병의원의 복식부기의무와 추계 시 기준경비율

병의원 세무

「의료법」에 따른 의료업을 하는 사업자는 수입금액의 크기와 무관하게 복식부기의무자이며 단순경비율 적용대상자에서도 제외됩니다.

의료업은 간편장부대상자가 되지 않는다

「소득세법」 제160조 제1항은 사업자가 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하도록 정하고 있습니다. 같은 조 제2항과 제3항은 업종·규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자를 간편장부대상자로 두고 그 밖의 사업자를 복식부기의무자로 구분합니다.

「소득세법 시행령」 제208조 제5항은 그 일정 규모 미만의 사업자를 열거하면서 단서에서 제147조의2 및 「부가가치세법 시행령」 제109조 제2항 제7호에 따른 사업자를 제외하고 있습니다. 「소득세법 시행령」 제147조의2는 「의료법」에 따른 의료업과 「수의사법」에 따른 수의업 및 「약사법」에 따라 약국을 개설하여 약사에 관한 업을 행하는 사업자를 가리키므로, 의원과 치과의원과 한의원은 직전 과세기간의 수입금액이 얼마이든 간편장부대상자가 될 수 없습니다.

장부가 없을 때 소득금액을 정하는 방법

「소득세법」 제80조 제3항은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 정하면서 단서에서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 소득금액을 추계조사결정할 수 있도록 하고 있습니다. 「소득세법 시행령」 제143조 제1항은 그 사유를 세 가지로 정하고 있습니다.

기준경비율은 절반만 적용된다

같은 영 제143조 제3항 제1호는 수입금액에서 세 가지 금액의 합계액을 공제한 금액을 기준소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법을 정하고 있습니다. 첫째는 매입비용과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액이고, 둘째는 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액이며, 셋째는 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액입니다.

셋째 항목의 단서가 병의원에 그대로 적용됩니다. 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액만 공제하도록 정하고 있으므로, 의료업 사업자가 추계로 넘어가면 같은 수입금액에 대해 인정되는 경비가 간편장부대상자의 절반 수준으로 줄어듭니다. 증빙으로 입증한 매입비용과 인건비 외에는 공제받을 항목이 사실상 이 절반의 기준경비율뿐입니다.

같은 영 제143조 제9항은 제3항 제1호 가목에 따른 증빙서류를 제출하지 못하는 경우 주요경비지출명세서를 제출하도록 정하고 있습니다. 임차료와 매입비용의 증빙을 갖추지 못하면 그 항목까지 공제에서 빠지므로 추계 소득금액이 다시 올라갑니다.

단순경비율에서 제외되는 사업자

같은 영 제143조 제7항은 제4항의 요건을 갖추었더라도 단순경비율 적용대상자에 포함되지 않는 사업자를 열거하고 있으며 제1호가 「소득세법 시행령」 제147조의2에 따른 사업자입니다. 의료업이 바로 그 제147조의2의 사업자이므로 개원 첫해의 수입금액이 적더라도 단순경비율은 적용되지 않습니다. 같은 항은 현금영수증가맹점에 가입하여야 하는 사업자 중 가입하지 아니한 사업자와, 현금영수증 발급 의무를 위반하여 해당 과세기간에 3회 이상 통보받고 그 금액의 합계액이 100만원 이상이거나 5회 이상 통보받은 사업자도 함께 제외하고 있습니다.

같은 영 제143조 제3항 제1호 단서는 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 재정경제부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2027년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있도록 정하고 있습니다. 배율의 구체적인 수치는 재정경제부령이 정하므로 적용 연도의 규정을 확인해야 합니다.

장부를 갖추지 않으면 가산세가 따로 붙는다

「소득세법」 제81조의5는 사업자가 제160조 또는 제161조에 따른 장부를 비치·기록하지 아니하였거나 비치·기록한 장부에 따른 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달한 경우 장부의 기록·보관 불성실 가산세를 종합소득 결정세액에 더하여 납부하도록 정하고 있습니다. 가산세는 종합소득산출세액에 기장하지 아니한 소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액의 100분의 20이며, 그 비율이 1보다 큰 경우에는 1로, 0보다 작은 경우에는 0으로 봅니다.

같은 조는 대통령령으로 정하는 소규모사업자를 대상에서 제외하고 있습니다. 추계로 소득금액이 올라가는 부담과 이 가산세는 별개로 계산되므로 두 가지가 같은 과세기간에 함께 나타날 수 있습니다.

결정·경정을 부르는 사유

「소득세법」 제80조 제2항 제5호는 시설 규모나 영업 상황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우로서 여섯 가지 행위를 열거하고 있습니다. 사업용계좌를 이용하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우, 사업용계좌를 신고하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우, 현금영수증가맹점 가입 요건에 해당하는 사업자가 정당한 사유 없이 가입하지 아니한 경우가 여기에 포함되므로 결제 수단 관리가 경정 여부와 직접 연결됩니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-29 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 기준경비율과 배율의 구체적인 수치는 과세기간별로 고시되므로 신고 전에 확인하세요.

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