비거주자 국내원천소득의 실질귀속자 판정과 경정청구

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비거주자에게 국내원천소득을 지급한 자가 낮은 세율로 원천징수했다면 서류에 적힌 자가 실질귀속자인지를 먼저 판정해야 하며 판정이 뒤집히면 그 차액은 원천징수의무자가 부담합니다.

실질귀속자가 낸 서류가 적용 요건입니다

「소득세법」 제156조의6 제1항은 같은 법 제119조에 따른 국내원천소득의 실질귀속자인 비거주자가 조세조약에 따른 제한세율을 적용받으려는 경우에 제한세율 적용신청서와 국내원천소득의 실질귀속자임을 증명하는 서류를 같은 법 제156조 제1항에 따른 원천징수의무자에게 제출하도록 정하고 있으며 해당 국내원천소득이 국외투자기구를 통하여 지급되는 경우에는 「소득세법」 제156조의6 제2항에 따라 그 국외투자기구가 실질귀속자로부터 서류를 받아 명세가 포함된 국외투자기구 신고서와 함께 원천징수의무자에게 제출하는 구조를 두고 있습니다.

서류가 들어오지 않았거나 제출된 서류로는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에 원천징수의무자는 「소득세법」 제156조의6 제3항에 따라 제한세율을 적용하지 아니하고 같은 법 제156조 제1항 각 호의 금액을 원천징수하여야 합니다.

같은 항은 제출된 서류에 누락된 사항이나 미비한 사항이 있으면 보완을 요구할 수 있다고 적고 있습니다. 보완 요구는 원천징수의무자의 권한이지 의무가 아닙니다. 서류가 갖추어지지 않은 상태에서 조세조약의 낮은 세율로 원천징수하면 그 차액은 원천징수의무자에게 남습니다.

제출의무 신설로 한 칸씩 밀린 항 번호

「소득세법」 제156조의6 제4항은 2025년 12월 23일 신설돼 2026년 1월 1일부터 시행되고 있습니다. 실질귀속자 또는 국외투자기구로부터 신청서등과 국외투자기구 신고서를 제출받은 원천징수의무자는 그 서류를 납세지 관할 세무서장에게 해당 국내원천소득 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 제출하여야 하며 원천징수의무자가 휴업하거나 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출하여야 합니다.

※ 경정청구 기간 5년과 통지기간 6개월은 숫자가 바뀌지 않았고 항 번호만 한 칸씩 밀렸습니다. 조문을 인용할 때 항 번호를 확인하세요.

개정 부칙(법률 제21221호) 제10조는 「소득세법」 제156조의6 제4항의 개정규정을 이 법 시행 이후 조세조약에 따른 제한세율의 적용을 신청하는 경우부터 적용한다고 정하고 있습니다. 2026년 중에 들어온 신청서부터 제출 대상이 되고 그 첫 제출기한은 2027년 2월 말일입니다.

실질귀속자와 수익적 소유자를 누가 판정하는가

조문은 서류를 받으라고만 정하고 서류에 적힌 자가 실질귀속자인지를 판정하는 기준은 두지 않았습니다. 그 판정은 원천징수 단계에서 지급자가 먼저 하고 이후 과세관청이 다시 봅니다.

형식상 수령자와 실질귀속자가 다를 때

국세청은 국제세원관리담당관실-314(2009년 6월 16일)에서 실질귀속자는 거래의 실질내용 등을 종합적으로 사실판단하여 결정하며 실질적 소유자인 수익적 소유자를 소득의 귀속자로 하여 조세조약을 적용한다고 회신했습니다.

조세심판원은 조심-2011-서-3225(2013년 12월 18일)에서 네덜란드 조세조약 제12조가 수익적 소유자 요건을 별도로 규정하고 있지 않더라도 사실상의 귀속자를 납세의무자로 하여 세금을 부과해야 하므로 사용료를 받은 법인을 도관회사로 보아 한국과 네덜란드 사이 조세조약의 제한세율 적용을 배제한 처분이 정당하다고 결정했습니다.

상위 모회사가 여럿인 경우

조심-2020-서-1737(2022년 8월 17일)은 배당을 받은 모회사의 상위 모회사가 셋인 사안에서 그중에 배당금의 수익적 소유자 또는 실질귀속자가 있는 것으로 보이므로 「법인세법」 제98조 제1항 제3호의 세율이 아니라 한국과 미국 또는 한국과 덴마크 사이 조세조약의 제한세율을 적용함이 타당하다고 보아 배당금이 누구에게 귀속되었는지를 재조사하도록 결정했습니다. 이 사안에서 다시 판정된 것은 어느 조약의 제한세율을 적용하는지였습니다.

잘못 적용했을 때의 경정청구

적용받은 제한세율에 오류가 있거나 「소득세법」 제156조의6 제3항에 따라 제한세율을 적용받지 못한 실질귀속자가 제한세율을 적용받으려는 경우에는 실질귀속자 또는 원천징수의무자가 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 이내에 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있습니다(「소득세법」 제156조의6 제5항).

다만 「국세기본법」 제45조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있습니다. 경정을 청구받은 세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 알려야 합니다(「소득세법」 제156조의6 제6항).

경정청구는 실질귀속자와 원천징수의무자가 모두 할 수 있습니다. 서류가 늦게 갖추어진 사안에서는 이미 높은 세율로 원천징수한 뒤 경정청구로 돌려받는 경로를 쓸 수 있습니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 29일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 예규·심판례의 문서번호는 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 조세조약은 상대국별로 제한세율과 요건이 다르므로 적용 전에 해당 조약 원문을 확인해야 합니다.

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