합병 이월결손금의 승계와 공제 한도

승계 전략과 정책 변화

합병으로 넘겨받은 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 생긴 소득금액의 범위에서만 공제됩니다.

결손금 승계의 근거와 적격합병 요건

「법인세법」 제44조의3 제2항은 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 합병등기일 현재 같은 법 제13조 제1항 제1호의 결손금과 그 밖의 자산·부채 및 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 정하고 있습니다. 적격합병이 아닌 합병은 같은 법 제44조의2 제1항 후단과 「법인세법 시행령」 제85조 제2호가 퇴직급여충당금·대손충당금 관련 세무조정사항만 승계하도록 하고 있어 결손금을 넘겨받는 근거 조문이 없습니다.

적격합병 요건은 「법인세법」 제44조 제2항에 있습니다. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병이어야 하고 합병대가의 총합계액 중 합병법인 주식등의 가액이 100분의 80 이상이면서 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유해야 하며 합병법인은 그 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속하고 피합병법인 근로자 중 승계한 근로자 비율 100분의 80 이상을 유지해야 합니다. 같은 항 단서의 부득이한 사유는 제2호부터 제4호까지에만 적용되고 1년 사업 계속 요건에는 적용되지 않습니다.

합병법인의 결손금과 승계결손금의 공제 범위

「법인세법」 제45조는 결손금이 어느 법인에서 생겼는지에 따라 공제할 수 있는 소득을 나눕니다. 제1항은 합병법인의 합병등기일 현재 결손금 중 승계결손금을 제외한 금액을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 않도록 하고 제2항은 승계결손금을 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제하도록 하며 제5항은 각각의 소득금액에 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)을 곱한 금액을 공제 한도로 정하고 있습니다.

흑자법인이 결손법인을 합병한 경우

대법원은 제지업 법인이 피합병법인을 흡수합병하면서 이월결손금 약 863억원을 승계한 뒤 합병법인 전체 소득을 한도 기준으로 삼아야 한다며 경정청구를 한 사건에서 승계결손금은 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 한도율을 곱한 범위에서만 공제된다고 판단하고 상고를 기각했습니다(대법원 2025두35623, 2026.4.16.). 같은 판결은 결손법인이 흑자법인을 합병하면 제1항이, 흑자법인이 결손법인을 합병하면 제2항이 적용되며 두 규정이 합병 여부와 관계없이 각 결손금의 공제 범위를 같게 하려는 것이고 2019년 12월 31일 신설된 제5항은 확인적 규정이라고 보았습니다.

결손법인이 흑자법인을 합병한 경우

합병법인의 자기 결손금은 피합병법인에서 승계한 사업의 소득에서 공제할 수 없습니다. 국세청은 관광숙박업 법인이 다른 법인을 적격합병한 뒤 자기 결손금을 공제하려는 사안에서 한도를 합병법인 소득에서 승계사업 소득을 뺀 금액을 기준으로 계산하고 승계사업에서 결손이 났다면 그 결손금을 합병법인 소득금액에 가산한다고 회신했습니다(서면-2025-법인-1882, 2025.9.11.). 그 결과 공제 한도는 합병법인이 원래 하던 사업의 소득을 기준으로 계산됩니다. 합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인에서 생긴 결손금은 제45조 제1항의 공제 제한 대상이 아니라는 회신도 있습니다(사전-2020-법령해석법인-1292, 2021.3.23.).

구분경리와 사업용 자산가액 안분

「법인세법」 제113조 제3항은 다른 내국법인을 합병하는 법인이 결손금이 있거나 승계결손금을 공제받으려는 경우 그 결손금을 공제받는 기간 동안 자산·부채와 손익을 승계받은 사업과 그 밖의 사업으로 구분해 기록하도록 하되 중소기업 간 합병이나 동일사업을 하는 법인 간 합병은 구분하지 않을 수 있도록 하며 구분하지 않은 경우 제45조 제1항은 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분해 계산하도록 정하고 있습니다.

안분 비율과 동일사업 판정

「법인세법 시행령」 제81조 제1항은 그 비율을 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 하면서 승계한 사업용 자산가액은 결손금을 공제하는 각 사업연도 종료일 현재 계속 보유·사용하는 자산으로 한정합니다. 같은 영 제156조 제2항은 중소기업 해당 여부를 합병 전 현황에 따르고 동일사업 여부는 한국표준산업분류의 세분류로 판정하되 둘 이상의 세분류에 해당하면 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업으로 보도록 정하고 있으며 국세청도 성인의류 법인과 아동의류 법인이 같은 세 가지 세분류를 영위한 합병에서 이 기준으로 판단하라고 회신했습니다(사전-2023-법규법인-0808, 2023.12.6.).

합병 뒤 자산을 팔았을 때의 소득 귀속

구분경리를 하는 법인은 「법인세법 시행규칙」 제77조 제1항 제4호 단서에 따라 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산과 무형자산의 양도손익을 그 자산을 소유하던 사업부문의 손익으로 보며 국세청은 합병법인이 피합병법인에게서 승계한 토지·건물을 매각해 생긴 처분이익을 승계받은 사업에서 발생한 소득금액으로 보았습니다(사전-2020-법령해석법인-1292, 2021.3.23.). 구분경리를 하지 않은 중소기업 간 합병에서는 합병법인이 원래 보유하던 사업용 자산의 처분이익도 사업용 자산가액 비율로 안분합니다(서면-2021-법인-7335, 2022.7.28.). 합병 뒤 어느 쪽 자산을 처분할 계획인지에 따라 구분경리 선택의 유불리가 달라집니다.

사후관리 위반과 합병 뒤 재편

「법인세법」 제44조의3 제3항은 적격합병을 한 합병법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 승계받은 사업을 폐지하거나 피합병법인의 지배주주등이 받은 주식을 처분하거나 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 두 법인 근로자 수 합의 100분의 80 미만으로 떨어지면 승계결손금 중 공제한 금액 등을 익금에 산입하도록 합니다. 「법인세법 시행령」 제80조의4는 그 기간을 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(근로자 수는 3년)으로 정하고 제4항에서 공제한 승계결손금 전액을 익금에 산입하며 제8항에서 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업을 폐지한 것으로 봅니다.

내국법인이 발행주식총수를 소유한 다른 법인을 합병하는 경우처럼 같은 법 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제44조의3 제3항 괄호에서 사후관리 대상에서 빠집니다. 완전자회사가 완전모회사를 흡수합병한 사안에서 국세청은 합병 뒤 2년 안에 승계사업을 폐지해도 승계결손금을 익금에 산입하지 않되 구분경리 의무와 승계사업 소득 범위의 공제 한도는 그대로 적용된다고 회신했습니다(서면-2018-법인-0193, 2018.2.11.). 합병 뒤 승계결손금을 공제받던 사업부를 다시 적격물적분할하면 그 결손금은 분할신설법인에 승계되지 않고 분할법인의 소득에서도 공제되지 않는다는 회신도 있어(사전-2019-법령해석법인-0215, 2019.6.25.) 합병 이후의 재편 계획까지 함께 검토해야 합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-17 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 판결과 회신은 국세법령정보시스템에서 사건번호와 문서번호로 확인했습니다.

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