미용 목적 진료처럼 과세되는 의료용역이 있는 의원은 겸영사업자가 되며 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분합니다.
실지귀속을 먼저 보고 안분은 그다음입니다
「부가가치세법」 제40조는 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산을 실지귀속에 따라 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 안분하여 계산한다고 정하고 있습니다.
순서가 조문에 적혀 있습니다. 실지귀속이 확인되는 매입세액은 그 귀속에 따라 공제하거나 불공제하고 구분이 불가능한 부분만 안분 대상이 됩니다.
국세청은 서면인터넷방문상담3팀-947(2006년 5월 24일)에서 동일 건물에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 건물 증축 및 엘리베이터 공사 관련 매입세액공제는 그 실지귀속에 따라 하는 것이며 공통으로 사용되어 실질귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공급가액 비율로 안분계산한다고 회신했습니다. 레이저 장비처럼 미용 진료에만 쓰는 자산은 실지귀속으로 전액 공제하고 접수 공간의 인테리어나 냉난방 설비처럼 두 진료에 함께 쓰는 자산이 안분 대상입니다.
안분 계산식과 정산 시점
「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항은 면세사업등에 관련된 매입세액을 공통매입세액에 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 곱하여 계산하도록 정하고 있으며 예정신고를 할 때에는 예정신고기간의 비율로 안분하고 확정신고를 할 때에 정산하도록 하고 있습니다.
여기서 면세공급가액에는 면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 「부가가치세법」 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금 및 공공보조금과 이와 유사한 금액이 들어갑니다.
1기와 2기 각각 정산합니다. 예정신고 비율은 확정신고에서 다시 맞춥니다.
보험급여 수입도 면세공급가액입니다. 요양급여비용을 빠뜨리지 마세요.
실지귀속 자료를 장비 단위로 남기세요. 구분이 되면 안분하지 않습니다.
과세 진료 매출이 발생한 과세기간부터 겸영사업자입니다.
안분하지 않고 전액 공제하는 세 경우
「부가가치세법 시행령」 제81조 제2항은 안분 계산의 예외를 세 가지 두고 있습니다. 이 예외에 걸리면 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 전액 공제되는 매입세액이 됩니다.
| 호 | 요건 | 단서 |
|---|---|---|
| 제1호 | 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만 | 공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외 |
| 제2호 | 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만 | 없음 |
| 제3호 | 「부가가치세법 시행령」 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화 | 없음 |
의원에서 제1호를 적용하기 어려운 이유
제1호는 면세공급가액이 5퍼센트 미만일 때 쓰는 규정입니다. 면세되는 일반 진료와 보험급여 수입이 총공급가액의 5퍼센트 이상인 의원은 이 예외에 들어가지 않습니다. 미용 진료 비중이 높아 면세 수입이 5퍼센트에 미치지 않는 의원이라면 공통매입세액이 5백만원 미만인 과세기간에 한해 전액 공제가 가능합니다.
제2호의 5만원 기준은 소액 공통매입세액을 안분에서 빼 주는 규정이므로 장비나 인테리어 같은 큰 지출에는 적용되지 않습니다.
개원 첫 과세기간처럼 공급가액이 없을 때
「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항은 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 총매입가액에 대한 면세사업등 관련 매입가액의 비율, 총예정공급가액에 대한 면세사업등 관련 예정공급가액의 비율, 총예정사용면적에 대한 면세사업등 관련 예정사용면적의 비율을 차례로 적용하도록 정하고 있습니다.
같은 항 단서에 순서를 바꾸는 규정이 있습니다. 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 비율을 앞의 두 기준보다 먼저 적용합니다. 개원 단계에서 진료실 배치도로 미용 진료 공간과 일반 진료 공간을 구분할 수 있으면 면적 기준이 우선입니다.
같은 조 제5항은 예정사용면적으로 안분한 뒤 두 사업의 공급가액이 모두 생겨 제1항의 계산식을 쓸 수 있게 되어도 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 예정사용면적 기준을 유지하고 사용면적이 확정되는 과세기간에 「부가가치세법 시행령」 제82조 제2호에 따라 정산하도록 정하고 있습니다.
면적으로 나누어야 하는 사안
조세심판원은 조심-2011-중-0869(2011년 10월 11일)에서 부가가치세가 과세되는 재화와 면세되는 재화를 함께 판매하는 대형 할인매장의 공통매입세액을 다루면서 실제 과세사업에 사용하는 면적과 면세사업에 사용하는 면적을 실측을 통하여 구분한 뒤 사용면적에 따라 안분계산하는 것이라고 결정했습니다.
국세청은 서면-2017-부가-2946(2017년 11월 30일)에서 과세와 면세를 겸영하는 사업과 과세사업에 사용하기 위해 건물을 임차하는 경우의 매입세액은 실지귀속이 확인되는 면적이 있으면 그에 따라 공제하고 불분명한 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제81조에 따라 안분계산한다고 회신했습니다.
의원 임차료도 같은 구조로 봅니다. 층이나 구획이 미용 진료 전용으로 나뉘어 있고 그 면적을 측정할 수 있으면 임차료 매입세액의 그 부분은 실지귀속으로 전액 공제하고 공용 면적에 해당하는 부분만 안분합니다.
· 「부가가치세법」 제40조. 실지귀속 우선과 공통매입세액 안분
· 「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항. 면세공급가액 비율 계산식과 확정신고 정산
· 「부가가치세법 시행령」 제81조 제2항. 안분하지 않는 세 경우(면세 5퍼센트 미만·공통매입세액 5만원 미만·제63조 제3항 제3호 재화)
· 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항·제5항. 공급가액이 없을 때의 적용 순서와 예정사용면적 우선
· 「부가가치세법 시행령」 제82조 제2호. 사용면적 확정 과세기간의 정산
면세공급가액이 5퍼센트 미만이어도 공통매입세액이 5백만원 이상이면 예외가 적용되지 않습니다.
실지귀속 자료가 없으면 전액 공제로 신고한 매입세액이 안분 대상으로 재계산될 수 있습니다.
예정사용면적으로 안분한 뒤 사용면적이 확정되면 정산 의무가 생깁니다.
면적 구분은 실측 자료로 뒷받침해야 합니다(조심-2011-중-0869).
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 29일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 예규·심판례의 문서번호는 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 어떤 진료가 과세 대상인지는 진료 내용에 따라 달라지므로 안분 계산 전에 과세 매출의 범위를 먼저 확정해야 합니다.
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