지주회사 현물출자 과세이연과 자산총액 5천억원 기준

승계 전략과 정책 변화

가족이 여러 회사 주식을 나눠 가진 구조를 한 법인 아래로 정리할 때 먼저 검토하는 조세특례제한법 제38조의2는 설립되거나 전환되는 회사가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 지주회사여야 적용되며 그 정의 안에는 자산총액 5천억원이라는 금액 기준이 들어 있습니다.

과세이연은 지주회사 주식을 처분할 때까지입니다

조세특례제한법 제38조의2 제1항은 내국법인의 내국인 주주가 2026년 12월 31일까지 요건을 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 지주회사를 새로 설립하거나 기존 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 발생한 양도차익 상당액의 양도소득세 또는 법인세를 그 주주가 지주회사 주식을 처분할 때까지 이연받을 수 있도록 정합니다. 조문 괄호는 처분에 상속하거나 증여하는 경우를 포함한다고 적습니다.

요건은 지주회사와 현물출자한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유할 것, 그리고 현물출자로 자회사가 된 내국법인이 같은 날까지 사업을 계속할 것의 두 가지이며 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제4항은 그 주주의 범위를 법인세법 시행령 제80조의2 제5항에 해당하는 주주로 정합니다.

조세특례제한법 제38조의2 제3항은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 지주회사에 해당하지 않게 되거나 자회사가 사업을 폐지하거나 대상 주주가 주식을 처분하는 등의 사유가 생기면 지주회사가 현물출자로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자일 현재 시가의 차액을 익금에 산입하도록 하며 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제7항은 그 기간을 현물출자일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정합니다.

가족 회사를 모은 법인도 지주회사로 인정되는가

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 제7호는 지주회사를 주식의 소유로 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사로 정의하며 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 제1항은 그 금액을 대차대조표상 자산총액 5천억원(벤처지주회사는 300억원) 이상으로, 제2항은 주된 사업의 기준을 자회사 주식가액 합계액이 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 정합니다.

자산총액의 기준일은 해당 사업연도에 설립·합병·분할한 회사면 그 등기일 현재, 그 밖의 회사면 직전 사업연도 종료일 현재입니다. 자산총액이 이 금액에 못 미치는 법인은 자회사 주식의 비중이 높더라도 이 법률상 지주회사에 해당하지 않으므로 그 법인에 주식을 현물출자한 개인 주주는 조세특례제한법 제38조의2의 과세이연을 적용받을 수 없고 현물출자 시점에 양도차익을 계산해야 합니다.

지주회사가 되면 행위제한이 함께 적용됩니다

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제18조 제2항에 따라 지주회사는 자본총액의 2배를 초과하는 부채액을 보유할 수 없고 자회사 주식을 그 자회사 발행주식총수의 100분의 50(상장법인 등은 100분의 30) 미만으로 소유할 수 없으며 자회사 외의 국내 계열회사 주식 소유도 제한됩니다. 전환이나 설립 당시 이미 기준을 넘는 부분에는 2년의 유예가 있습니다.

자산 기준에 못 미치면 포괄적 교환·이전 특례를 검토합니다

조세특례제한법 제38조 제1항은 내국법인이 상법 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 상법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전으로 상대방 법인의 완전자회사가 되는 경우 요건을 갖추면 완전자회사 주주의 주식양도차익 상당액의 양도소득세 또는 법인세를 완전모회사 주식을 처분할 때까지 이연하며 이 조문은 지주회사 해당 여부를 요건으로 두지 않습니다.

요건은 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간일 것(포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외), 교환·이전대가 총합계액 중 완전모회사 주식 가액이 100분의 80 이상이고 대통령령에 따라 배정되며 완전모회사와 일정 주주가 교환·이전일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유할 것, 완전자회사가 같은 날까지 사업을 계속할 것의 세 가지입니다.

거주자 주주는 조세특례제한법 시행령 제35조의2 제3항에 따라 교환·이전대가에서 완전자회사 주식 취득가액을 뺀 금액과 주식 외 금전 등의 합계액 중 작은 금액만 양도소득으로 과세되고 나머지는 이연되며 조세특례제한법 시행령 제35조의2 제11항은 사후관리 기간을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정합니다. 완전모회사가 자회사 주식 전부를 갖게 되는 방식이므로 가족 외 주주가 있는 회사는 상법 절차까지 함께 검토해야 합니다.

이연받은 지주회사 주식을 자녀에게 증여하면 이연세액이 과세됩니다

조세특례제한법 제38조의2 제1항이 처분에 증여를 포함하고 있어 과세이연을 받은 주주가 현물출자로 받은 지주회사 주식을 자녀에게 증여하면 그 시점에 이연된 양도소득세를 납부해야 합니다. 조세심판원은 증여가 문언에 명시되지 않았던 2012년 조문을 적용한 사건에서도 처분에 증여가 포함된다고 판단했고(조심2024서3145, 2025. 2. 19.) 서울고등법원도 현물출자로 취득한 지주회사 주식의 증여를 처분으로 보았습니다(서울고등법원 2024. 7. 5. 선고 2023누52576 판결).

적용 세율은 지주회사 주식을 증여하는 당시의 세율이라고 국세청이 회신했고(서면-2024-자본거래-4845, 2025. 10. 22.) 조세심판원도 현물출자 당시 세율을 적용해야 한다는 주장을 받아들이지 않았습니다(조심2024서3145). 지주회사 주식을 자녀에게 넘기는 것이 설립의 목적이라면 증여 시점에 증여세와 이연된 양도소득세가 함께 계산되므로 두 세액을 합친 금액으로 증여 시기와 수량을 정해야 합니다. 반대로 지주회사가 일반법인과 적격합병하는 경우에는 합병법인의 지주회사 요건 충족 여부와 관계없이 과세이연이 계속된다는 회신이 있습니다(서면-2022-법규재산-0457, 2022. 11. 25.).

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 11일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 결정례와 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 조세심판원 결정은 해당 사건에 한해 효력이 있는 유사 사안 판단례이며 다른 사건에 대한 선례 구속력은 없습니다. 2027년 이후 현물출자분의 적용 여부는 그때의 현행 법령으로 다시 확인해야 합니다.

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