가업상속공제 받은 주식의 취득가액, 2026년 2월 27일 개정

가업상속공제

가업상속공제를 받은 주식은 나중에 팔 때 피상속인이 취득한 가액을 일부 이어받는데 그 비율을 정하는 소득세법 시행령 제163조의2 제3항이 2026년 2월 27일 개정되어 법인가업은 공제받은 금액과 연결하지 않고 사업무관자산을 뺀 자산 비율로 계산하게 됐습니다.

취득가액은 두 부분을 더해 계산합니다

소득세법 제97조의2 제4항은 상속세 및 증여세법 제18조의2 제1항의 가업상속공제가 적용된 자산을 양도할 때 취득가액을 피상속인의 취득가액에 가업상속공제적용률을 곱한 금액과 상속개시일 현재 해당 자산가액에 1에서 가업상속공제적용률을 뺀 비율을 곱한 금액의 합계로 정하며 소득세법 제97조의2 제5항은 적용률의 계산방법을 대통령령에 맡깁니다.

적용률이 높을수록 오래전의 낮은 취득가액이 더 많이 승계되어 양도차익이 커지므로 매각 때 양도소득세의 크기는 이 비율 하나로 정해집니다. 적용률 0%면 일반 상속재산처럼 상속개시일 가액이 취득가액이 되고 100%면 피상속인의 취득가액을 그대로 쓰게 됩니다.

2026년 2월 27일 개정 전후를 비교합니다

대통령령 제36129호 부칙 제10조는 소득세법 시행령 제163조의2 제3항과 제4항의 개정규정을 이 영 시행 이후 자산을 양도하는 경우부터 적용하도록 정하므로 상속이 2026년 2월 27일 전에 개시되었더라도 그날 이후 양도하면 새 산식이 적용됩니다. 사업무관자산의 범위는 상속세 및 증여세법 시행령 제15조 제5항 제2호가 정하며 비사업용 토지와 임대 부동산, 업무무관 대여금, 직전 5개 사업연도 말 평균 현금보유액의 100분의 200을 넘는 과다보유현금, 영업활동과 직접 관련 없는 주식·채권·금융상품이 여기에 들어갑니다.

공제 한도에 걸린 회사는 적용률이 올라갑니다

두 산식의 차이는 가업상속공제 한도에서 생깁니다. 상속세 및 증여세법 제18조의2 제1항은 피상속인의 경영기간에 따라 300억원·400억원·600억원을 한도로 두는데 종전 산식은 공제금액을 분자로 쓰므로 한도에 걸린 회사일수록 적용률이 낮았고 현행 법인가업 산식은 한도와 무관하게 사업무관자산 비율만으로 적용률을 정합니다.

표의 수치는 두 산식의 문언을 그대로 대입한 결과이며 실제 양도차익은 적용률을 곱할 대상 주식의 범위까지 정해져야 확정됩니다. 현행 제4항 제2호는 그 대상을 상속세 및 증여세법 시행령 제15조 제5항 제2호의 주식등으로 정하는데 그 호가 주식등의 가액을 사업무관자산 비율을 반영한 금액으로 적고 있어 대상 범위와 적용률이 모두 같은 비율과 연결되어 있습니다.

종전 문언에서는 적용 범위를 두고 판단이 달랐습니다

종전 문언은 적용 대상을 가업상속공제가 적용된 자산이라고만 적었으므로 법인 주식 전부에 적용하는지 아니면 사업무관자산 비율을 뺀 가업상속 재산에 해당하는 주식에만 적용하는지를 두고 해석이 서로 달랐습니다. 유사 사안에서 조세심판원은 청구인이 쟁점주식 전부를 가업상속재산으로 하고 사업관련 자산가액 비율을 적용해 공제를 신청했을 뿐 주식 수로 나누어 공제받지 않았다는 이유로 물납주식 전부에 이 조항을 적용한 처분을 유지했습니다(조심2021서4589, 2023. 5. 9.).

서울행정법원은 이 조항의 가업상속공제가 적용된 자산을 가업상속 재산, 곧 주식의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 주식으로 해석했습니다(서울행정법원 2024. 6. 21. 선고 2023구합73335 판결). 다른 사건에서 조세심판원은 문언상 공제금액에 상당하는 주식에만 적용된다고 해석할 여지가 있었다는 점을 들어 가산세를 면제할 정당한 사유를 인정했습니다(조심2024부3391, 2024. 10. 15.). 이번 개정은 적용률과 대상 자산을 조문에 직접 적어 이 쟁점을 정리한 것으로 보이지만 개정 조문을 직접 다룬 해석례는 2026년 9월 11일 현재 확인되지 않습니다.

사후관리를 위반한 뒤 팔면 계산이 달라집니다

국세청은 사후관리 요건 위반으로 상속세를 부과받은 뒤 그 주식을 양도하면 취득가액 계산에 소득세법 제97조의2 제4항 단서의 이월과세가 적용되지 않는다고 회신했고(서면-2021-법규재산-6738, 2022. 12. 5.) 상속세를 부과하기 전에 양도하면 이월과세를 적용해 취득가액을 산정하되 나중에 상속세를 부과할 때 양도소득세 상당액을 공제해 이중과세를 조정한다고 회신했습니다(사전-2026-법규재산-0416, 2026. 5. 27.).

이 공제는 상속세 및 증여세법 제18조의2 제10항과 상속세 및 증여세법 시행령 제15조 제21항이 정하며 공제액은 소득세법 제97조의2 제4항을 적용한 양도소득세액에서 일반 규정인 소득세법 제97조를 적용한 양도소득세액을 뺀 금액입니다. 사후관리 기간 5년 안에 매각을 검토한다면 추징될 상속세와 두 가지 양도소득세를 한 표에 놓고 순서를 정해야 합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 11일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 결정례와 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 조세심판원 결정은 해당 사건에 한해 효력이 있는 유사 사안 판단례이며 다른 사건에 대한 선례 구속력은 없습니다. 표의 수치는 설명을 위한 가정입니다.

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