토지등 양도소득 법인세 · 법인 주택 20%와 비사업용 토지 10%

부동산·영업권·자본금

주택 100분의 20, 비사업용 토지 100분의 10(미등기는 100분의 40)은 내국법인이 해당 자산을 양도할 때 법인세법 제55조의2제1항에 따라 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 뺀 토지등 양도소득에 곱해 각 사업연도 법인세에 더해 내는 세율입니다.

과세 대상과 세율

법인세법 제55조의2제1항은 토지, 건물(부속 시설물과 구축물 포함), 「소득세법」에 따른 조합원입주권과 분양권을 토지등으로 정의하고 대통령령으로 정하는 주택(부수토지 포함)과 별장은 양도소득의 100분의 20, 비사업용 토지는 100분의 10, 조합원입주권과 분양권은 100분의 20을 곱한 세액을 과세표준에 세율을 적용한 법인세액에 추가하여 납부하도록 정하며 미등기 토지등인 주택·별장과 비사업용 토지에는 100분의 40이 적용됩니다. 하나의 자산이 둘 이상에 해당하면 그중 가장 높은 세액을 적용합니다.

국세청 과세전적부심사는 적부-국세청-2025-0084(2025. 8. 13.)에서 토지등을 양도한 법인은 각 사업연도 법인세 납부 여부와 별도로 토지등 양도소득 법인세를 추가로 신고·납부한다고 정리했습니다. 법인세법 제55조의2제6항의 토지등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액이어서 계산식에 이월결손금 공제가 들어 있지 않습니다.

국세청은 기준-2021-법령해석기본-0191(2021. 10. 27.)에서 2014년 12월 23일 개정된 국세기본법이 적용된 뒤로는 각 사업연도 법인세 과세표준신고를 했더라도 토지등 양도소득 법인세를 과소신고하면 과소신고가산세 부과대상이라고 보았습니다.

과세에서 빠지는 주택

법인세법 시행령 제92조의2제2항은 국내 주택 중 같은 항 각 호에 해당하지 않는 주택을 과세 대상으로 정하며 요건을 갖춘 임대주택, 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택과 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유 주택으로서 제공기간이 10년 이상인 주택, 저당권 실행이나 채권변제를 대신해 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 지나지 않은 주택, 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유로 보유한 주택이 제외 대상에 속합니다. 같은 항 제1호의 매입임대주택은 5년 이상 임대하고 임대개시일의 주택과 부수토지 기준시가 합계가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하여야 하며 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자는 2018년 3월 31일 이전에 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정됩니다.

무상제공 10년 요건을 인정한 결정

국세청 과세전적부심사는 같은 결정에서 종교단체 법인이 공부상 주택 세 채를 교육관과 선교사 생활공간으로 쓰다가 재개발사업 시행사에 매각한 사안을 두고 해당 건물들을 구조·기능상 언제든 주거로 쓸 수 있는 주택으로 보면서도 전체 보유기간 20년 4개월 중 16년 5개월 동안 임원 및 사용인에게 제공하는 사택과 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유 주택에 해당했다고 보아 과세예고를 잘못이라고 판단했습니다. 주택 여부는 공부상 용도와 관계없이 실제 용도로 판단합니다.

주택 신축판매 법인의 제외

법인세법 시행령 제92조의2제4항제4호는 주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택과 주택 연면적 또는 건물 정착면적의 5배(도시지역 밖 10배) 중 넓은 면적 이내의 부수토지를 양도한 소득을 제외합니다. 국세청도 서면-2024-법인-0947(2024. 8. 23.)에서 신축판매 법인의 기준면적 이내 양도에는 추가과세를 적용하지 않는다고 회신했습니다.

대구지방법원 판결(대구지방법원-2024-구합-24929, 2025. 12. 4.)은 창호 제조법인이 부수토지의 형질변경 상태를 시정하려고 주택을 지어 사무실과 임대로 쓰다가 약 3년 뒤 매각한 사안에서 판매용 신축으로 인정하기 부족하다고 보아 구 법인세법에 따른 추가 법인세 부과를 유지했습니다. 판매 목적의 신축인지가 요건입니다.

비사업용 토지와 기간기준

법인세법 제55조의2제2항은 소유기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인이 소유한 농지, 도시지역 안의 농지, 요건을 벗어난 임야와 목장용지, 재산세가 비과세·면제되거나 별도합산·분리과세 대상이 되는 토지 등을 제외한 그 밖의 토지, 주택 부속토지 중 기준면적 초과분, 별장 부속토지 등에 해당한 토지를 비사업용 토지로 정합니다. 법인세법 시행령 제92조의3제1호는 소유기간 5년 이상인 토지의 기간기준을 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 소유기간의 100분의 40을 초과하는 기간에 모두 해당하는 기간으로 정하고 기간은 일수로 계산합니다.

세 요건에 모두 해당해야 비사업용 기간이 되므로 비사업용으로 쓴 기간이 셋 중 하나라도 기준 이하이면 기간기준상 비사업용 토지로 보지 않습니다. 서울행정법원 판결(서울행정법원-2021-구합-55715, 2022. 2. 15.)은 보유기간 동안 재산세 종합합산과세대상이던 토지를 비사업용 토지로 보아 추가 법인세 부과를 적법하다고 보았습니다.

양도소득 계산과 차손 통산

법인세법 시행령 제92조의2제9항은 한 사업연도에 둘 이상의 토지등을 양도하면 자산별 토지등 양도소득을 합산하되 장부가액이 양도금액을 넘는 양도차손은 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득에서 순서대로 차감하도록 정합니다. 조세심판원은 조심-2022-서-7687(2023. 11. 27.)에서 과세특례 적용이 배제되는 토지에서 생긴 양도차손은 과세특례 대상 토지의 양도차익과 통산할 수 없다고 판단했습니다.

조세심판원은 법인이 양도 주택의 취득세 납부서와 등기비용 영수증을 제시한 사안에서 그 비용이 취득가액에 해당할 가능성이 높다고 보아 실제 지출 여부와 감가상각을 고려한 세무상 장부가액을 재조사하도록 결정했습니다(조심-2025-서-3404, 2025. 11. 18.). 취득 부대비용은 장부가액에 들어갈 수 있습니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 해석례와 결정례·판결은 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 결정과 판결은 해당 사실관계에 대한 판단이며 대구지방법원 판결은 2020년 8월 18일 개정 전 법인세법이 적용된 사안입니다.

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