수도권과밀억제권역에 3년 이상 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 이전하면 감면대상소득에 대한 법인세를 이전 지역에 따라 5년에서 10년 동안 100분의 100 감면받습니다. 2026년 1월 1일 시행으로 이 감면에 투자누계액과 상시근로자 수로 계산하는 총액 한도가 붙었습니다.
감면을 받는 법인의 요건
「조세특례제한법」 제63조의2 제1항은 제1호 각 목의 요건을 모두 갖추어 본사를 이전하고 2028년 12월 31일까지 사업을 개시하는 법인을 본사이전법인으로 정의합니다. 본사를 신축하는 경우로서 본사의 부지를 2028년 12월 31일까지 보유하고 그 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하면 사업 개시 기한이 2031년 12월 31일까지 늘어납니다.
제1호 가목은 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인일 것을 요구하면서 본사의 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급하여 10년 이내에 이 조에 따라 감면받은 법인을 제외합니다. 나목은 본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것을, 다목은 이전본사에 대한 투자금액과 이전본사의 근무인원이 지역경제에 미치는 영향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준을 충족할 것을 요구합니다.
같은 항 단서는 업종으로 대상을 제한합니다. 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인은 다른 요건을 모두 갖추어도 감면 대상이 아닙니다.
감면대상소득의 계산 구조
감면 대상은 법인 전체 소득이 아니라 제1항 제2호가 정한 세 요소를 곱해 산출한 금액입니다. 가목은 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익과 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액이고, 나목은 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율이며, 다목은 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역 매출액을 뺀 금액이 전체 매출액에서 차지하는 비율입니다. 본사만 옮기고 근무인원을 남겨 두면 나목 비율이 낮아져 감면액이 함께 줄어듭니다.
조세특례제한법 제63조의2 제1항 · 제2항 · 제5항 · 제6항 · 제7항부터 제10항까지(2025.12.23 신설) · 법률 제21223호 부칙 제1조 및 제36조
이전 지역에 따라 달라지는 감면기간
감면기간의 기산점은 본사 이전일 이후 본사이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도입니다. 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니하면 그 5년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 기간을 셉니다. 지역 구분은 제63조 제1항 제2호 가목의 분류를 그대로 가져오고 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」에 따른 성장촉진지역, 인구감소지역, 위기지역을 묶은 성장촉진지역등에 해당하는지에 따라 기간이 나뉩니다.
| 이전 지역 | 100분의 100 | 이어지는 100분의 50 |
|---|---|---|
| 가목 1)의 지역 중 수도권 밖 | 5년 | 3년 |
| 가목 2)의 지역 · 성장촉진지역등 | 7년 | 4년 |
| 가목 2)의 지역 · 그 밖의 지역 | 5년 | 3년 |
| 가목 3)의 지역 · 성장촉진지역등 | 10년 | 5년 |
| 가목 3)의 지역 · 그 밖의 지역 | 5년 | 3년 |
| 그 밖의 수도권 밖 지역 · 성장촉진지역등 | 10년 | 5년 |
| 그 밖의 수도권 밖 지역 · 그 밖의 지역 | 7년 | 4년 |
2026년에 신설된 감면한도
법률 제21223호는 제63조의2에 제7항부터 제10항까지를 신설해 감면기간 동안 받는 법인세 감면의 총합계액에 한도를 두었습니다. 제7항 제1호는 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 70이고, 제2호는 해당 과세연도 이전본사의 상시근로자 수에 1천5백만원을 곱한 금액입니다. 청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 감면대상서비스업을 영위하는 본사이전법인의 이전본사는 1인당 2천만원을 적용합니다.
적용 순서와 사후관리
제8항은 각 과세연도에 감면받을 법인세에 한도를 적용할 때 제7항 제1호 금액을 먼저 적용한 후 제2호 금액을 적용하도록 정합니다. 제9항은 제2호 한도를 적용받아 감면받은 법인이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 이전본사 상시근로자 수가 감면받은 과세연도보다 감소하면 감면받은 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하도록 하고 있으며 제10항은 감면대상서비스업 한도를 적용받는 법인에 제143조를 준용한 구분경리 의무를 부과합니다.
· 한도 신설은 2026년 1월 1일부터 시행됩니다.
· 부칙 제36조 제1항은 시행 전에 본사를 이전한 경우 종전 규정을 적용하도록 정했습니다.
· 제2항은 시행 전에 이전계획서를 제출했거나 기존 본사 부지를 양도했거나 신규 본사 부지를 매입한 경우 등 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 다섯 가지 행위에도 종전 규정을 적용합니다.
· 이전 착수 시점을 입증할 계약서와 건축허가 서류를 보관하세요.
감면세액을 다시 납부하는 네 가지 사유
제2항은 추징 사유를 네 가지로 열거합니다. 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 폐업하거나 법인이 해산한 경우가 제1호이고 합병ㆍ분할ㆍ분할합병으로 인한 경우는 제1호에서 제외됩니다. 제2호는 대통령령으로 정하는 바에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우, 제3호는 수도권에 본사를 설치하거나 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우입니다.
제4호는 감면기간 내내 지켜야 하는 요건입니다.
대통령령으로 정하는 임원 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권 안의 사무소 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하면 추징 사유가 됩니다.
제3항에 따라 제63조 제3항의 이자 상당 가산액 규정이 준용되므로 감면받은 연도부터의 이자가 함께 붙습니다.
업종 동일 요건과 공장 동시 이전
제5항은 감면을 적용받으려는 본사이전법인이 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전 본사에서 본사의 이전등기일부터 소급하여 2년 이상 영위하던 업종과 이전 후 본사에서 영위하는 업종이 같아야 한다고 정합니다. 이전을 전후해 사업 목적을 정리하면서 주업종을 바꾸면 요건을 충족하지 못하게 되므로 정관 변경과 이전 일정의 선후를 함께 검토해야 합니다.
제6항은 공장과 본사를 함께 이전하는 경우를 따로 다룹니다. 이때는 제1항에 따른 감면대상소득과 제63조 제1항에 따라 이전한 공장에서 발생하는 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득을 감면대상소득으로 하되 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 합니다. 제4항에 따라 수도권과밀억제권역에 있는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대해서는 제61조 제3항ㆍ제5항 및 제6항의 과세이연 규정이 준용됩니다.
· 중소기업 특별세액감면 · 감면율, 소기업 구분, 대상 업종
· 감면과 공제의 중복 배제 · 조합의 기본 규칙
· 최저한세로 깎이는 감면과 고용공제 병용, 체크리스트
· 통합고용세액공제 2026년 개편 · 1인당 공제액과 우대 대상
· 과밀억제권역 취득세 중과와 감면의 교차 검토
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-20 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.
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