공급자가 세금계산서를 발급하지 않은 거래의 매입세액은 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내에 관할 세무서장의 거래사실 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발행하면 공제받을 수 있습니다.
매입자발행세금계산서는 어떤 경우에 쓸 수 있나요?
부가가치세법 제34조의2 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 공급받은 자가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있도록 정하고 있으며 사업자의 부도나 폐업 또는 공급 계약의 해제나 변경으로 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우도 같은 범위에 포함합니다.
부가가치세법 시행령 제71조의2 제1항은 이 대상 사업자를 법 제32조에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자로 정하고 제2항은 공급한 자가 소재불명이거나 연락이 두절된 상태인 경우와 휴업이나 그 밖의 부득이한 사유로 세금계산서를 발급받는 것이 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우를 대통령령으로 정하는 사유로 열거하고 있습니다.
거래사실 확인 신청은 언제까지 어떻게 하나요?
시행령 제71조의2 제3항에 따라 발행하려는 자는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 자기 관할 세무서장에게 신청해야 하고 제4항은 확인 신청의 대상을 거래건당 공급대가가 5만원 이상인 경우로 한정합니다.
확인 절차와 처리 기한
신청을 받은 세무서장은 공급자 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있으면 신청일부터 7일 이내에 기간을 정해 보정을 요구할 수 있으며 보정에 응하지 않거나 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우와 거래 당시 미등록사업자 또는 휴폐업자와 거래한 것이 명백한 경우에는 확인을 거부하는 결정을 해야 합니다.
거부하지 않은 신청은 7일 이내에 공급자 관할 세무서장에게 송부되고 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실 여부를 확인하여 통지하는데 공급자의 부도나 일시 부재 같은 불가피한 사유가 있으면 20일 이내의 범위에서 기간이 늘어나며 거래사실의 존재와 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있습니다.
발행과 매입세액 공제
거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 확인된 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부해야 하며 신청인과 공급자가 확인 통지를 받은 때에는 교부한 것으로 봅니다.
제13항은 신청인이 예정신고나 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 때 매입자발행세금계산서합계표를 제출하면 기재된 매입세액을 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액이나 납부세액에서 공제받을 수 있다고 정하고 있습니다.
매입자발행세금계산서 신청 전에 확인할 4가지
같은 미발급 거래라도 아래에 따라 신청 가능 여부가 달라집니다.
- 공급자가 세금계산서를 발급하지 않은 거래입니다. 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내에 관할 세무서장에게 거래사실 확인을 신청해야 합니다.
- 거래건당 공급대가가 5만원 미만입니다. 신청 대상이 건당 5만원 이상으로 한정되어 있어 그 거래는 신청할 수 없습니다.
- 공급자가 소재불명이거나 연락이 끊긴 상태입니다. 시행령에 열거된 사유에 해당하므로 확인 신청의 대상이 될 수 있습니다.
- 거래 당시 상대방이 미등록사업자나 휴폐업자였습니다. 확인이 거부되고 거래사실의 입증책임은 신청인에게 있으므로 상대방 상태부터 확인합니다.
다만 신청서 서식과 첨부서류의 세부 요건은 시행규칙에서 확인해야 합니다.
상담 때 아래 자료가 있으면 신청기한과 입증 가능 여부를 첫 자리에서 같이 따져 볼 수 있습니다.
- 계약서와 견적서
- 입금 내역
- 거래 상대방 확인 자료
- 공급받은 재화 또는 용역의 내역
다 갖추지 않아도 됩니다. 입금 내역 하나로 시작해도 됩니다.
거래사실 확인 신청과 매입세액 공제 신고는 세무기장전문센터에서 같이 봅니다.
상담 신청 · 02-516-3830
· 부가가치세법 제34조의2(2026년 1월 2일 시행본).
· 부가가치세법 시행령 제71조의2 제1항부터 제13항(2026년 4월 1일 시행본).
신청기한은 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년입니다.
건당 공급대가 5만원 이상만 신청할 수 있습니다.
세무서의 확인 통지가 나기 전에는 세금계산서를 발행할 수 없습니다.
계약서와 입금 내역과 거래 상대방 확인 자료를 함께 제출하세요.
미등록사업자나 휴폐업자와의 거래는 확인이 거부됩니다.
거래사실을 입증하지 못하면 매입세액 공제를 받지 못합니다.
신청서 서식과 첨부서류의 세부 요건은 시행규칙에서 확인해야 합니다.
세금계산서 수취와 매입세액 공제의 다른 쟁점은 아래 글에서 이어서 볼 수 있습니다.
· 세금계산서 발행 주체 변경과 겸영사업자의 유의점
· 병의원 겸영사업자의 공통매입세액 안분 기준
· 납부기한 연장, 부가세 조기환급, 세무조사 유예
관련 서비스 · 세무기장전문센터(법인기장·결산)
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-11 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.