법인이 대표나 그 가족처럼 특수관계인인 개인에게서 주식을 시가보다 낮게 사들이면 시가와 매입가액의 차액이 그 법인의 익금이 됩니다. 「법인세법」 제15조 제2항 제1호가 정한 이 규정은 매도인이 개인이고 대상이 유가증권일 때만 적용되며 익금에 산입한 금액은 그 주식의 취득가액에 더해집니다.
익금으로 보는 차액의 요건
「법인세법」 제15조 제2항 제1호는 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 법 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금으로 본다고 정합니다. 요건은 매도인이 특수관계인일 것, 매도인이 개인일 것, 거래 대상이 유가증권일 것, 매입가액이 시가보다 낮을 것 네 가지이며 하나라도 빠지면 이 호는 적용되지 않습니다.
법인이 자산을 싸게 사면 원칙적으로는 매입 시점에 이익이 생기지 않고 나중에 처분할 때 양도차익으로 과세됩니다. 이 호는 그 순서를 앞당겨 매입한 사업연도에 차액을 익금으로 잡도록 하는 특칙이므로 특수관계 개인과의 주식 거래에서는 거래일이 속하는 사업연도의 법인세 계산부터 달라집니다.
「법인세법」 제15조 제2항 제1호(익금의 범위), 제52조 제2항(시가)
「법인세법 시행령」 제72조 제3항 제1호(취득가액에 포함하는 금액), 제89조(시가의 범위)
「소득세법」 제101조(양도소득의 부당행위계산), 「소득세법 시행령」 제167조 제3항
비상장주식의 시가를 정하는 순서
「법인세법」 제15조 제2항 제1호가 기준으로 삼는 시가는 제52조 제2항의 시가이고 「법인세법 시행령」 제89조 제1항은 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 시가로 봅니다. 가족 회사의 비상장주식은 그런 거래가격이 없는 경우가 있어 이때는 제2항으로 넘어갑니다.
제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정평가법인등의 감정가액과 「상속세 및 증여세법」 준용 평가액을 차례로 적용하도록 하면서 제1호 단서에서 주식등은 감정가액 적용 대상에서 제외하고 있습니다. 비상장주식은 제2호에 따라 「상속세 및 증여세법」 제63조를 준용한 보충적 평가액이 시가가 되므로 거래 직전에 순손익가치와 순자산가치로 산정한 주당 평가액을 먼저 확인해야 합니다.
3억원·5% 기준과의 관계
「법인세법 시행령」 제88조 제3항은 부당행위계산 부인 가운데 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 등의 유형을 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상인 경우에만 적용한다고 정하고 있습니다. 「법인세법」 제15조 제2항 제1호는 익금의 범위를 정한 별도의 조문이고 그 문언에는 이와 같은 금액·비율 기준이 들어 있지 않으므로 차액이 작다는 이유만으로 익금 산입을 피할 수 있다고 판단하기 전에 두 조문의 적용 범위를 따로 검토하세요.
익금에 넣은 금액의 이후 처리
「법인세법 시행령」 제72조 제3항 제1호는 「법인세법」 제15조 제2항 제1호에 따라 익금에 산입한 금액을 자산의 취득가액에 포함한다고 정합니다. 매입 연도에 익금으로 과세된 차액만큼 주식의 세무상 취득가액이 커지므로 법인이 나중에 그 주식을 처분하거나 소각할 때 차감되는 원가도 같은 금액만큼 늘어나고 같은 차액이 두 번 과세되지 않도록 조정됩니다.
자금 계획에는 매입 연도와 처분 연도 두 시점을 모두 반영해야 합니다. 이 조정은 처분 시점에 효과가 나타나므로 자기주식처럼 장기간 보유하는 주식이라면 매입 연도의 법인세가 먼저 늘어나고 취득가액 차감은 처분하는 사업연도에 가서야 반영됩니다.
매도한 개인 쪽의 양도소득세
주식을 판 개인에게는 「소득세법」 제101조가 적용될 수 있습니다. 같은 조 제1항은 양도소득이 있는 거주자가 특수관계인과의 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 그 행위와 관계없이 소득금액을 계산할 수 있다고 정하고 「소득세법 시행령」 제167조 제3항 제1호는 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때를 그 유형으로 들면서 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상인 경우로 한정합니다.
· 매도인이 개인이고 대상이 주식이면 「법인세법」 제15조 제2항 제1호부터 봅니다.
· 비상장주식의 시가는 감정가액이 아니라 보충적 평가액으로 정합니다.
· 익금 산입액은 취득가액에 더해져 처분 시점에 차감됩니다.
· 매도한 개인은 양도소득 부당행위계산 기준(3억원·5%)을 따로 확인합니다.
매도인이 개인이 아닌 특수관계 법인이면 이 호의 문언에 해당하지 않습니다. 법인 간 저가 거래는 매도 법인 쪽의 부당행위계산 부인과 주주 단계의 증여 과세 여부를 별도로 검토하세요.
· 비상장주식 평가 · 순손익가치·순자산가치와 부동산과다법인
· 가족 간 저가양도, 시가 30%와 3억원 중 적은 금액
· 자기주식 취득일부터 1년 내 소각 의무
· 승계를 앞당길 때 자금출처, 무상대출, 저가양수 조문
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-30 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 특수관계인 해당 여부와 주당 평가액에 따라 판정이 달라지므로 거래 전에 평가 결과와 주주 구성을 함께 검토하세요.
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