소득세법 제45조 제3항은 개인사업자의 이월결손금을 발생 과세기간의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간까지 공제하도록 하며 부동산임대업에서 발생한 결손금은 부동산임대업 소득금액에서만 공제하도록 구분합니다.
개인사업자의 결손금은 어떤 순서로 공제하나요?
소득세법 제45조 제1항은 사업자가 비치ㆍ기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금을 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액, 배당소득금액의 순서로 공제한다고 정하고 있으며 제6항은 해당 과세기간에 결손금이 발생하고 이월결손금이 있는 경우에 그 과세기간의 결손금을 먼저 소득금액에서 공제하도록 합니다.
제5항은 결손금을 공제할 때 종합과세되는 배당소득 또는 이자소득 중 원천징수세율을 적용받는 부분을 공제 대상에서 제외하고 기본세율을 적용받는 부분에 대해서는 사업자가 그 소득금액의 범위에서 공제 여부와 금액을 결정하도록 하고 있습니다.
부동산임대업 결손금은 왜 따로 취급하나요?

제2항은 부동산 또는 부동산상의 권리를 대여하는 사업, 공장재단 또는 광업재단을 대여하는 사업, 채굴에 관한 권리를 대여하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업에서 발생한 결손금을 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 않는다고 정하되 주거용 건물 임대업은 이 제외에서 빠집니다.
| 구분 | 당해 결손금 | 이월결손금 |
|---|---|---|
| 일반 사업소득 | 다른 종합소득에서 순서대로 공제(제1항) | 사업·근로·연금·기타·이자·배당소득금액에서 순서대로 공제(제3항 제1호) |
| 부동산임대업(주거용 제외) | 종합소득에서 공제하지 않음(제2항) | 부동산임대업의 소득금액에서 공제(제3항 제2호) |
이월결손금 공제가 배제되는 경우는 언제인가요?
제3항 단서는 국세기본법 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금을 공제하지 않는다고 정하고 있으며 제4항은 해당 과세기간의 소득금액에 대해 추계신고를 하거나 추계조사결정을 하는 경우 제3항의 이월결손금 공제를 적용하지 않되 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부나 증명서류가 멸실되어 추계하는 경우는 예외로 합니다.
따라서 장부를 갖추지 않고 추계로 신고한 과세기간에는 15년 안에 있는 이월결손금도 공제받지 못하며 결손금이 생긴 해의 장부와 증명서류를 제척기간 이후에도 보관해 두어야 합니다.
이월결손금을 공제할 때 확인할 4가지
사업의 종류와 신고 방식에 따라 공제 가능 여부가 달라집니다.
- 결손금이 발생한 지 오래된 해가 있습니다. 발생 과세기간 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간까지 공제합니다. 먼저 발생한 과세기간의 결손금부터 순서대로 공제합니다.
- 부동산임대업에서 결손금이 생겼습니다. 주거용 건물 임대업을 뺀 부동산임대업의 결손금은 종합소득에서 공제하지 않습니다. 이월결손금도 부동산임대업 소득금액에서만 공제합니다.
- 장부 없이 추계로 신고했거나 추계조사결정을 받은 해가 있습니다. 그 과세기간에는 이월결손금 공제를 적용하지 않습니다. 천재지변 등 불가항력으로 장부가 멸실된 경우는 예외입니다.
- 결손금이 생긴 해의 국세부과 제척기간이 지났습니다. 제척기간이 지난 뒤에 그 이전 과세기간의 이월결손금이 확인되면 공제하지 않습니다. 장부와 증명서류는 제척기간 이후에도 보관해 두세요.
상담 때 아래 자료가 있으면 공제 가능한 결손금을 연도별로 첫 자리에서 같이 가려낼 수 있습니다.
- 결손금이 발생한 해의 종합소득세 신고서
- 장부와 증명서류
- 연도별 이월결손금 공제 내역
- 부동산임대업 수입과 비용을 구분한 자료
다 갖추지 않아도 됩니다. 연도별 결손금 발생액 목록 하나로 시작해도 됩니다.
개인사업자 이월결손금의 공제 판정과 법인전환 검토는 법인전환(설립)전문센터에서 같이 봅니다.
상담 신청 · 02-516-3830
· 소득세법 제45조 제1항부터 제6항 (2026.7.1 시행).
· 국세기본법 제26조의2.
이월결손금 공제 기간은 발생 과세기간 종료일부터 15년입니다.
먼저 발생한 과세기간의 결손금부터 순서대로 공제합니다.
부동산임대업 결손금은 임대업 소득에서만 공제하세요.
추계신고를 한 과세기간에는 이월결손금 공제가 배제됩니다.
법인전환이나 폐업 때 개인 이월결손금이 어떻게 처리되는지는 이 글에서 조문으로 확인하지 못했습니다.
부동산임대업의 범위를 정한 대통령령 규정은 원문을 별도로 확인하세요.
법인의 이월결손금 공제 한도와 기간은 법인세법이 따로 정합니다.
법인전환 때 결손금 처리는 아래 글에서 이어서 볼 수 있습니다.
· 소요기간과 이월결손금·노란우산공제의 처리
· 개시 재무상태표와 이월결손금·세액공제 이월분의 승계
· 개인사업자의 법인전환, 개인과 법인의 유불리
· 법인전환이 손해인 경우, 2026년 법인세율과 소득세율
관련 서비스 · 법인전환(설립)전문센터
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-10 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.
