물적분할 과세이연과 압축기장충당금 사후관리

승계 전략과 정책 변화

적격물적분할로 손금에 산입한 압축기장충당금은 분할법인이 받은 주식이나 분할신설법인이 승계한 자산을 처분할 때 그 비율만큼 익금에 산입됩니다.

적격물적분할의 요건과 전액 주식

「법인세법」 제47조 제1항은 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 같은 법 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있도록 정하고 있습니다. 준용에 한정이 붙습니다. 제46조 제2항 제2호는 분할대가의 전액이 주식등인 경우로 한정되며 「법인세법 시행령」 제84조 제1항·제2항에 따라 그 금액을 분할신설법인주식등의 압축기장충당금으로 계상해야 합니다.

제46조 제2항 제2호의 원래 요건은 세 겹입니다. 분할대가 전액이 주식일 것, 그 주식을 주주의 지분비율대로 배정할 것, 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유할 것입니다. 물적분할에서는 분할대가를 받는 자가 주주가 아니라 분할법인 자신이므로 배정 요건과 주주 보유 요건은 작동할 여지가 없고 제47조 제1항 괄호가 첫 겹만 떼어 준용합니다. 대법원도 분할대가 전액이 주식이어야 한다는 요건은 분할법인이 분할되는 사업부문의 자산·부채를 이전하는 대가로 분할신설법인 주식만을 취득하여야 한다는 것으로서 지분관계의 계속성을 정한 것이라고 판단했습니다(대법원 2016두40986, 2018.6.28.).

부득이한 사유로 완화되지 않는 제1호

제47조 제1항 단서는 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 제46조 제2항 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 손금에 산입할 수 있도록 합니다. 완화 대상에 제1호는 없습니다. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 자산·부채의 포괄적 승계 방식으로 분할하고 분할법인등만이 출자해야 한다는 제1호 가목부터 다목까지의 요건은 부득이한 사유로도 면제되지 않으므로, 사업부문의 독립성과 포괄승계 여부가 적격 판정에서 따로 확인됩니다.

대법원은 독립된 사업부문을 기능적 관점의 요건으로 보아 인력 미승계나 업무위탁, 거래의존성만으로 요건 불비가 되지 않는다고 하고 포괄승계는 해당 사업활동에 필요한 자산·부채가 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻하므로 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산·부채가 승계되지 않더라도 실질적 동일성을 해치지 않는다고 판단했습니다(대법원 2016두40986, 2018.6.28.). 서울행정법원도 투자 사업부문과 의류제조 사업부문이 공동으로 사용하던 사무실 건물의 미승계가 포괄승계 요건 인정을 방해하지 않는다고 보면서 양도차손이 발생했다는 사정과 물적분할과세특례신청서를 제출하지 않았다는 사정은 적격과 비적격을 구분하는 기준이 아니고 신청서 제출은 절차적 요건이라고 판단했습니다(서울행정법원 2024구합80521, 2026.6.11. 1심, 확정 여부 미확인). 반면 받을어음은 포괄승계의 예외로 규정되어 있지 않아 미승계 시 요건을 충족하지 못한다고 본 결정이 있습니다(조심-2013-중-3306, 2014.6.3.).

제2항과 제3항의 사후관리

제47조 제2항과 제3항은 발동 사유와 익금산입 범위가 서로 다릅니다.

제2항 · 처분비율만큼, 기간 제한 없음

제47조 제2항은 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우와 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액을 익금에 산입하도록 정하고 있습니다. 본문에 기간 요건이 없습니다. 압축기장충당금 잔액이 남아 있는 한 처분 시점이 몇 년 뒤이든 비율 상당액이 익금에 산입되며 같은 항 제2호 후단은 분할신설법인이 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알리도록 하고 있습니다. 대상 자산은 「법인세법 시행령」 제84조 제4항에 따라 감가상각자산과 토지, 주식등 세 가지입니다.

제3항 · 잔액 전부, 2년과 3년

제47조 제3항은 분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 분할신설법인이 승계받은 사업을 폐지하는 경우, 분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우, 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문 종사 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우에 제2항으로 익금에 산입하고 남은 금액 전부를 익금에 산입하도록 합니다. 「법인세법 시행령」 제84조 제13항은 그 기간을 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정하고 근로자 수 요건은 3년으로 정하고 있습니다. 기산점이 분할등기일이 아닙니다. 다음 사업연도 개시일이므로 분할등기일이 속한 사업연도의 남은 기간만큼 실제 관리기간이 늘어납니다.

사업의 폐지 판정은 같은 영 제84조 제17항이 제80조의2 제7항 및 제80조의4 제8항을 준용하도록 하고 있고 제80조의4 제8항은 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보도록 정합니다. 대법원은 처분이나 직접 사용 여부를 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단해야 한다고 보면서 담보신탁등기는 처분에 해당하지 않는다고 판단했습니다(대법원 2016두40986, 2018.6.28.).

