주식의 포괄적 교환 과세이연 요건과 2년 사후관리

승계 전략

「상법」상 주식의 포괄적 교환으로 어느 내국법인이 상대방 법인의 완전자회사가 되는 경우, 그 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 대한 양도소득세 또는 법인세는 「조세특례제한법」 제38조의 세 가지 요건을 모두 갖추면 완전모회사 주식을 처분할 때까지 과세가 이연됩니다.

요건은 세 가지입니다

「조세특례제한법」 제38조 제1항은 내국법인이 세 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 따라 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 과세이연을 허용합니다.

제1호는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 교환일 것을 요구하며 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 이 요건에서 제외됩니다. 제2호는 완전자회사의 주주가 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 교환으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것을 요구합니다. 제3호는 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것을 요구합니다.

사후관리 기간은 다음 사업연도 개시일부터 2년입니다

「조세특례제한법」 제38조 제2항은 완전모회사가 완전자회사 주식을 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가로 취득하고 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 완전자회사가 사업을 폐지하거나 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 교환으로 취득한 주식을 처분하는 사유가 발생하면 완전자회사의 주주가 이연받은 세액을 납부하도록 정하고 있습니다. 같은 항은 완전모회사에 그 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알릴 의무도 지우고 있습니다.

그 기간은 「조세특례제한법 시행령」 제35조의2 제11항에서 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정해져 있습니다. 교환일부터 2년이 아니라 교환한 사업연도가 끝난 다음 사업연도의 첫날부터 세는 2년이므로 실제 관리 기간은 2년보다 길어집니다.

사업 폐지의 판정과 납부 시기

「조세특례제한법 시행령」 제35조의2 제8항은 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우 사업을 폐지한 것으로 본다고 정하고 있습니다. 같은 조 제12항 제1호는 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 이연받은 세액을 납부하도록 하고 제2호는 주주가 법인인 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입하도록 정하고 있습니다.

교환 전 2년 내에 취득한 주식은 금전 교부로 계산됩니다

「조세특례제한법」 제38조 제1항 제2호의 80% 요건을 판정할 때 완전모회사가 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득해 둔 완전자회사 주식이 있으면 「조세특례제한법 시행령」 제35조의2 제5항에 따라 일정 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더합니다. 완전모회사가 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 지배주주가 아닌 경우에는 2년 이내에 취득한 완전자회사 주식이 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액을 더하며 지배주주인 경우에는 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액 전부를 더합니다.

완전자회사 지분을 먼저 취득한 뒤 교환을 진행하면 이 규정 때문에 주식 외 대가의 비중이 커져 80% 요건을 충족하지 못할 수 있으므로, 사전 취득 시점과 교환 시점의 간격을 요건 판정과 함께 정해야 합니다.

대가 배정에서 제외되는 소액주주

「조세특례제한법 시행령」 제35조의2 제6항은 「조세특례제한법」 제38조 제1항 제2호와 같은 조 제2항 제2호의 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주를 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조 제3항에 따른 지배주주등 중 일정한 자를 제외한 주주로 정의하며 제외되는 자는 친족 중 4촌인 혈족과 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자입니다. 주식 보유 요건과 처분 제한은 이 범위의 주주를 기준으로 판정합니다.

과세특례신청서를 내지 않으면 특례를 적용받지 못합니다

「조세특례제한법 시행령」 제35조의2 제14항은 「조세특례제한법」 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 재정경제부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 정하고 있습니다. 완전자회사의 주주와 완전모회사가 함께 내는 서류이므로 양쪽의 신고 일정을 맞추어 두어야 합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-29 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 주식의 포괄적 교환은 「상법」상 주주총회 특별결의와 주식매수청구 절차를 함께 거치므로 세법 요건과 회사법 절차를 같이 설계해야 합니다.

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