특수관계법인 무상 용역의 시가 산정과 부당행위계산 부인

전환 후 법인 운영

법인이 특수관계법인에 인력·관리·경영지원 용역을 무상으로 제공하거나 원가에 못 미치는 대가만 받으면 법인세법 시행령 제88조제1항제6호의 부당행위계산에 해당할 수 있고 익금에 더할 금액은 법인세법 시행령 제89조가 정한 순서로 산정한 시가와 실제 받은 대가의 차액입니다.

부인 요건과 판단 단위

법인세법 제52조제1항은 내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 그 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 그 계산과 관계없이 소득금액을 계산하도록 정합니다. 법인세법 시행령 제88조제1항제6호는 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우를 그 유형으로 둡니다.

법인세법 시행령 제2조제8항은 해당 법인이 직접 또는 임원·주주와 그 친족 등을 통해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항의 지배적인 영향력을 행사하는 다른 법인을 특수관계인으로 정하고 있어 같은 대표나 같은 가족이 지배하는 두 법인 사이의 용역 거래가 이 규정의 대상이 됩니다. 법인세법 시행령 제88조제3항은 제6호를 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상인 경우에만 적용하도록 정하고 같은 조 제2항은 그 판단을 행위 당시를 기준으로 합니다.

국세청은 특수관계법인과 맺은 장기 계약에 따라 임가공 용역을 제공하고 수수료를 받는 거래에서 부당행위계산 부인 여부를 거래 또는 계약 단위로 판단한다고 회신했고(사전-2017-법령해석법인-0278, 2017. 7. 30.) 시행사 역할을 사실상 수행한 법인이 대표 자녀의 법인을 사업주체로 내세운 질의에서는 특수관계 있는 법인에 용역을 제공하고 정당한 사유 없이 대가를 받지 않아 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 부인 규정이 적용된다고 보았습니다(기준-2015-법령해석법인-22522, 2015. 5. 22.).

용역 시가를 정하는 순서

법인세법 시행령 제89조제1항은 해당 거래와 유사한 상황에서 그 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 특수관계인이 아닌 제3자 사이에서 거래된 가격을 먼저 시가로 삼고 그 가격이 없으면 같은 조 제2항의 감정가액 등을 차례로 적용합니다.

용역처럼 제1항과 제2항을 적용할 수 없으면 법인세법 시행령 제89조제4항제2호에 따라 용역 제공에 든 직접비와 간접비의 합계인 원가에 원가와 수익률을 곱한 금액을 더해 시가를 계산합니다. 수익률은 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역 거래나 특수관계인이 아닌 제3자 사이의 용역 거래에서 기업회계기준에 따른 매출액에서 원가를 뺀 금액을 원가로 나눈 율입니다.

계산 예시

직원 급여 1억원과 사무실·전산 등 간접비 2천만원이 드는 관리용역을 무상으로 제공했고 같은 해 외부 고객에게 제공한 유사 용역의 원가 대비 수익률이 10%였다면 시가는 원가 1억2천만원에 1,200만원을 더한 1억3,200만원이며 대가 0원과의 차액이 시가의 100분의 5 이상이므로 3억원에 못 미쳐도 부인 대상이 됩니다(설명을 위한 가정).

시가의 입증책임

조세심판원은 특수관계법인에서 자산관리용역을 받으며 원가의 10.0%에서 13.0%를 수수료로 지급한 법인에 과세관청이 같은 그룹 계열사 거래의 6.5%를 시가로 보아 과세한 사안에서 비교대상 용역과의 유사성이 입증되지 않았다는 이유로 처분을 취소하면서 부당행위계산 부인의 기준인 시가의 주장·증명책임은 과세관청에 있다고 판단했습니다(조심-2019-서-4203, 2020. 11. 27.).

국세청 심사에서는 특수관계법인에서 받은 컨설팅용역의 시가를 동종업종 법인의 평균 영업이익률에 근거한 원가 수익률로 산정한 과세를 타당하다고 본 사례가 있습니다(심사-법인-2018-0001, 2018. 5. 2.). 두 사안은 시가보다 높은 대가로 용역을 제공받은 법인세법 시행령 제88조제1항제7호의 거래였지만 법인세법 시행령 제89조제4항은 제6호와 제7호에 같은 산식을 적용하므로 무상 제공에서도 비교대상 용역을 어떻게 고르는지가 쟁점이 됩니다.

인건비를 대신 부담하는 형태

국세청은 특수관계에 있는 두 회사의 업무를 겸직하는 이사에게 한 회사만 임금을 지급하고 다른 회사에서는 무보수로 근무하게 한 질의에서 특수관계에 있는 법인의 임금을 실질적으로 대신 부담하면 부당행위계산의 부인 규정이 적용된다고 회신했습니다(법인46012-694, 1997. 3. 8.).

각 법인이 보수약정에 따라 겸직 대표이사에게 보수를 나누어 지급하고 그 금액이 임원 급여로 인정되는 수준이면 각 법인의 손금에 산입할 수 있다는 회신도 있습니다(사전-2019-법령해석법인-0680, 2020. 1. 9.). 겸직 임원의 보수는 법인별 근무 비중에 맞춰 약정하세요.

받는 쪽의 증여세와 부가가치세

용역을 무상으로 받은 법인이 지배주주등의 주식보유비율 100분의 30 이상인 특정법인이고 제공한 쪽이 지배주주나 그 특수관계인이면 상속세 및 증여세법 제45조의5제1항제1호에 따라 특정법인의 이익에 지배주주등의 주식보유비율을 곱한 금액을 지배주주등이 증여받은 것으로 봅니다. 상속세 및 증여세법 시행령 제34조의5제5항은 그 증여의제이익이 1억원 이상인 경우로 한정하고 같은 조 제8항은 용역의 시가를 법인세법 시행령 제89조에 따르도록 정합니다.

부가가치세법 제12조제2항은 사업자가 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급하는 것을 용역의 공급으로 보지 않되 특수관계인에게 사업용 부동산의 임대용역 등을 공급하는 것은 공급으로 봅니다. 부가가치세법 제29조제4항은 특수관계인에게 용역을 공급하면서 부당하게 낮은 대가를 받아 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되면 시가를 공급가액으로 봅니다. 법인 쪽에서 익금에 산입한 금액은 귀속자가 법인이므로 법인세법 시행령 제106조제1항제1호다목에 따라 기타 사외유출로 처분합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 해석례와 결정례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 계산 예시의 수치는 설명을 위한 가정이며 용역의 시가는 비교 가능한 거래와 원가 자료에 따라 달라질 수 있습니다.

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