특수관계자 거래 가격과 연구개발·중소기업 세제 혜택

전환 후 법인 운영

특수관계 거래에서 과세관청이 보는 것은 계약서가 아니라 ‘남남이었어도 이 가격에 했을까’입니다.

가족·특수관계자와 거래할 때 가격은 어떻게 정해야 안전한가요?

가족·주주·임원과 법인 사이의 거래(부동산·주식 매매, 자금 대여, 임대, 용역 제공)는 모두 특수관계인 거래로서 시가 검증을 받습니다. 규제는 두 개의 법이 협공하는 구조입니다. 첫째, 법인세법 §52의 부당행위계산 부인입니다. 법인이 특수관계인과 시가보다 불리한 조건으로 거래해 소득을 부당히 감소시키면 시가 기준으로 소득을 다시 계산하고 이익을 가져간 상대방에게는 상여·배당 등 소득처분이 이루어집니다. 판정은 원칙적으로 시가와 거래가의 차이가 시가의 5% 이상이거나 3억 원 이상인 경우에 이루어집니다. 둘째, 상증법 §35의 저가양수·고가양도에 따른 증여입니다. 특수관계인 간에 시가보다 현저히 낮게 사거나 높게 팔면 그 이익에 증여세가 과세되며 특수관계인 간에는 시가와 대가의 차액이 시가의 30% 이상이거나 3억 원 이상일 때 과세 요건이 작동하는 것이 기본 구조입니다. 즉 같은 거래가 법인세·소득세·증여세 세 방향에서 동시에 문제 될 수 있습니다.

안전하게 거래하는 공식은 세 단계입니다. 첫째, 시가를 객관적으로 확정합니다. 부동산은 감정평가, 비상장주식은 상증법 보충적 평가(순손익가치와 순자산가치의 3 대 2 가중평균 등)를 기본으로 하고 평가보고서를 남깁니다. 둘째, 절차를 갖춥니다. 이사회 승인(자기거래 승인 포함), 계약서, 대금의 실제 수수와 이체 기록을 완비합니다. 셋째, 세 부담을 사전 계산합니다. 거래 전에 ‘이 가격이면 어느 세목에서 얼마가 과세되는가’를 시뮬레이션해 과세되더라도 감당 가능한 구조인지 확인한 뒤 실행합니다. 특수관계 거래 자체는 금지되지 않습니다. ‘가격과 문서로 증명해야 하는’ 거래일 뿐입니다.

연구인력개발비 세액공제 같은 혜택은 어떻게 활용하나요?

R&D 세액공제는 신청만으로 적용되지 않으며 ‘요건과 증빙을 미리 갖춰야 지켜지는’ 제도입니다.

연구·인력개발비 세액공제(조특법 §10)는 기업이 지출한 연구개발 비용의 일정 비율을 법인세에서 직접 공제해 주는 제도로, 중소기업에 적용되는 공제율이 높아 요건만 갖추면 실제 효과가 큰 대표적 혜택입니다. 공제 방식은 당해 연도 발생액 기준과 직전 대비 증가분 기준 중 유리한 쪽을 적용하는 구조이며 신성장·원천기술 분야는 더 높은 공제율이 적용됩니다. 구체 공제율은 업종·규모·연도에 따라 달라지므로 실행 전 현행 규정 확인이 필요합니다.

활용하려면 세 가지를 준비해야 합니다. 첫째, 조직 요건입니다. 공제 대상의 중심은 연구소 또는 연구개발전담부서에서 발생한 인건비 등이므로 먼저 요건을 갖춰 기업부설연구소·전담부서를 설립 신고해야 합니다. 제조업뿐 아니라 개발 활동이 있는 서비스업도 대상이 될 수 있습니다. 둘째, 비용 구분입니다. 연구 전담 인력의 인건비, 연구용 재료비 등 공제 대상 비용을 일반 비용과 구분 경리해야 하고 연구 노트·프로젝트 문서로 ‘실제 연구 활동’을 입증할 수 있어야 합니다. 셋째, 사후 검증 대비입니다. R&D 공제는 국세청이 사후 점검을 강화해 온 영역으로, 연구 실체가 없는 형식적 연구소는 공제 추징과 가산세로 되돌아옵니다. 국세청의 사전심사 제도를 이용하면 공제 대상 해당 여부를 미리 확인받을 수 있어 불확실성을 줄일 수 있습니다. 승계 관점에서도 의미가 있습니다. R&D로 검증된 기술 기반은 회사의 계속기업 가치와 가업 요건(주된 업종의 실질) 입증에 도움이 되고 세액공제로 아낀 현금은 승계 재원으로 축적됩니다.

중소기업이 받을 수 있는 세제 혜택은 무엇이 있나요?

중소기업 지위는 그 자체가 세제 혜택 패키지의 적용 요건입니다.

법인전환으로 중소기업 법인이 되면 활용 가능한 혜택이 여러 층으로 붙습니다. 세액 단계에서는 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법 §7)이 업종·지역·규모 요건에 따라 산출세액의 일정 비율을 깎아 주고 설비 등 투자에 대한 통합투자세액공제, 고용 증가에 대한 통합고용세액공제, 그리고 연구·인력개발비 세액공제(조특법 §10)가 있습니다. 적용기한은 제도마다 다릅니다. 특별세액감면은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용되고(조특법 §7①), 통합고용세액공제는 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 적용됩니다(§29의8①). 각 제도의 공제·감면율과 한도는 연도·업종별로 다르므로 실행 전 현행 규정 확인을 전제로 하되, 이익이 나는 중소기업이라면 최소 한두 개는 해당되는 것이 보통입니다. 비용 단계에서는 기업업무추진비 기본한도가 중소기업에 연 3,600만 원으로 우대 적용됩니다.

승계 세제의 우대는 더 결정적입니다. 가업상속공제(최대 600억 원)와 가업승계 증여특례(10% 저율 과세)는 중소기업(또는 매출 5천억 원 미만 중견기업)만 쓸 수 있는 제도이고, 비상장주식 평가에서 최대주주 지분에 붙는 20% 할증도 중소기업은 배제됩니다(상증법 §63③). 같은 주식이라도 중소기업이냐 아니냐에 따라 평가액과 승계 세부담이 구조적으로 달라지는 것입니다. 유의점은 두 가지입니다. 첫째, 중소기업 판정은 매출·자산 규모와 독립성(계열 관계) 기준으로 매년 이루어지므로, 성장으로 경계선에 접근하면 졸업 유예 규정과 함께 향후 혜택 상실 시점을 예측해 두어야 합니다. 둘째, 감면·공제는 신청주의이고 최저한세·중복 배제 규정이 얽혀 있어 받을 수 있는 것을 다 받으려면 결산 전에 적용 조합을 설계해야 합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 실행 전에는 반드시 실행 시점의 현행 법령을 기준으로 개별 검토가 필요합니다.

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