법인이 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 주택은 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하이면 종합부동산세 과세표준 합산에서 제외됩니다. 2026년 2월 27일 시행으로 이 합산배제를 받지 못하는 종업원의 범위가 과점주주에서 주주 또는 출자자인 임원으로 바뀌었습니다.
합산배제 사원용주택등의 근거 조문
「종합부동산세법」 제8조 제2항 제2호는 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 주택을 과세표준 합산 대상이 되는 주택의 범위에서 제외하도록 정하면서 그 구체적인 범위를 대통령령에 위임하고 있습니다. 위임을 받은 「종합부동산세법 시행령」 제4조 제1항은 합산배제 사원용주택등을 스물일곱 개 호로 나누어 열거하고 있으며 미분양주택이나 정비사업 시행자에 관한 호를 제외하면 일반 법인에 실제로 적용되는 호는 제1호 종업원 제공 주택과 제2호 기숙사 두 가지입니다.
제1호는 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하인 주택을 대상으로 합니다. 여기서 사용자에는 「근로복지기본법」 제50조에 따라 설치한 사내근로복지기금과 둘 이상의 사용자가 같은 법 제86조의2에 따라 공동으로 조성한 공동근로복지기금이 포함되므로 복지기금 명의로 보유한 주택도 같은 요건으로 판정합니다.
합산배제에서 제외되는 종업원
제외되는 종업원은 두 부류입니다. 같은 호 단서의 가목은 사용자가 개인인 경우 그 사용자와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 친족관계에 있는 자이고, 나목은 사용자가 법인인 경우 해당 법인의 주주 또는 출자자인 임원입니다. 다만 나목에는 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주등을 제외한다는 단서가 붙어 있습니다.
2026년에 바뀐 제외 대상
나목의 문언은 2026년 2월 27일 공포된 대통령령 제36132호로 개정되었습니다. 종전 문언은 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주를 제외 대상으로 삼았고 개정 문언은 지분율 기준을 임원 지위 기준으로 바꾸어 해당 법인의 주주 또는 출자자인 임원으로 정한 뒤 소액주주등을 다시 빼는 구조를 취했습니다.
| 구분 | 종전 | 2026.2.27 이후 |
|---|---|---|
| 제외 기준 | 「국세기본법」 제39조 제2호 과점주주 | 주주 또는 출자자인 임원 |
| 임원이 아닌 지배주주 | 제외 | 합산배제 적용 |
| 지분 1% 미만 임원 | 합산배제 적용 | 소액주주등이면 적용 |
| 지분 5% 임원 | 과점주주 여부로 판정 | 제외 |
소액주주등의 정의는 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 있습니다. 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등을 말하되 해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하므로, 지분이 1%에 미치지 않더라도 지배주주의 특수관계인인 임원에게 제공한 주택은 합산배제를 적용받지 못합니다.
종합부동산세법 제8조 제2항 제2호 · 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제1호 나목(2026.2.27 개정) · 법인세법 시행령 제50조 제2항 · 대통령령 제36132호 부칙 제3조 제1항
· 첫 적용은 2026년 6월 1일 과세기준일입니다.
· 부칙 제3조 제1항이 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하도록 정했습니다.
· 종합부동산세법 제3조는 과세기준일을 재산세 과세기준일로 정하고 지방세법 제114조는 그 날을 매년 6월 1일로 정합니다.
· 임원 명부와 주주명부를 5월 중에 대조하세요.
기숙사와 연중 제공 기간
제2호는 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목의 기숙사를 별도 호로 두고 있어 제1호와 같은 규모 요건이나 가격 요건을 붙이지 않습니다. 건축물대장상 용도가 기숙사이면 공시가격이 6억원을 넘더라도 합산배제 대상이 되므로, 사택과 기숙사 중 어느 쪽으로 건축물 용도를 정할지가 보유 단계의 세부담을 정합니다.
제공 기간의 판정 기준은 같은 조 제2항입니다. 2025년 2월 28일 신설된 이 항은 해당 연도 중 종업원에게 제공하는 기간이 9개월 이상인 경우로서 종업원에게 제공하지 않는 기간에 다른 용도로 사용하지 않았다면 그 연도 과세기준일 현재 종업원에게 계속하여 제공하는 것으로 보도록 정하고 있습니다. 인사이동으로 공실이 생긴 기간이 있어도 3개월 이내이고 그 사이에 임대나 다른 용도로 쓰지 않았다면 합산배제가 유지됩니다.
신고 기간과 추징
합산배제는 신고를 전제로 합니다. 「종합부동산세법」 제8조 제3항은 합산배제 주택을 보유한 납세의무자가 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 보유현황을 신고하도록 정하고 있고 시행령 제4조 제5항은 사원용주택등 합산배제 신고서로 신고하되 최초 신고 연도의 다음 연도부터는 신고한 내용에 변동이 없으면 신고를 생략할 수 있도록 하고 있습니다.
변동 신고를 빠뜨리면 요건 미충족으로 추징됩니다.
종합부동산세법 제17조 제5항 제1호는 합산배제 주택이 추후 요건을 충족하지 아니하게 된 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하도록 정합니다.
임원 선임으로 나목에 해당하게 된 해에는 신고 내용에 변동이 생긴 것이므로 9월 신고를 다시 하세요.
합산배제 여부에 따른 세액 차이
법인이 보유한 주택은 개인과 세율 구조가 다릅니다. 「종합부동산세법」 제8조 제1항 제2호는 제9조 제2항 제3호의 세율이 적용되는 법인의 과세표준 공제액을 0원으로 정하고 제9조 제2항 제3호는 2주택 이하를 소유한 경우 1천분의 27, 3주택 이상을 소유한 경우 1천분의 50의 단일세율을 적용하도록 정합니다. 사원용 주택 한 채가 합산 대상에 들어오면 그 공시가격 전액에 이 세율이 적용됩니다.
같은 항 제1호는 예외를 둡니다. 「상속세 및 증여세법」 제16조에 따른 공익법인등이 직접 공익목적사업에 사용하는 주택만을 보유한 경우와 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제9조 제1항 제1호의 누진세율을 적용하므로, 의료법인이나 학교법인이 보유한 사택은 단일세율을 적용받지 않을 수 있습니다.
같은 개정에서 정리된 조항
2026년 2월 27일 개정은 시행령 제4조 제1항에서 일곱 개 호를 한꺼번에 삭제했습니다. 삭제된 호는 제9호, 제10호, 제11호, 제14호, 제15호, 제16호, 제17호로 기업구조조정부동산투자회사와 신탁업자가 2010년 2월 11일이나 2011년 4월 30일, 2012년 12월 31일까지 취득하는 미분양주택에 관한 조항이며 취득 기한이 모두 지나 적용 여지가 없던 규정입니다. 같은 개정에서 제3호 미분양주택에 「신탁법」 제2조에 따른 수탁자의 지위로서 소유하고 있는 주택이 포함되었고 제26호 기업구조조정 부동산투자회사의 취득 기한은 2026년 12월 31일까지로 연장되면서 준공 후 미분양주택이라는 요건이 붙었습니다.
· 법인 명의 주택의 종합부동산세 · 공제 0원과 단일세율, 상한 배제
· 사택·월세 지원·주택자금 대여의 세무 처리
· 사내근로복지기금 출연과 주식가치, 잔여재산 귀속
· 토지등 양도소득 법인세 · 법인 주택 20%와 비사업용 토지 10%
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-20 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.
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