의료기기 취득 형태별 통합투자세액공제 적용 범위

병·의원 세무

병의원이 의료기기를 새로 사거나 할부로 사거나 조세특례제한법 시행규칙 제3조의2의 금융리스로 들여오면 조세특례제한법 제24조의 통합투자세액공제를 검토할 수 있고 운용리스와 중고품 투자는 공제 대상에서 제외되며 그 기기가 조세특례제한법 시행규칙 별표 1의 공구, 기구 및 비품에 해당하면 취득 형태와 관계없이 공제되지 않습니다.

공제 대상 사업자와 자산

조세특례제한법 제24조제1항은 대통령령으로 정하는 내국인이 기계장치 등 사업용 유형자산에 투자하면 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 사업소득에 대한 소득세나 법인세에서 공제하도록 정하면서 중고품과 대통령령으로 정하는 임대용 자산을 대상에서 빼고 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자도 제외합니다.

조세특례제한법 시행령 제21조제1항은 공제에서 빠지는 업종을 조세특례제한법 시행령 제29조제3항의 소비성서비스업과 부동산임대 및 공급업으로 정합니다. 조세특례제한법 시행령 제29조제3항은 소비성서비스업을 호텔업 및 여관업, 일부 주점업, 재정경제부령으로 정하는 오락·유흥 목적 사업으로 두고 조세특례제한법 시행규칙 제17조는 그 사업을 무도장 운영업, 기타 사행시설 관리 및 운영업, 유사 의료업 중 안마를 시술하는 업, 마사지업으로 정하고 있어 의원·병원의 의료업은 공제 대상 업종에 들어갑니다.

기구·비품으로 분류되는 기기

의료기기가 기계장치인지 기구인지에 따라 공제 여부가 달라집니다. 조세특례제한법 제24조제1항제1호가목 단서와 조세특례제한법 시행령 제21조제2항은 토지와 건축물 등 재정경제부령으로 정하는 자산을 공제 대상에서 뺍니다. 조세특례제한법 시행규칙 제12조제1항은 그 자산을 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산으로 정하는데 별표 1은 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품을 제1호에 두면서 거래단위별 취득가액이 20만원 이상으로서 고유업무의 성질상 대량으로 보유하고 그 자산으로부터 직접 수익을 얻는 비품은 제1호의 비품에서 뺍니다.

국세청은 임대 목적 자산이 별표 1의 공구, 기구 및 비품에 해당하면 통합투자세액공제를 적용할 수 없다고 회신했고(서면-2023-법인-2983, 2024. 3. 7.) 별표 1 비고의 요건을 갖춘 비품은 공제 대상이며 공제대상 사업용 유형자산에 해당하는지는 실질에 따라 사실판단할 사항이라고 보았습니다(서면-2024-법인-3824, 2025. 7. 28.).

취득 형태별 처리

구입과 할부

소득세법 시행령 제62조제3항은 장기할부조건 등으로 매입한 유형자산을 대금의 청산이나 소유권 이전 여부와 관계없이 감가상각자산에 포함하고 소득세법 시행령 제89조제2항제1호는 장기할부 매입으로 생긴 채무를 기업회계기준에 따라 현재가치로 평가해 현재가치할인차금으로 계상한 경우 그 금액을 취득가액에서 뺍니다.

금융리스

소득세법 시행령 제62조제3항은 법인세법 시행령 제24조제5항에 따른 금융리스 자산을 리스이용자인 사업자의 감가상각자산에 포함하며 법인세법 시행령 제24조제5항은 기업회계기준에 따른 금융리스의 자산은 리스이용자의 감가상각자산으로, 그 밖의 리스자산은 리스회사의 감가상각자산으로 정합니다.

통합투자세액공제의 리스 판정은 다른 조문이 정합니다. 조세특례제한법 시행령 제3조는 공제에서 제외하는 리스를 내국인에게 자산을 대여하는 것으로서 재정경제부령으로 정하는 금융리스를 제외한 것으로 정합니다. 조세특례제한법 시행규칙 제3조의2는 리스기간 종료 시 소유권 이전 약정, 취득가액의 100분의 10 이하 구매선택권, 기준내용연수의 100분의 75 이상인 리스기간, 장부가액의 100분의 90 이상인 최소리스료 현재가치, 리스이용자 전용 자산 중 어느 하나에 해당하는 리스를 금융리스로 봅니다.

국세청은 금융리스 방식으로 선박에 투자한 사안에서 투자 시기를 리스실행일로, 투자금액을 법인세법 시행령 제72조에 따른 취득가액으로 보고 취득가액에 포함되지 않는 이자비용은 공제 대상 금액에서 제외된다고 회신했습니다(서면-2023-법인-2121, 2023. 9. 21.).

운용리스

금융리스에 해당하지 않는 리스의 기기는 리스회사의 감가상각자산이므로 병의원은 리스료를 소득세법 제27조제1항의 필요경비로 처리하고 조세특례제한법 시행령 제3조에 따라 통합투자세액공제는 받을 수 없습니다.

공제율과 사후관리

중소기업이 일반 자산에 투자하면 조세특례제한법 제24조제1항제2호가목4)가)에 따라 투자금액의 100분의 10을 기본공제하고 같은 호 나목에 따라 해당 과세연도 투자금액이 직전 3년간 연평균 투자금액을 넘으면 그 초과액의 100분의 10을 추가로 공제하되 추가공제 금액은 기본공제 금액의 2배를 한도로 합니다. 현행 추가공제 규정은 2024년 12월 31일 개정 법률(법률 제20617호) 부칙의 적용례에 따라 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용됩니다.

공제를 받은 뒤 투자완료일부터 2년 이내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하면 조세특례제한법 제24조제3항과 조세특례제한법 시행령 제21조제5항제4호에 따라 공제세액에 이자상당가산액을 더해 소득세로 납부해야 합니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문과 별표는 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문과 국세청 회신에 인용된 별표 원문으로 확인한 현행 법령이며 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 국세청 회신은 해당 사실관계에 대한 판단이며 공제율과 공제 대상 자산의 범위는 투자한 과세연도의 법령으로 다시 확인해야 합니다.

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