중소기업 결손금 소급공제 환급과 이월공제 선택

중소기업 세제 혜택

중소기업 결손금 소급공제는 직전 사업연도 세율로 환급액을 계산하므로 법인세율이 과세표준 구간마다 1%포인트씩 오른 2026 사업연도의 결손금은 2025 사업연도로 소급할 때보다 다음 사업연도로 이월해 공제할 때 세액 효과가 더 클 수 있습니다.

소급공제 요건과 환급액 계산

법인세법 제72조 제1항은 법인세법 제13조 제1항 단서의 중소기업에 해당하는 내국법인이 결손금을 낸 경우 직전 사업연도 법인세 산출세액에서 직전 사업연도 과세표준에서 소급공제할 결손금을 뺀 금액에 직전 사업연도 세율을 적용한 세액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있도록 정하고 있으며 환급 한도는 법인세법 시행령 제110조 제1항에 따라 직전 사업연도 산출세액에서 공제·감면세액을 뺀 법인세액입니다. 토지등 양도소득 법인세는 산출세액에서 뺍니다.

환급을 받으려면 법인세법 제72조 제2항과 법인세법 시행령 제110조 제2항에 따라 결손금이 생긴 사업연도의 법인세 신고기한까지 소급공제법인세액환급신청서를 내야 하고 법인세법 제72조 제4항에 따라 결손금이 생긴 사업연도와 직전 사업연도의 법인세를 모두 신고기한 안에 신고했어야 합니다.

표는 2025 사업연도 과세표준 1억5천만원, 2026 사업연도 결손금 1억원, 공제·감면세액이 없는 법인을 가정했고 이월공제 효과는 2027 사업연도 과세표준이 결손금 공제 전 1억원 이상 2억원 이하인 경우입니다. 2025 사업연도 2억원 이하 구간 세율은 개정 전 법인세법 제55조 제1항의 100분의 9이고 법인세법 부칙(법률 제21217호)의 세율 적용례에 따라 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 100분의 10이 적용되므로 같은 1억원 결손금이라도 이월공제의 세액 효과가 100만원 더 큽니다.

소급과 이월의 선택

중소기업의 이월결손금은 법인세법 제13조 제1항에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 100 한도에서 15년 이내 발생분을 공제할 수 있으므로 다음 사업연도 이후 과세소득이 예상되면 이월공제를 함께 비교할 수 있습니다. 환급은 법인세법 제72조 제3항에 따라 신청을 받은 세무서장이 지체 없이 결정하는 반면 이월공제는 뒤 사업연도에 과세소득이 생겨야 효과가 생기므로 자금 사정과 이익 전망을 같이 봐야 합니다. 법인세법 시행령 제110조 제3항 단서는 결손금 가운데 일부만 소급공제받은 경우를 예정하고 있어 결손금 일부만 소급하고 나머지를 이월하는 방식도 쓸 수 있습니다.

신청기한과 경정청구

소급공제의 신청기한은 결손금이 생긴 사업연도의 법인세 신고기한입니다. 국세청은 법인46012-1314(2000. 6. 7.)에서 결손금 소급공제를 적용받으려는 사업연도의 신고기한 안에 환급신청을 하지 않으면 소급공제 환급을 받을 수 없다고 회신했고 국세청 심사결정 심사법인2011-0055(2011. 11. 17.)도 신고기한이 지난 뒤 경정청구로는 소급공제 환급을 받을 수 없다고 판단했습니다. 감사원 심사결정 감심-2000-0038(2000. 3. 14.)은 신청이 없으면 이월결손금 공제로 처리된다고 보았습니다.

조세심판원은 신고 방식이 쟁점이 된 조심-2021-서-0620 결정(2021. 10. 25.)에서 연결납세방식으로 법인세를 신고한 법인도 법인세법 제60조에 따른 신고를 한 것으로 보아 결손금 소급공제 요건을 갖췄다고 판단하고 경정청구를 거부한 처분이 잘못이라고 결정했습니다.

직전 사업연도 법인세액이나 과세표준이 나중에 달라지면 법인세법 제72조 제6항에 따라 과세관청이 당초 환급세액을 즉시 경정해 추가로 환급하거나 과다 환급분을 징수하며 이 조항의 신설일은 2018년 12월 24일입니다. 그 전에는 직전 사업연도 법인세액이 증액경정돼도 당초 신청한 금액 범위에서만 소급공제를 인정한 결정(국심-1999-중-0531, 1999. 9. 8.)이 있었습니다.

사후 추징과 이자상당액

법인세법 제72조 제5항은 결손금이 생긴 사업연도의 과세표준이 경정되어 결손금이 줄어든 경우, 직전 사업연도가 경정되어 환급세액이 줄어든 경우, 중소기업이 아닌 법인이 환급받은 경우에 환급세액(앞의 두 경우는 과다 환급분)에 이자상당액을 더해 결손금이 생긴 사업연도의 법인세로 징수하도록 정하고 있습니다. 이자상당액은 법인세법 시행령 제110조 제4항에 따라 당초 환급세액 통지일 다음 날부터 고지일까지 1일 10만분의 22로 계산하며 과다 환급에 정당한 사유가 있으면 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항 본문의 이자율을 적용합니다.

결손금이 줄어 징수하는 세액은 법인세법 시행령 제110조 제3항의 계산식에 따라 줄어든 결손금 가운데 소급공제받지 않은 결손금을 넘는 부분만큼 당초 환급세액을 비례해 계산하므로 일부만 소급공제한 법인은 세무조사로 결손금이 줄어도 이월해 둔 결손금이 먼저 줄어든 것으로 봅니다.

개인 중소기업

개인사업자는 소득세법 제85조의2에 따라 중소기업을 경영하는 거주자의 사업소득 이월결손금(부동산임대업 결손금 제외)을 직전 과세기간 그 중소기업 사업소득에 부과된 종합소득 결정세액 한도에서 소급공제할 수 있으며 종합소득세 확정신고기한까지 신청해야 하고 소급공제한 이월결손금은 공제받은 금액으로 봅니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 15일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 2025 사업연도 세율은 같은 날 법령 연혁본으로, 해석례와 결정례는 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 표의 금액은 가정한 수치로 계산한 예시이며 실제 환급액은 직전 사업연도 공제·감면세액에 따라 달라집니다.

회계법인 리파인드는 세무·회계·재무에서 승계까지 함께 맡습니다. 상담 신청 · 02-516-3830