수도권 밖 공장이전 세액감면 한도 신설과 경과조치

중소기업 세제혜택

2026년 1월 1일부터 수도권 밖으로 공장을 이전한 기업의 세액감면에는 투자누계액의 100분의 70과 상시근로자 수에 1천5백만원을 곱한 금액을 합한 한도가 붙습니다.

감면 요건 세 가지

「조세특례제한법」 제63조 제1항 제1호는 공장이전기업의 요건을 가목과 나목, 다목으로 정하고 있습니다. 가목은 수도권과밀억제권역에 3년(중소기업은 2년) 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 한 기업일 것을 요구하되 공장시설을 이전하기 위하여 조업을 중단한 날이 속하는 과세연도 개시일부터 소급하여 10년 이내에 동일한 공장에 대하여 이 조에 따른 감면을 적용받은 기업은 제외합니다. 나목은 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전할 것을 요구하며 중소기업은 수도권의 인구감소지역으로 이전하는 경우도 여기에 포함됩니다.

「조세특례제한법 시행령」 제60조 제2항은 가목의 계속 조업 실적을 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년(중소기업은 2년) 이상으로 계산하면서 「대기환경보전법」과 「물환경보전법」 또는 「소음ㆍ진동관리법」에 따라 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 조업한 것으로 봅니다.

나목의 이전 방식은 같은 영 제60조 제3항이 두 호로 정합니다. 제1호는 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도하거나 남아 있는 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 조업이 불가능한 상태일 것이고 제2호는 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 2년 이내에 수도권 밖에서 사업을 개시할 것이되 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 그 기간이 3년입니다.

다목은 두 경우에만 붙습니다. 중소기업이 공장시설을 수도권의 인구감소지역으로 이전하면서 본사가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본사도 공장시설과 함께 이전하여야 하고 중소기업이 아닌 기업이 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제8호에 따른 산업단지로 이전하여야 합니다.

지역별 감면기간

「조세특례제한법」 제63조 제1항 제2호 가목은 공장 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 이전 지역에 따라 5년에서 10년까지의 기간 동안 소득세 또는 법인세의 100분의 100을 감면하며 공장 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 않은 경우에는 그 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 기산 과세연도로 봅니다. 나목은 그 다음 3년 이내에 끝나는 과세연도에 100분의 50을 감면하되 가목 2)가) 또는 4)나)에 해당하면 4년으로, 가목 3)가) 또는 4)가)에 해당하면 5년으로 늘려 줍니다.

1)의 지역은 「조세특례제한법 시행령」 제60조 제4항이 당진시와 아산시, 원주시, 음성군, 진천군, 천안시, 춘천시, 충주시, 홍천군(내면 제외) 및 횡성군의 관할구역으로 정하고 수도권의 인구감소지역을 제2호로 덧붙이되 제2호는 이전하는 기업이 중소기업인 경우로 한정합니다. 3)의 지역은 같은 영 제60조 제5항이 구미시와 김해시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시 및 포항시의 관할구역으로 정합니다.

사업 개시 기한도 조문에 있습니다. 공장을 이전하여 2028년 12월 31일까지 사업을 개시하여야 하며 공장을 신축하는 경우로서 공장의 부지를 2028년 12월 31일까지 보유하고 그 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 이전계획서를 제출하면 2031년 12월 31일까지로 늘어납니다.

2025년 12월 23일 신설된 감면한도

법률 제21223호로 2025년 12월 23일 공포된 개정은 제63조에 제9항부터 제12항까지를 새로 넣었습니다. 부칙 제1조에 따라 시행일은 2026년 1월 1일입니다.

「조세특례제한법」 제63조 제9항은 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액을 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액으로 한정합니다. 제1호는 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 70이고 제2호는 해당 과세연도의 이전공장 상시근로자 수에 1천5백만원을 곱한 금액이되 청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업을 영위하는 공장이전기업 이전공장의 상시근로자는 2천만원을 곱합니다.

투자누계액과 감면대상서비스업

「조세특례제한법 시행령」 제60조 제14항은 투자누계액을 제63조 제1항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 재정경제부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액으로 정의하고 제15항은 감면대상서비스업을 같은 영 제23조 제4항에 따른 서비스업으로 정합니다. 두 항 모두 2026년 2월 27일 신설되었습니다.

「조세특례제한법」 제63조 제10항은 적용 순서를 정합니다. 각 과세연도에 감면받을 세액에 한도를 적용할 때 제9항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용합니다.

상시근로자 수 감소와 납부세액

「조세특례제한법」 제63조 제11항은 제9항 제2호의 한도를 적용받아 감면받은 공장이전기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 이전공장 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하도록 하고 있습니다.

「조세특례제한법 시행령」 제60조 제16항이 그 금액을 정합니다. 상시근로자 수가 감소한 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제63조 제9항 제2호를 적용하여 감면받은 세액의 합계액에서 감소한 과세연도의 이전공장 상시근로자 수에 1천5백만원(청년 상시근로자와 감면대상서비스업의 경우 2천만원)을 곱한 금액을 뺀 금액이며 그 수가 음수이면 0으로 봅니다. 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소하면 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺍니다. 같은 영 제17항은 상시근로자와 청년 상시근로자의 범위 및 그 수의 계산방법에 관하여 제11조의2 제7항 및 제8항을 준용하도록 하고 있습니다.

「조세특례제한법」 제63조 제12항은 구분경리 의무를 둡니다. 제9항 제2호에 따라 감면대상서비스업에 대한 감면한도를 적용받는 공장이전기업은 제143조를 준용하여 감면대상서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 합니다.

부칙 제35조의 경과조치

법률 제21223호 부칙 제35조 제1항은 이 법 시행 전에 공장을 이전한 경우의 세액감면에 관하여 제63조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 하고 있습니다. 제2항은 시행 이후 공장을 이전하는 경우로 범위를 넓히면서 공장이전기업이 시행 전에 다섯 가지 행위 중 어느 하나를 한 경우에도 종전의 규정에 따르도록 합니다.

제5호는 앞의 네 호에 준하는 행위를 포섭하는 문언입니다. 계약서나 허가 서류가 없더라도 이전에 착수했다고 볼 만한 사정이 있으면 종전 규정을 적용받을 수 있으므로 시행일 전에 이루어진 부지 물색과 설비 발주, 지방자치단체 협의 기록을 남겨 두세요.

추징 사유와 업종 동일성

「조세특례제한법」 제63조 제2항은 세 가지 추징 사유를 정합니다. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우, 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 않은 경우, 수도권에 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우입니다. 제1호의 합병과 분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 추징에서 빠집니다.

「조세특례제한법 시행령」 제60조 제6항은 납부할 세액의 범위를 사유별로 나눕니다. 폐업이나 해산은 그 날부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액이고 이전 요건 미충족과 동일 제품 공장 설치는 각각 그 날 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액입니다. 제63조 제3항은 이 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 더하여 납부하도록 하고 있습니다.

업종 동일성과 중소기업 졸업

「조세특례제한법」 제63조 제7항은 업종 동일성을 요구합니다. 이전 전의 공장에서 공장시설을 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년(중소기업은 1년) 이상 계속 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 하며 「조세특례제한법 시행령」 제60조 제12항은 그 분류 기준을 한국표준산업분류상의 세분류로 정합니다. 같은 조 제8항은 감면을 적용받은 중소기업이 수도권 안으로 이전한 경우로서 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 그 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 않습니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-19 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.

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