소득세법 제59조의4 제2항은 근로소득이 있는 거주자의 의료비를 총급여액의 100분의 3을 넘는 부분부터 공제하며 공제율은 일반 의료비 100분의 15, 미숙아·선천성이상아 100분의 20, 난임시술비 100분의 30입니다.
의료비 세액공제는 총급여의 3%를 넘는 부분부터 계산하나요?
소득세법 제59조의4 제2항 제1호는 기본공제대상자를 위하여 지급한 의료비 중 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 부분을 공제 대상으로 삼고 있으며 이 부분이 연 700만원을 넘으면 700만원까지만 인정합니다. 기본공제대상자는 나이와 소득의 제한을 받지 않으므로 소득이 있는 부모나 연령이 높은 자녀의 의료비도 거주자가 직접 부담했다면 공제 대상에 들어갑니다.
총급여 5천만원인 근로자의 기준금액은 150만원이며 연간 의료비가 이보다 적으면 일반 의료비로는 공제액이 생기지 않습니다. 이 기준금액은 공제율 15%를 곱하기 전의 금액에 적용되는 기준이므로 의료비 지출액을 모두 합한 뒤 총급여의 3%를 빼는 순서로 계산합니다.
700만원 한도가 적용되지 않는 사람은 누구인가요?
같은 항 제2호는 해당 거주자 본인, 과세기간 개시일 현재 6세 이하인 사람, 과세기간 종료일 현재 65세 이상인 사람, 장애인, 대통령령으로 정하는 중증질환자·희귀난치성질환자·결핵환자를 위하여 지급한 의료비를 별도 항목으로 두고 있으며 이 항목에는 700만원 한도가 없습니다. 단서에 따라 제1호의 의료비가 총급여액의 3%에 미달하는 경우에는 그 미달액을 제2호 의료비에서 뺍니다.
| 구분 | 공제율 | 한도 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 일반 기본공제대상자 | 15% | 3% 초과분 연 700만원 | 제2항 제1호 |
| 본인·6세 이하·65세 이상·장애인·중증질환자 | 15% | 한도 없음 | 제2항 제2호 |
| 미숙아·선천성이상아 | 20% | 한도 없음 | 제2항 제3호 |
| 난임시술비(처방 의약품 포함) | 30% | 한도 없음 | 제2항 제4호 |
어떤 지출이 의료비에 포함되고 어떤 지출이 빠지나요?
소득세법 시행령 제118조의5 제1항은 해당 근로자가 직접 부담하는 비용으로서 의료기관에 지급한 진찰·치료·질병예방 비용, 치료·요양을 위한 의약품 구입비, 장애인 보장구와 처방에 따른 의료기기의 구입·임차비, 보청기 구입비, 노인장기요양급여와 장애인활동지원급여의 본인부담금을 열거합니다. 시력보정용 안경이나 콘택트렌즈는 기본공제대상자 1명당 연 50만원 이내이고 산후조리원 비용은 출산 1회당 200만원 이내로 한도가 따로 붙어 있습니다.
같은 조 제2항은 미용·성형수술 비용과 건강증진을 위한 의약품 구입비용을 제1항 각 호에서 제외하고 있으며 제1항 본문의 괄호는 소득세법 시행령 제216조의3 제7항 각 호에 해당하는 자로부터 지급받은 실손의료보험금을 의료비에서 빼도록 하고 있습니다. 보험금으로 돌려받은 금액은 본인이 부담한 의료비가 아니므로 영수증 금액에서 차감한 뒤 합산해야 합니다.
난임시술비와 미숙아 의료비는 어떤 범위까지 공제되나요?
시행령 제118조의5 제6항은 난임시술을 모자보건법에 따른 보조생식술로 정하고 있으며 소득세법 제59조의4 제2항 제4호는 시술과 관련하여 처방받은 약사법상 의약품의 구입비용까지 포함합니다. 미숙아는 모자보건법에 따른 미숙아로서 보건소장 또는 의료기관의 장이 특별한 의료적 관리와 보호가 필요하다고 인정하는 치료를 위해 지급한 의료비, 선천성이상아는 해당 선천성이상 질환을 치료하기 위해 지급한 의료비가 대상입니다(같은 조 제5항).
제3호와 제4호의 단서는 앞선 항목의 의료비 합계가 총급여액의 3%에 미달하는 경우 그 미달액을 뺀다고 적고 있어서 난임시술비 하나만 있는 근로자도 총급여 3% 기준금액의 영향을 받을 수 있습니다. 공제율이 높은 항목이 기준금액 차감의 마지막 순서에 놓여 있다는 점이 이 단서의 구조입니다.
의료비 세액공제를 계산할 때 확인할 4가지
의료비를 쓴 대상과 항목에 따라 공제율과 한도가 달라집니다.
- 부모나 자녀 등 가족의 일반 의료비를 직접 부담했습니다. 기본공제대상자는 나이와 소득의 제한이 없습니다. 총급여 3%를 넘는 부분만 공제되며 연 700만원까지 인정됩니다.
- 본인이나 65세 이상 가족, 6세 이하 자녀, 장애인의 의료비가 있습니다. 이 항목에는 700만원 한도가 없습니다. 일반 의료비가 총급여 3%에 못 미치면 그 미달액을 이 항목에서 뺍니다.
- 실손보험금을 받았거나 안경 구입비와 산후조리원 비용이 있습니다. 보험금으로 돌려받은 금액은 의료비에서 뺍니다. 안경은 1명당 연 50만원, 산후조리원은 출산 1회당 200만원 한도가 따로 있습니다.
- 난임시술을 받았거나 미숙아·선천성이상아의 의료비가 있습니다. 공제율은 난임시술비 30%, 미숙아·선천성이상아 20%입니다. 난임시술비만 있어도 총급여 3% 기준금액의 영향을 받을 수 있습니다.
상담 때 아래 자료가 있으면 공제 대상 의료비를 첫 자리에서 같이 가려낼 수 있습니다.
- 진료·약제비 영수증과 납입 내역
- 실손의료보험금 수령 내역
- 난임시술과 미숙아·선천성이상아 의료비를 확인할 수 있는 진료 자료
- 총급여를 확인할 수 있는 근로소득 원천징수영수증
다 갖추지 않아도 됩니다. 의료비 영수증 합계 하나로 시작해도 됩니다.
의료비 세액공제의 기준금액 계산과 공제 대상 판정은 세무기장전문센터에서 같이 봅니다.
상담 신청 · 02-516-3830
· 소득세법 제59조의4 제2항 제1호부터 제4호.
· 소득세법 제59조의4 제5항: 과세기간 중 기본공제대상자에서 빠진 사람은 그 사유 발생일까지 지급한 금액만 공제.
· 소득세법 시행령 제118조의5 제1항, 제2항, 제5항, 제6항.
공제 기준금액은 총급여의 3%입니다.
일반 의료비는 기준금액 초과분 700만원까지, 본인·65세 이상·6세 이하·장애인은 한도가 없습니다.
실손보험금으로 받은 금액은 의료비에서 뺍니다.
미용·성형과 건강증진 의약품은 대상에서 제외됩니다.
중증질환자 범위를 정하는 재정경제부령의 세부 내용은 확인하지 않았습니다.
실손의료보험금 차감 대상을 정한 시행령 제216조의3 제7항 각 호도 이 글에서 열어 보지 않았습니다.
한방 치료나 예방접종 같은 개별 지출의 해당 여부는 영수증 단위로 확인해야 합니다.
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-10 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.