.). 조세심판원과 국세청은 이 사안들에서 시술의 목적과 방법을 기준으로 과세 여부를 판단했고 그 목적을 병원 홈페이지의 홍보 문구와 진료차트의 기록으로 확인했으므로 면세로 신고하는 비급여 시술은 치료 목적이 진료기록에 남아 있어야 합니다.

과세·면세를 함께 하는 의원의 신고

부가가치세법 제29조 제7항은 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 않으면 그 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하므로 과세 대상 시술비를 부가가치세 구분 없이 받았다면 받은 금액 안에서 세액을 부담하게 되며 위 심사 사안에서도 처분청은 시술 대가를 공급가액으로 환산해 과세표준에 넣었습니다.

부가가치세법 제40조는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액을 실지귀속에 따라 나누되 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액 비율 등으로 안분하도록 하고 부가가치세법 시행령 제81조 제2항은 해당 과세기간의 면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만인 경우(공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외)와 공통매입세액이 5만원 미만인 경우에 그 매입세액 전액을 공제되는 매입세액으로 정하고 있습니다.

진료에 딸린 재화의 공급

부가가치세법 제26조 제2항은 면세되는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화나 용역의 공급을 면세 공급에 포함하지만 조세심판원은 당뇨병 진료를 하는 병원과 분리된 별도 사업장에서 공급한 재화의 경우 환자가 그 재화를 반드시 구매해야 한다고 보기 어렵고 내과에서 병원 밖 약국 등에서 구입하도록 안내하는 거래 관행이 있다는 점을 들어 부수 공급으로 인정하지 않았습니다(조심-2025-서-2926, 2025. 11. 11.).

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 13일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 결정례와 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재와 전문을 확인했습니다. 조세심판원 결정과 국세청 심사결정은 해당 사건에 한해 효력이 있는 유사 사안 판단례이며 조심-2013-서-1653은 과세 범위 확대 전 시행령을 적용한 결정입니다.

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