연금계좌 해외 ETF 외국납부세액 공제와 2026년 7월 1일 개정

전환 후 법인 운영

2025년 1월 1일 이후 연금계좌로 지급된 해외투자 펀드 소득은 펀드가 외국에 낸 세금을 2026년 7월 1일 이후 인출분의 원천징수세액에서 뺍니다.

2025년 1월 1일부터 바뀐 외국법인세액 처리

「법인세법」 제57조의2는 2022년 12월 31일 법률 제19193호로 개정되기 전까지 투자신탁·투자회사 같은 간접투자회사등이 국외 자산에 투자해 외국법인세액을 낸 경우 그 사업연도의 법인세액에서 외국 납부세액을 빼고 남는 금액은 환급받도록 하면서 환급 대상 세액을 국외자산 투자소득에 「소득세법」 제129조 제1항 제2호의 세율을 곱한 금액으로 제한하고 있었습니다. 개정규정은 같은 법 부칙에 따라 2025년 1월 1일 이후 지급받는 소득부터 적용되었고 이때부터 외국법인세액은 펀드 단계에서 환급받는 대신 투자자가 받는 소득의 세금에서 빼는 구조로 바뀌었습니다.

거주자 쪽 규정은 「소득세법」에 있습니다. 같은 법 제129조 제5항은 간접투자회사등으로부터 받은 배당소득을 원천징수할 때 세후기준가격으로 계산한 소득에 원천징수세율을 곱한 금액에서 간접투자외국법인세액을 대통령령에 따라 계산한 금액을 빼도록 하며 세후기준가격은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제238조 제6항의 기준가격 가운데 간접투자외국법인세액이 차감된 가격을 말합니다(「소득세법」 제57조의2 제2항 제1호).

연금계좌의 운용실적에 따라 증가된 금액은 연금계좌에서 인출할 때 소득으로 과세됩니다(「소득세법」 제20조의3 제1항 제2호 다목). 국세청은 거주자가 2025년 1월 1일 이후 연금계좌로 간접투자회사등으로부터 소득을 지급받은 경우 개정 전 「법인세법」 제57조의2의 환급 특례가 적용되지 않는다고 회신했으며(서면-2025-법규국조-1724, 2026.1.26.) 그 질의인은 국내 연금계좌로 미국 펀드에 투자하면서 2025년부터 외국납부세액이 차감된 금액을 분배받고 있다고 사실관계를 밝혔습니다. 연금계좌에서 인출할 때 이 세액을 빼는 규정은 2025년 12월 23일 법률 제21221호로 「소득세법」 제129조 제8항부터 제10항까지가 신설되면서 마련되었습니다.

연금계좌에서 인출할 때 빼는 금액과 한도

「소득세법」 제129조 제8항은 연금계좌에서 인출한 이자소득·연금소득·기타소득·퇴직소득 가운데 같은 법 제57조의2 제1항 각 호의 요건을 갖춘 소득을 연금계좌인출공제소득으로 정하고 그 소득에 소득 구분별 원천징수세율을 적용한 금액에서 간접투자외국법인세액을 세후기준가격을 고려해 대통령령으로 계산한 금액을 뺀 금액을 원천징수세액으로 하도록 규정하고 있습니다.

뺄 금액은 「소득세법 시행령」 제189조의2 제4항이 정합니다. 간접투자회사등이 소득을 지급할 때마다 같은 영 제117조의2 제1항에 따른 거주자별 간접투자외국법인세액에 0.55를 곱한 금액을 누적해 합산하므로 펀드 단계에서 거주자에게 배분된 외국법인세액이 100만원이라면 인출 때 뺄 금액으로 누적되는 금액은 55만원입니다.

인출소득 세액 한도와 다음 인출로 넘기는 금액

뺄 수 있는 금액에는 한도가 있습니다. 같은 조 제9항은 그 연금계좌인출공제소득에 원천징수세율을 적용해 계산한 금액을 한도로 정하고 제10항은 한도를 넘는 금액을 간접투자외국법인세액을 낸 뒤 연금계좌에서 연금계좌인출공제소득을 인출하는 때에 그 소득의 한도 안에서 공제할 수 있게 규정합니다.

