비거주자 비상장주식 매입과 매수인의 원천징수

전환 후 법인 운영

국내사업장이 없는 비거주자에게서 내국법인의 비상장주식을 사들이는 법인이나 개인은 소득세법 제156조 제1항 제7호에 따라 대금을 지급할 때 지급금액의 100분의 10을 원천징수하고 취득가액과 양도비용이 확인되면 그 금액과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수해 지급한 달의 다음 달 10일까지 납부해야 합니다.

매수인이 원천징수의무자가 되는 근거

소득세법 제119조 제11호는 내국법인이 발행한 주식의 양도로 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득을 비거주자의 국내원천 유가증권양도소득으로 정하고 소득세법 시행령 제179조 제11항 제1호는 비거주자가 주식을 양도해 발생하는 소득을 그 범위에 넣으면서 증권시장을 통해 양도한 경우로서 양도자와 특수관계인이 양도일이 속하는 연도와 직전 5년 동안 계속 발행주식총액의 100분의 25 미만을 소유한 경우만 제외합니다. 증권시장 밖에서 사고파는 비상장주식은 이 제외에 해당하지 않습니다.

소득세법 제156조 제1항은 이 소득을 비거주자에게 지급하는 자를 원천징수의무자로 정하면서 제119조 제9호의 국내원천 부동산등양도소득을 지급하는 거주자와 비거주자만 제외하므로 유가증권양도소득에서는 매수인이 법인이든 개인이든 원천징수의무를 집니다. 대금을 국외에서 지급하더라도 지급자가 국내에 주소나 거소, 본점, 주사무소를 두고 있으면 소득세법 제156조 제3항에 따라 국내에서 지급한 것으로 보고 매도인이 외국법인인 경우에는 법인세법 제98조 제1항 제7호가 같은 세율의 법인세 원천징수를 정합니다.

원천징수세액 계산

소득세법 제126조 제1항 제1호는 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인된 취득가액과 양도비용만 수입금액에서 공제하도록 하고 있어 매수인이 확인할 수 있는 취득 증빙이 없으면 지급금액의 100분의 10이 그대로 원천징수세액이 됩니다.

원천징수의무자는 소득세법 제156조 제12항에 따라 지급금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 원천징수영수증을 매도인에게 발급해야 하며 원천징수한 소득세에 딸린 지방소득세는 따로 계산합니다.

부동산 과다보유 법인의 주식

소득세법 제119조 제9호 나목은 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 자산총액 중 토지·건물과 부동산에 관한 권리 및 다른 부동산 과다보유 법인 주식의 환산 가액 합계가 100분의 50 이상인 법인의 비상장주식을 부동산주식등으로 보아 국내원천 부동산등양도소득에 넣습니다. 이 주식을 사는 개인은 소득세법 제156조 제1항 괄호에 따라 원천징수의무에서 빠지지만 내국법인이 사면 같은 항 제5호에 따라 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수합니다.

매도인인 비거주자는 소득세법 제121조 제2항에 따라 부동산등양도소득을 거주자와 같은 방법으로 분류과세받고 소득세법 제156조 제15항은 비거주자가 그 소득세를 미리 납부했거나 비과세·과세미달임을 증명하면 원천징수하지 않도록 정합니다.

조세조약에 따른 비과세·면제 신청

주식 양도소득의 국내 과세 여부는 조세조약에 따라 달라질 수 있고 요건도 조약마다 다르므로 매도인 거주지국과의 조약 원문을 확인해야 합니다. 소득세법 제156조의2 제1항은 조세조약에 따른 비과세나 면제를 적용받으려는 실질귀속자인 비거주자가 비과세·면제신청서와 실질귀속자임을 증명하는 서류를 소득지급자에게 내고 소득지급자가 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정하며 같은 조 제3항은 서류를 받지 못했거나 서류로 실질귀속자를 파악할 수 없으면 소득지급자가 소득세법 제156조 제1항의 세율로 원천징수하도록 정합니다.

같은 조 제4항은 세무서장이 검토한 결과 비과세·면제 요건이 충족되지 않거나 신청서 내용이 사실과 다르면 세액을 소득지급자에게서 징수하도록 정하고 있어 매수인이 신청서의 내용을 확인해야 합니다. 원천징수된 뒤에 비과세·면제를 적용받으려는 실질귀속자나 소득지급자는 같은 조 제5항에 따라 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 이내에 경정을 청구할 수 있습니다.

지급명세서와 증권거래세, 가산세

소득세법 제164조의2 제1항은 비거주자에게 국내원천소득을 지급하는 자에게 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일까지 지급명세서를 제출하도록 하며 소득세법 시행령 제216조의2 제1항 제7호의 원천징수세액 1천원 미만 면제는 소득세법 제119조 제9호와 제11호의 양도소득에 적용되지 않습니다. 다만 같은 항 제6호에 따라 소득세법 제156조의2의 비과세·면제신청을 한 국내원천소득은 제출 대상에서 빠집니다.

조세심판원은 양도차손으로 원천징수할 세액이 없던 비상장주식 양수 거래에서 지급명세서를 내지 않은 양수인에게 가산세를 부과한 처분을 유지했고(조심-2017-서-3512, 2017. 11. 13.) 외국법인에게서 주식을 양수한 법인 사안에서도 같은 판단을 했습니다(조심-2023-중-7228, 2023. 8. 16.). 지급명세서를 기한까지 내지 않으면 소득세법 제81조의11 제1항에 따라 지급금액의 100분의 1(기한 후 3개월 이내 제출 시 1천분의 5)을 가산세로 내며 법인은 법인세법 제75조의7 제1항이 같은 가산세를 정합니다.

증권거래세법 제3조 제3호 단서는 국내사업장이 없는 비거주자가 금융투자업자를 통하지 않고 주권등을 양도하면 양수인을 증권거래세 납세의무자로 정합니다. 원천징수를 하지 않은 매수인에게는 국세기본법 제47조의5 제1항에 따라 미납세액의 100분의 3과 기간 이자 상당액 등을 합한 원천징수 등 납부지연가산세가 붙으며 100분의 3과 기간 이자 상당액의 합계는 미납세액의 100분의 10, 전체는 100분의 50을 한도로 합니다.

회사가 자기주식으로 사들이는 경우

회사가 비거주자 주주의 주식을 직접 취득하는 경우 국세청은 내국법인이 소각을 전제로 외국 주주에게서 주식을 유상 인수하고 대금을 지급할 때의 소득구분을 거래의 실질 내용에 따라 판단한다고 회신했습니다(국제세원관리담당관실-1294, 2008. 7. 21.). 배당소득으로 구분되면 소득세법 제156조 제1항 제2호의 100분의 20이 적용되므로 취득 목적과 절차를 계약 전에 정리하세요.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 결정례와 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 조세조약의 적용 여부는 매도인 거주지국과의 조약 원문으로 따로 확인해야 하며 계산 예시의 수치는 설명을 위한 가정입니다.

회계법인 리파인드는 세무·회계·재무에서 승계까지 함께 맡습니다. 상담 신청 · 02-516-3830