주식으로만 받은 합병대가의 의제배당과 적격합병 요건

전환 후 법인 운영

가족이 지배하는 두 법인을 하나로 합치는 결정은 법인 단계의 양도손익을 기준으로 내리기 쉽지만 소멸하는 법인의 주주에게는 합병등기일을 기준으로 의제배당이 따로 계산되며 합병비율이 한쪽에 유리하게 정해지면 이익을 얻은 대주주에게 증여세도 계산됩니다.

소멸하는 법인의 주주에게 의제배당이 계산됩니다

소득세법 제17조 제2항 제4호는 합병으로 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 취득하는 주식의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액이 소멸한 법인의 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액을 의제배당으로 보며 이 금액은 같은 조 제1항 제3호의 배당소득으로 과세됩니다.

의제배당 금액은 합병으로 받은 주식을 얼마로 평가하느냐에 따라 정해집니다. 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 나목은 법인세법 제44조 제2항 제1호 및 제2호의 요건(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외)을 갖추거나 같은 조 제3항에 해당하는 합병이면 합병으로 받은 주식을 피합병법인 주식의 취득가액으로 평가하며 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목은 그 밖의 주식을 취득 당시의 시가로 평가합니다.

요건을 갖춘 합병에서 주식만 받은 주주는 합병대가와 종전 취득가액이 같아 의제배당이 0원이 되고 금전을 함께 받았다면 그 금전만큼 의제배당이 생깁니다. 나목 단서는 주식과 금전을 함께 받았고 받은 주식의 시가가 피합병법인 주식의 취득가액보다 작으면 시가로 평가하도록 정합니다. 국세청도 법문 그대로 법인세법 제44조 제2항 제1호 및 제2호의 요건을 모두 갖춘 경우 취득가액으로 평가한다고 회신했습니다(서면-2025-소득-0696, 2025. 12. 2.).

주주에게 걸리는 적격합병 요건은 어디까지인가

법인세법 제44조 제2항은 적격합병 요건으로 네 호를 두는데 제1호는 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병이고 제2호는 피합병법인 주주가 받은 합병대가 총합계액 중 합병법인 또는 그 모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이면서 그 주식이 대통령령에 따라 배정되고 일정 주주가 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하는 것이며 제3호와 제4호는 승계 사업의 계속과 근로자 승계 비율 100분의 80 유지입니다.

소득세법 시행령 제27조는 이 가운데 제1호와 제2호만 요건으로 삼으며 제2호에서도 주식 보유 부분은 제외하므로 주주의 의제배당 평가는 1년 사업 계속, 합병대가 중 주식 비율 100분의 80, 그리고 주식 배정 방식 세 가지로 판단합니다. 법인세법 시행령 제80조의2 제4항은 피합병법인 주주가 받은 합병교부주식 총합계액에 각 주주의 지분비율을 곱한 가액 이상의 주식을 각각 배정하도록 정하고 있어 특정 주주에게는 금전만 주고 다른 주주에게 주식을 몰아주는 설계는 이 요건을 충족하지 못합니다.

합병 전 2년 안에 사 둔 주식은 금전으로 계산됩니다

법인세법 시행령 제80조의2 제3항은 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인 주식(합병포합주식)이 있으면 합병법인이 피합병법인의 지배주주가 아닐 때는 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 포합주식에, 지배주주일 때는 포합주식 전부에 교부한 주식 가액을 금전으로 교부한 것으로 보아 주식 비율 100분의 80을 판정합니다. 2026년 2월 27일 개정은 이 판정 대상 주식을 합병법인 또는 합병법인 모회사의 주식등으로 명시하고 합병교부주식등이라는 용어로 정리했습니다.

합병비율이 한쪽에 유리하면 대주주에게 증여세가 계산됩니다

상속세 및 증여세법 제38조 제1항은 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인 간의 합병으로 대주주등이 이익을 얻은 경우 합병등기일을 증여일로 하여 그 이익 상당액을 증여재산가액으로 하며 상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제1항은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 기간 중 특수관계에 있었던 법인 간의 합병을 대상으로, 제2항은 특수관계인 지분을 포함해 발행주식총수의 100분의 1 이상을 소유하거나 소유 주식의 액면가액이 3억원 이상인 주주를 대주주등으로 정합니다.

이익은 합병 후 존속법인의 1주당 평가가액에서 주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액을 교부받은 주식 수 기준으로 환산한 가액을 뺀 차액에 그 법인 대주주등이 교부받은 주식 수를 곱해 계산합니다(상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제3항 제1호). 비상장법인이면 합병 후 1주당 평가가액을 두 합병당사법인의 합병직전 주식가액 합계를 합병 후 주식 수로 나눈 가액으로 보며(상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제5항 제2호) 이익이 합병 후 주식 평가가액의 100분의 30과 3억원 중 적은 금액에 미달하면 과세하지 않습니다(상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제4항 제1호).

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 11일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 해석례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 합병대가의 구성과 합병비율 산정 방식에 따라 결론이 달라지므로 실제 판단은 개별 확인이 필요합니다.

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