음식점을 법인으로 옮기면 의제매입세액 공제율은 108분의 8에서 106분의 6으로, 공제 한도는 과세표준의 60~75%에서 50%로 내려갑니다. 한도 특례는 2025년 11월 28일 시행령 개정으로 2027년 12월 31일까지 연장됐습니다.
의제매입세액 공제의 구조
부가가치세법 제42조는 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물·임산물을 원재료로 제조·가공한 재화나 창출한 용역에 부가가치세가 과세되는 경우, 면세농산물등을 공급받을 때 매입세액이 있는 것으로 보아 그 가액에 업종별 율을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있도록 정하고 있습니다. 채소·육류·수산물처럼 계산서나 신용카드 매출전표만 받는 식재료에는 매입세액이 따로 붙어 있지 않으므로, 이 공제가 없으면 음식점은 식재료 몫의 매입세액을 빼지 못한 채 매출세액을 그대로 부담하게 됩니다.
공제액은 두 단계로 정해집니다. 먼저 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱하고 다음으로 그 금액이 부가가치세법 시행령 제84조제2항의 한도를 넘는지 봅니다. 공제율은 부가가치세법 제42조제1항 표가, 한도는 시행령이 정하고 있어 개정 경로도 서로 다릅니다.
개인사업자와 법인의 공제율 차이
부가가치세법 제42조제1항 표는 음식점업을 세 가지로 나눕니다.
| 음식점업 구분 | 공제율 |
|---|---|
| 개별소비세법상 과세유흥장소의 경영자 | 102분의 2 |
| 그 외 음식점을 경영하는 개인사업자 | 108분의 8 (과세표준 2억원 이하는 2026년 12월 31일까지 109분의 9) |
| 그 외 사업자(법인 음식점) | 106분의 6 |
같은 식재료를 같은 금액만큼 사더라도 사업자가 개인인지 법인인지에 따라 공제율이 달라지며 과세표준 2억원 이하 개인 음식점에 붙은 109분의 9 우대는 법률 표에 2026년 12월 31일이라는 기한이 적혀 있으므로 내년 이후 적용 여부는 연말 세법 개정을 확인해야 합니다.
공제 한도와 2027년까지의 특례
부가가치세법 시행령 제84조제2항 본문은 한도를 해당 과세기간에 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준의 30%(개인사업자는 과세표준 2억원 이하 50%, 2억원 초과 40%)로 정하면서 단서에서 2027년 12월 31일까지는 사업자별로 더 넓은 한도를 적용하도록 하고 있습니다.
특례 한도의 사업자별 비율
| 사업자 | 2027.12.31까지(단서) | 본문 비율 |
|---|---|---|
| 법인사업자 | 과세표준의 50% | 30% |
| 음식점 개인사업자, 과세표준 1억원 이하 | 75% | 50% |
| 음식점 개인사업자, 1억원 초과 2억원 이하 | 70% | 50% |
| 음식점 개인사업자, 2억원 초과 | 60% | 40% |
개정 전 단서의 기한은 2025년 12월 31일이었고 2025년 11월 28일 개정으로 제2항 단서와 제조업 연간 정산 한도를 정한 제3항의 기한이 함께 2027년 12월 31일로 바뀌었습니다. 표의 비율은 과세표준에 곱해 나온 금액에 다시 공제율을 곱하는 방식이므로, 실무에서는 면세농산물 매입액이 과세표준의 몇 %까지 공제 대상이 되는지로 읽으면 계산이 빠릅니다.
부가가치세법 제42조(면세농산물등 의제매입세액 공제특례) 제1항 표
부가가치세법 시행령 제84조(의제매입세액 계산) 제2항·제3항: 2025.11.28 개정으로 특례 기한 2025.12.31 → 2027.12.31
부가가치세법 시행령 제84조제5항: 공제신고서와 계산서합계표·신용카드매출전표등 수령명세서 제출
같은 매출로 비교한 공제액
과세기간(6개월) 과세표준 3억원, 면세농산물 매입액 1억2천만원인 음식점을 개인과 법인으로 나눠 계산하면 아래와 같습니다. 과세표준이 2억원을 넘으므로 개인사업자에게는 108분의 8이 적용됩니다.
| 구분 | 한도 대상 매입액 | 공제액 |
|---|---|---|
| 개인, 2027년까지 (한도 60%) | 1억8천만원 → 매입액 전액 | 약 889만원 (8,888,888원) |
| 법인, 2027년까지 (한도 50%) | 1억5천만원 → 매입액 전액 | 약 679만원 (6,792,452원) |
| 법인, 특례 종료 시 (한도 30%) | 9천만원까지만 | 약 509만원 (5,094,339원) |
2027년까지는 과세기간마다 약 210만원, 한 해 약 420만원의 차이가 생기며 특례가 끝나고 법인 한도가 30%로 돌아가면 차이는 과세기간당 약 380만원으로 벌어집니다. 법인전환의 실익을 소득세와 법인세 세율 차이만으로 계산하면 이 부가가치세 증가분이 빠지므로, 식재료 비중이 높은 업태일수록 이 차이를 따로 더해 비교합니다.
식재료 비중이 높은 업태는 전환 시뮬레이션에 부가가치세 차이를 넣습니다.
기준은 과세기간별 면세농산물 매입액 × (8/108 − 6/106)입니다.
과세표준 2억원 이하 개인은 9/109 기준으로 다시 계산합니다.
증빙과 사후 정산
부가가치세법 시행령 제84조제5항은 의제매입세액 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서, 매입자발행계산서합계표 중 하나를 내도록 하고 있고 농어민에게서 직접 사면서 신고서만 내도 되는 예외는 제조업을 경영하는 사업자에게만 둡니다. 시장에서 농민에게 현금으로 사고 계산서를 받지 않은 식재료는 음식점에서는 공제 대상에 넣을 수 없습니다.
공제받은 면세농산물등을 그대로 양도하거나 면세사업 등에 사용하면 제84조제4항에 따라 공제액을 납부세액에 더해야 합니다.
2027년 12월 31일은 특례 한도의 적용기한입니다.
그간 기한이 연장돼 온 이력은 있으나 다음 연장 여부는 정해진 바 없습니다.
전환 시점이 2028년 이후라면 본문 비율(법인 30%)로도 계산해 둡니다.
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 30일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 공제액 예시는 이해를 돕기 위한 단순 계산이며 실제 공제액은 업종·매입 구성·신고 내용에 따라 달라질 수 있습니다.
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