같은 조 제1항 제5호의2는 연금계좌 납입액이나 운용수익을 연금수령할 때의 원천징수세율을 연금수령일 현재 나이에 따라 70세 미만 100분의 5, 70세 이상 80세 미만 100분의 4, 80세 이상 100분의 3으로 정하고 있어 세율이 낮은 구간에서는 한 번의 인출로 뺄 수 있는 금액도 작아지고 다음 인출로 넘어가는 금액이 생길 수 있습니다.

2026년 6월 30일 이전에 인출한 소득

법률 제21221호 부칙은 제129조 제8항부터 제10항까지를 2025년 1월 1일 이후 간접투자회사등으로부터 연금계좌로 지급되고 2026년 7월 1일 이후 연금계좌에서 인출되는 소득을 원천징수하는 경우부터 적용하도록 정했습니다. 그 전에 이미 인출한 소득은 경과조치가 따로 정하고 있는데 2025년 1월 1일 이후 연금계좌로 지급되고 2026년 6월 30일 이전에 인출된 연금계좌인출공제소득의 제8항 제2호 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 2026년 7월 1일 이후 연금계좌인출공제소득을 인출하는 때에 그 소득의 한도 안에서 공제할 수 있습니다.

종합소득·퇴직소득 신고 때 공제하는 금액

「소득세법」 제57조의2 제1항은 거주자의 종합소득금액이나 퇴직소득금액에 요건을 갖춘 소득이 합산되어 있으면 같은 조 제2항 제2호의 금액을 종합소득산출세액이나 퇴직소득 산출세액에서 공제할 수 있도록 하며 퇴직소득 산출세액 공제 부분과 제2항 제2호 나목은 2026년 7월 1일부터 시행되었습니다.

공제액 계산식은 2026년 2월 27일 대통령령 제36129호로 바뀌었습니다. 개정 전 「소득세법 시행령」 제117조의2 제3항은 원천징수세율과 종합소득과세표준에 대한 한계세율을 넣은 계산식으로 공제율을 구했으나 개정 후 같은 항 제1호는 배당소득 원천징수 때 뺀 금액에 배당소득 조정계수를, 연금계좌에서 인출한 이자소득분에 이자소득 조정계수를, 연금소득분에 연금소득 조정계수를 각각 곱해 더한 금액을 종합소득산출세액에서 공제하도록 하고 제2호는 연금계좌에서 인출한 퇴직소득분에 대해 계산한 금액의 합계액을 퇴직소득 산출세액에서 공제하도록 정하고 있습니다.

연금소득 조정계수는 기준소득과 관계없이 0.89입니다(같은 조 제4항 제3호). 기준소득은 종합소득과세표준에서 2천만원과 연금소득금액(연금보험료 공제금액과 주택담보노후연금이자비용 공제금액을 뺀 금액)을 빼고 부동산매매업자가 양도소득세율로 산출세액을 계산하는 경우의 주택등매매차익을 빼서 구합니다(같은 조 제5항). 대통령령 제36129호 부칙에 따라 연금소득·이자소득 공제금액과 퇴직소득 산출세액 공제에 관한 부분은 2026년 7월 1일부터 시행되었고 나머지 개정 부분은 공포일인 2026년 2월 27일부터 시행되었습니다.

계좌 종류에 따라 달라지는 공제 시점

같은 해외투자 펀드라도 어느 계좌에서 보유하는지에 따라 외국법인세액을 빼는 시점과 한도가 달라집니다. 일반 과세계좌는 배당소득을 원천징수할 때 빼고 개인종합자산관리계좌와 연금계좌는 각각 시행령과 신설 조항이 계산 방법을 따로 둡니다.

연금계좌의 범위는 「소득세법」 제20조의3 제1항 제2호가 연금저축계좌와 퇴직연금계좌로 나누고 있고 「소득세법 시행령」 제40조의2 제1항 제2호는 확정기여형퇴직연금제도·개인형퇴직연금제도·중소기업퇴직연금기금제도에 따라 설정하는 계좌와 과학기술인공제회 퇴직연금급여 계좌를 퇴직연금계좌로 정하고 있으므로 법인이 임직원 퇴직연금을 확정기여형으로 운영하면서 가입자가 해외투자 펀드를 편입한 계좌도 이 규정의 적용 범위에 들어갑니다.

관련 서비스 · 세무기장전문센터(법인기장·결산)

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-17 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 인용한 질의회신은 국세법령정보시스템에서 문서번호로 확인했습니다.

회계법인 리파인드는 세무·회계·재무에서 승계까지 함께 맡습니다. 상담 신청 · 02-516-3830