의료법인 고유목적사업준비금 손금산입 한도와 5년 사용의무

병의원 세무

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손비로 계상하면 이자소득과 배당소득은 그 전액을, 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득은 100분의 50을 한도로 손금에 산입합니다.

소득 종류별 손금산입 한도

「법인세법」 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 같은 법 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 두 호의 금액을 합한 범위에서 손금에 산입하도록 정하고 있으며 제2호의 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감합니다.

「법인세법」 제29조 제1항 제1호는 소득의 종류를 기준으로 합니다. 가목은 「소득세법」 제16조 제1항 각 호에 따른 이자소득의 금액이고 같은 항 제11호의 비영업대금의 이익은 빠집니다. 나목은 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액이되 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액이나 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등에서 발생한 배당소득은 제외합니다. 다목은 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액입니다.

같은 항 제2호는 비율을 기준으로 합니다. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱한 금액이며 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상을 장학금으로 지출하는 법인은 100분의 80을 곱합니다.

제2호의 모수는 「법인세법 시행령」 제56조 제3항이 따로 정합니다. 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에서 법 제29조 제1항 제1호에 따른 금액과 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 및 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금을 뺀 금액입니다. 이때 소득금액은 고유목적사업준비금과 특례기부금을 손금에 산입하기 전의 금액으로 하되 법 제66조 제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 「법인세법 시행령」 제106조에 따라 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 뺍니다.

의료업을 하는 비영리법인의 100분의 100 특례

「조세특례제한법」 제74조 제4항은 수도권과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조 제2항 제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용할 때 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있도록 하고 있습니다. 제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제4항의 대상에서 빠집니다.

「조세특례제한법」 제74조 제1항은 법인의 종류로 대상을 정합니다. 제3호에 국립대학병원과 국립대학치과병원, 서울대학교병원, 서울대학교치과병원, 국립암센터, 지방의료원, 대한적십자사가 운영하는 병원, 국립중앙의료원이 열거되어 있고 그 밖에 학교법인과 산학협력단, 사회복지법인, 도서관과 박물관ㆍ미술관 운영 법인 등이 각 호에 나뉘어 있습니다. 제1항의 적용기한도 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지입니다.

두 항은 요건이 다릅니다. 제1항은 법인의 유형을, 제4항은 의료기관의 소재 지역을 봅니다. 제4항의 지역은 대통령령에 위임되어 있으므로 개별 병원의 소재지가 그 범위에 들어가는지는 시행령 문언으로 확인하세요.

고유목적사업에 지출한 것으로 보는 금액

「법인세법 시행령」 제56조 제5항은 고유목적사업을 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 같은 영 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 정의합니다. 같은 조 제6항은 그 정의에 더해 열 가지 금액을 고유목적사업에 지출하거나 사용한 금액으로 보도록 하고 있습니다.

의료법인에 적용되는 제3호

「법인세법 시행령」 제56조 제6항 제3호는 의료법인이 지출하는 세 가지를 열거합니다. 가목은 의료기기 등 재정경제부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액이고 나목은 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 재정경제부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액이며 다목은 재정경제부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액입니다.

같은 조 제6항 본문 단서가 이 의제에 사후 조건을 붙입니다. 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산을 취득한 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 않고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출하거나 사용한 금액으로 보지 않습니다. 3년을 채우지 못하고 처분하면 취득 시점에 인정받은 지출이 그만큼 취소됩니다.

같은 조 제10항은 제6항 제3호를 적용받으려는 의료법인에게 손비로 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 재정경제부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리할 의무를 지웁니다. 구분경리를 하지 않으면 제3호의 의제가 적용되지 않습니다.

인건비 8천만원 기준

「법인세법 시행령」 제56조 제11항은 세 유형의 법인에 대하여 임원 및 직원이 지급받는 「소득세법」 제20조 제1항 각 호의 소득금액 합계액이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 않도록 정하고 있습니다. 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만이면 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 환산하며 이때 개월 수는 태양력에 따라 계산하되 1개월 미만의 일수는 1개월로 봅니다.

제11항의 대상은 제1호부터 제3호까지입니다. 제1호는 법 제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업 소득에 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 손금산입하는 비영리내국법인이고 제2호는 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 해당하여 같은 초과 손금산입을 하는 법인입니다. 제3호는 직전 5개 사업연도 중 1개 이상의 사업연도에 제1호 또는 제2호에 해당한 법인으로서 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안의 손금산입 누계액을 같은 기간의 수익사업 소득 합계액으로 나눈 비율이 100분의 50을 초과하는 법인입니다.

같은 조 제11항 단서에 예외가 있습니다. 해당 법인이 해당 사업연도의 과세표준을 신고하기 전에 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 8천만원 기준을 적용하지 않습니다. 제12항은 승인을 요청받은 주무관청이 그 지급규정을 사회통념상 타당하다고 인정하는 경우 승인하도록 하고 있으며 제13항은 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받도록 하고 그 기간 내에 지급규정이 변경되면 변경 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받도록 하고 있습니다.

5년 사용의무와 이자상당액

「법인세법」 제29조 제5항은 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다섯 가지 사유 중 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 정하고 있습니다.

「법인세법」 제29조 제7항은 제5항 제4호와 제5호 및 제6항에 따라 잔액을 익금에 산입하는 경우 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하도록 하고 있습니다. 「법인세법 시행령」 제56조 제7항이 그 금액을 정하며 해당 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 손금산입으로 발생한 법인세액의 차액에 손금산입 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 익금산입 사업연도의 종료일까지의 기간과 1일 10만분의 22의 율을 곱합니다.

같은 조 제6항은 자발적 환입 경로를 둡니다. 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있으며 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 봅니다. 제3항도 같은 순서를 씁니다. 고유목적사업등에 지출한 금액은 먼저 계상한 사업연도의 준비금부터 차례로 상계하며 지출액이 직전 사업연도 종료일 현재의 잔액을 초과하면 그 초과액은 해당 사업연도에 계상할 준비금에서 지출한 것으로 봅니다.

결산조정과 신고조정, 적용 배제

「법인세법」 제29조 제1항은 결산을 확정할 때 손비로 계상할 것을 요구하는 결산조정 항목입니다. 같은 조 제2항이 하나의 예외를 둡니다. 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 봅니다.

「법인세법」 제29조 제8항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에 제1항을 적용하지 않습니다. 「법인세법 시행령」 제56조 제8항은 그 경우를 해당 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면을 적용받는 경우로 정하면서 세액공제는 여기에서 빼고 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우도 제외합니다.

같은 조 제9항은 절차 의무를 둡니다. 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하며 「법인세법 시행령」 제56조 제9항은 법 제60조에 따른 신고와 함께 고유목적사업준비금조정명세서를 제출하도록 하고 있습니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-19 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.

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