익금산입액 계산식

「법인세법 시행령」 제84조 제3항은 주식처분비율과 자산처분비율을 더한 비율에서 두 비율을 곱한 비율을 뺀 값을 직전 사업연도 종료일 현재 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 익금산입액으로 정하고 있습니다. 두 비율의 기준이 다릅니다. 주식처분비율은 장부가액으로 재고 자산처분비율은 양도차익으로 재며 여기서 양도차익은 분할등기일 현재 승계자산의 시가에서 분할등기일 전날 분할법인이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액입니다. 국세청은 제2호의 양도차익을 양도차익이 발생한 승계자산만을 기준으로 계산한다고 회신했습니다(서면-2018-법인-0052, 2018.5.21.).

적격구조조정으로 처분한 경우의 충당금 대체

제47조 제2항 단서는 분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우를 익금산입에서 제외합니다. 「법인세법 시행령」 제84조 제5항은 그 사유를 세 가지로 열거하며 제1호는 분할법인 또는 분할신설법인이 최초로 적격합병·적격분할·적격물적분할·적격현물출자 또는 「조세특례제한법」 제38조·제38조의2에 따라 과세를 이연받은 주식의 포괄적 교환등과 현물출자로 주식등 및 자산을 처분하는 경우, 제2호는 분할신설법인의 발행주식 전부를 분할법인이 소유한 상태에서 각 목의 방식으로 처분하는 경우, 제3호는 같은 영 제82조의2 제3항 각 호의 사업부문을 적격분할 또는 적격물적분할하는 경우입니다. 이 사유에 해당하면 같은 조 제6항에 따라 압축기장충당금을 자산승계법인주식등이나 일시상각충당금 등으로 대체하고 제7항부터 제11항까지의 2차 사후관리를 받습니다.

이 대체 규정을 다룬 회신이 여러 건입니다. 1차 물적분할로 취득한 주식 전부를 2차 물적분할로 처분하면 1차 압축기장충당금을 전부 익금에 산입하고(서면-2014-법령해석법인-19274, 2015.3.31.), 분할신설법인이 최초로 적격분할한 경우에는 당초 압축기장충당금을 익금에 산입하지 않습니다(서면-2016-법인-5913, 2017.4.27.). 분할법인이 그 물적분할로 신설된 분할신설법인을 적격합병하는 경우에는 잔액을 익금에 산입하며(서면-2015-법인-1624, 2015.9.17. · 서면-2015-법령해석법인-0871, 2015.7.7.), 주식승계법인이 완전자회사인 분할신설법인을 적격합병하는 경우에는 승계자산 중 당초 물적분할한 자산의 일시상각충당금이나 압축기장충당금으로 대체합니다(서면-2023-법인-0472, 2024.4.8.). 분할신설법인이 흡수합병된 후 자산승계법인이 유상증자해 분할법인 지분율이 50% 미만이 된 사안에서는 자산승계법인주식등 취득일의 지분비율의 50% 미만에 해당하지 않으면 잔액을 익금에 산입하지 않는다고 회신했습니다(사전-2023-법규법인-0660, 2023.10.31.).

신고서류와 2025년 2월 개정

제47조 제6항과 「법인세법 시행령」 제84조 제18항은 「법인세법」 제60조에 따른 신고 시 물적분할과세특례신청서와 자산의 양도차익에 관한 명세서를 제출하도록 정하고 있습니다. 여기에 제출 의무가 하나 늘었습니다. 같은 영 제84조 제19항이 대통령령 제35350호로 2025년 2월 28일 신설되어 분할신설법인과 자산승계법인이 승계자산을 처분한 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고 시 자산의 양도차익에 관한 명세서를 제출하도록 했고 같은 영 부칙의 적용례는 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용하도록 했습니다.

「법인세법」 제47조 자체는 2017년 12월 19일 이후 개정되지 않았고 법률 제21217호(2025년 12월 23일 공포, 2026년 1월 1일 시행)의 적용례에 제47조는 없는 상태입니다. 다만 적격 판정의 실체 요건을 담은 「법인세법 시행령」 제82조의2는 2025년 12월 30일과 2026년 2월 27일에 개정되었고 독립된 사업부문과 포괄승계의 판단기준을 정한 「법인세법 시행규칙」 제41조도 2026년 1월 2일 개정되었습니다. 물적분할은 「법인세법」 제46조 제2항을 준용하므로 이 개정들이 그대로 적격 판정에 들어옵니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-18 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 판결과 회신은 국세법령정보시스템에서 사건번호와 문서번호로 확인했습니다.

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