비영리법인이 수익사업에서 번 돈을 고유목적사업에 쓰려고 준비금으로 계상하면 이자·배당소득은 전액, 그 밖의 수익사업 소득은 100분의 50까지 손금에 산입됩니다. 법인격 없는 종교단체처럼 법인으로 보는 단체는 「법인세법 시행령」 제56조 제1항이 정한 단체에 해당해야 이 규정을 적용받습니다.
준비금을 손금에 넣을 수 있는 주체
「법인세법」 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 고유목적사업이나 일반기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 일정 한도에서 손금에 산입한다고 정하고 같은 항 괄호에서 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다고 범위를 좁힙니다. 민법상 허가를 받아 설립된 재단법인·사단법인은 비영리내국법인으로 이 조문에 바로 들어가지만 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체는 한 단계를 더 거쳐야 합니다.
「법인세법 시행령」 제56조 제1항이 정한 단체는 같은 영 제39조 제1항 제1호에 해당하는 단체, 법령에 의하여 설치된 기금, 「공동주택관리법」에 따른 공동주택의 입주자대표회의·임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구입니다. 교회·사찰 같은 종교단체가 법인으로 보는 단체로서 수익사업을 하고 있다면 준비금 계상 전에 이 목록 중 어디에 해당하는지를 먼저 확인해야 합니다.
「법인세법」 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입)
「법인세법 시행령」 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입)
「국세기본법」 제13조(법인으로 보는 단체)
손금산입 한도의 두 구간
「법인세법」 제29조 제1항 제1호는 「소득세법」 제16조 제1항 각 호의 이자소득 금액(비영업대금의 이익은 제외)과 같은 법 제17조 제1항 각 호의 배당소득 금액을 전액 한도로 인정하며 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등에서 나온 배당소득은 제외합니다. 제2호는 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱한 금액을 한도로 하고 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 지출액의 100분의 50 이상을 장학금으로 쓰는 법인은 100분의 80을 적용합니다.
| 소득 구분 | 손금산입 한도 | 근거 |
|---|---|---|
| 이자소득(비영업대금 이익 제외) | 100% | 제29조 제1항 제1호 가목 |
| 배당소득 | 100% | 같은 호 나목 |
| 그 밖의 수익사업 소득 | 50% | 같은 항 제2호 |
| 장학금 지출 50% 이상 공익법인 | 80% | 같은 항 제2호 괄호 |
제2호의 수익사업 소득은 「법인세법 시행령」 제56조 제3항에 따라 준비금과 특례기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 제1호 금액, 이월결손금, 특례기부금을 빼서 계산합니다. 수익사업에서 결손금이 발생한 해에는 제1호 금액 합계에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액이 한도가 됩니다.
결산 계상이 원칙인 이유
준비금은 결산을 확정할 때 손비로 계상해야 손금에 들어가는 결산조정 항목이므로 외부감사 대상이 아닌 단체는 결산서 단계에서 계상을 마쳐야 합니다. 「법인세법」 제29조 제2항은 외부감사를 받는 비영리내국법인이 세무조정계산서에 계상하고 이익처분 때 같은 금액을 준비금으로 적립하면 결산에 계상한 것으로 본다는 예외를 두고 있으며 이 예외는 감사인의 회계감사를 받는 법인에만 적용됩니다.
5년 안에 써야 하는 금액과 사용으로 인정되는 범위
「법인세법」 제29조 제5항은 해산, 고유목적사업의 전부 폐지, 법인으로 보는 단체의 승인 취소, 손금에 산입한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 미사용, 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우를 익금 환입 사유로 열거하고 있습니다. 5년 미사용과 목적 외 사용으로 환입할 때에는 제7항과 「법인세법 시행령」 제56조 제7항에 따라 당초 손금산입으로 줄어든 법인세액에 1일 10만분의 22의 율을 곱한 이자상당액을 더해 납부합니다.
고유목적사업은 「법인세법 시행령」 제56조 제5항에 따라 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업 외의 사업을 말하며 같은 조 제6항은 고유목적사업 수행에 직접 소요되는 유형·무형자산 취득비용과 인건비 등 필요경비로 사용한 금액을 사용액으로 봅니다. 자산을 취득한 뒤 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않고 처분하면 그 취득비용은 사용액으로 인정되지 않습니다.
· 수익사업 소득에 다른 비과세·감면을 받으면 준비금은 적용되지 않습니다(「법인세법 시행령」 제56조 제8항).
· 50%를 넘겨 손금산입하는 법인은 임직원 총급여 8천만원 초과분이 인건비로 인정되지 않을 수 있습니다(같은 조 제11항).
· 지출은 먼저 계상한 사업연도의 준비금부터 차례로 상계합니다(법 제29조 제3항).
· 법인으로 보는 단체는 「법인세법 시행령」 제56조 제1항 해당 여부부터 확인합니다.
· 이자·배당은 100%, 그 밖의 수익사업 소득은 50%가 한도입니다.
· 계상한 해의 종료일 이후 5년 안에 고유목적사업에 써야 합니다.
· 준비금조정명세서를 법인세 신고와 함께 제출합니다(「법인세법 시행령」 제56조 제9항).
· 의료법인 고유목적사업준비금 손금산입 한도와 5년 사용의무
· 공익법인 주식 출연 한도와 초과분 상속세 과세가액 산입
· 법인 기부금 손금산입 한도와 특례기부금 구분
관련 서비스 · 세무기장전문센터(법인기장·결산)
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-30 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 단체의 법적 지위와 수익사업 범위에 따라 적용 여부가 달라지므로 정관과 승인 서류를 함께 갖추어 검토하세요.
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