특수관계 법인 간 사업양수와 이월결손금 공제 제한

법인전환 방식과 절차

특수관계 법인에서 사업을 양수하면 양수법인이 전부터 보유하던 이월결손금을 양수한 사업부문의 소득에서 공제하지 못합니다.

제한을 받는 결손금이 누구의 것인지

「법인세법」 제50조의2는 내국법인이 다른 내국법인의 사업을 양수하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 사업양수일 현재 같은 법 제13조 제1항 제1호에 해당하는 결손금을 사업을 양수한 내국법인의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 양수한 사업부문에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 않도록 정하고 있습니다. 측정 시점은 사업양수일입니다. 제13조 제1항 제1호의 결손금은 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에 발생해 신고·결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 금액을 말합니다.

제한을 받는 것은 양도법인에서 넘어온 결손금이 아니라 양수법인이 사업양수일 전부터 보유하던 자기 결손금입니다. 사업양수에는 결손금을 승계하는 규정 자체가 없습니다. 자산의 포괄적 양도에 「법인세법」 제45조를 준용해 양도법인의 결손금 승계를 허용하던 「조세특례제한법」 제37조는 2017년 12월 19일 삭제되었습니다.

두 가지 비율과 판정 시점

기준은 두 개이고 둘 다 넘어야 발동합니다. 「법인세법 시행령」 제86조의2 제1항은 그 기준을 자산총액 비율과 순자산 비율로 나누어 정하면서 두 기준에 모두 해당하는 경우만 대상으로 하고 있어 하나만 충족한 양수는 이 조문의 적용을 받지 않습니다.

자산총액 70%와 순자산 90%

같은 항 제1호는 양수자산이 사업양수일 현재 양도법인 자산총액의 100분의 70 이상이면서 양도법인의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액의 100분의 90 이상일 것을 요구합니다. 두 비율의 분자는 모두 양수자산입니다. 분모만 자산총액과 순자산으로 다르기 때문에 부채가 많아 순자산이 작은 법인에서 사업을 양수하면 자산총액 기준에 미달하더라도 순자산 기준은 충족될 수 있으며 두 기준을 함께 계산해야 제한 여부가 판정됩니다. 조문은 양수자산·자산총액·부채총액을 장부가액으로 볼지 시가로 볼지 정하지 않았고 이를 다룬 해석도 찾지 못했습니다.

특수관계 판정의 기준일

같은 항 제2호는 사업의 양도·양수 계약일 현재 양도·양수인이 특수관계인인 법인일 것을 요구합니다. 두 기준의 판정 시점이 한 거래 안에서 어긋납니다. 자산 비율은 사업양수일 현재로 재고 특수관계는 계약일 현재로 재기 때문에 계약 후 양수까지 기간이 긴 거래에서는 어느 시점의 상태를 보는지 먼저 정해야 합니다. 시행령 제86조의2는 특수관계인의 범위에 관한 준용 조문을 따로 두지 않았으므로 「법인세법」 제2조 제12호와 「법인세법 시행령」 제2조 제8항의 일반 정의로 돌아가며 부당행위계산 부인의 특수관계인을 규정하던 구 시행령 제87조는 2019년 2월 12일 삭제되어 인용 대상이 아닙니다.

구분경리 의무와 자산가액 안분

「법인세법」 제113조 제7항은 제50조의2에 해당하는 사업을 양수하는 내국법인이 사업양수일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금이 있으면 그 결손금을 공제받는 기간 동안 자산·부채와 손익을 양수한 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것으로 구분해 기록하도록 하되 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 사업을 양수하는 경우에는 구분하지 않을 수 있도록 하고 있습니다. 기간에 상한이 없습니다. 합병과 분할의 구분경리가 결손금 공제기간 또는 5년이라는 고정기간을 함께 두는 데 비해 사업양수의 기간은 결손금을 공제받는 기간 하나로 정해집니다.

구분경리를 하지 않은 경우에는 제50조의2 본문 괄호에 따라 양수한 사업부문의 소득금액을 자산가액 비율로 안분계산합니다. 같은 영 제86조의2 제2항은 그 비율을 사업양수일 현재 양수법인의 사업용 자산가액과 양수한 사업부문의 사업용 자산가액의 비율로 하고 양수한 사업부문의 사업용 자산가액은 결손금을 공제하는 각 사업연도 종료일 현재 계속 보유하거나 사용하는 자산의 사업양수일 현재 가액으로 한정합니다. 처분한 뒤 대체한 자산은 계속 보유한 것에 포함됩니다.

개인사업자 법인전환과의 구분

제50조의2의 문언은 “다른 내국법인의 사업을 양수하는 경우”입니다. 개인사업자가 사업을 법인에 양도하는 법인전환은 양도인이 법인이 아니므로 이 조문이 적용되지 않으며 애초에 개인사업자의 이월결손금은 법인에 넘어가지 않습니다. 이 조문이 문제가 되는 국면은 법인전환을 마친 뒤 계열 법인 사이에서 사업부를 옮기는 거래입니다.

합병·분할합병 조문과의 대조

합병과 분할합병은 승계 측 결손금과 양수 측 자기 결손금을 함께 규율하는 양면 구조이고 사업양수는 양수법인의 자기 결손금만 제한하는 단면 구조입니다. 조문의 표현도 서로 다릅니다. 합병·분할합병은 “승계받은 사업에서 발생한 소득금액”으로 적고 제50조의2는 “양수한 사업부문에서 발생한 소득금액”으로 적습니다.

제50조의2로 공제 대상에서 제외한 나머지 소득에는 「법인세법」 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도를 다시 적용하는 두 단계 계산이 이루어지며 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 그 단서에서 100분의 100을 적용받습니다. 합병·분할합병의 80% 한도 특칙에 대응하는 항은 사업양수에 없습니다.

언제 체결한 계약부터 적용되는지

제50조의2와 제113조 제7항은 법률 제18590호로 2021년 12월 21일 신설되어 2022년 1월 1일부터 시행되었고 같은 법 부칙의 적용례는 시행 이후 사업 양도·양수 계약을 체결하는 경우부터 적용하도록 정합니다. 적용 기준은 계약 체결일입니다. 2021년에 계약을 체결하고 2022년에 양수를 마친 거래는 이 조문의 적용 범위에서 빠집니다. 「법인세법」 법률 제21217호(2025년 12월 23일 공포, 2026년 1월 1일 시행)의 적용례에는 제50조의2가 들어 있지 않고 신설 이후 본법 개정도 없었습니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-18 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 회신은 국세법령정보시스템에서 문서번호로 확인했습니다.

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