병의원 세무

보건업을 영위하는 병의원은 건당 10만원 이상(부가가치세 포함)을 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다. 발급하지 않은 금액의 20%가 가산세이고 현금영수증가맹점에 가입하지 않은 과세기간에는 중소기업 특별세액감면 같은 감면도 배제됩니다.

의무발행업종과 10만원 기준

「소득세법」 제162조의3 제4항은 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 사업자 중 대통령령으로 정하는 업종을 영위하는 사업자가 건당 거래금액(부가가치세액을 포함한다)이 10만원 이상인 재화 또는 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우에는 상대방이 현금영수증 발급을 요청하지 아니하더라도 현금영수증을 발급하여야 한다고 정하고 있습니다. 같은 법 시행령 제210조의3 제12항은 그 업종을 별표 3의3에 따른 업종으로 정하며 국세청은 별표 3의3의 보건업을 영위하는 사업자가 건당 10만원 이상의 진료용역을 제공하고 대금을 외국보험회사로부터 현금으로 받은 경우에도 현금영수증을 발급해야 한다고 회신했습니다(서면-2021-법령해석소득-0001, 2021.6.2.).

발급 기한은 같은 영 제210조의3 제13항이 정합니다. 대금을 현금으로 받은 날부터 5일 이내에 무기명으로 발급할 수 있고 제210조의2 제3항에 해당하는 사업자는 대금을 받은 날에 용역 공급이 완료되지 않았다면 공급이 완료된 날부터 5일 이내에 발급할 수 있습니다. 여러 회차로 나눠 시술하는 비급여 패키지 비용을 먼저 받는 병의원이라면 대금을 받은 날과 시술이 끝난 날 가운데 어느 날부터 5일을 세는지가 사업자 유형에 따라 달라지므로 수납 시점마다 발급 기한을 따로 기록해 두는 편이 안전합니다.

근거 조문
「소득세법」 제162조의3(현금영수증가맹점 가입·발급의무 등)
「소득세법」 제81조의9(신용카드 및 현금영수증 발급 불성실 가산세)
「소득세법 시행령」 제210조의3(현금영수증가맹점의 가입 등)
「조세특례제한법」 제128조 제4항(감면배제)

미발급 가산세 20%와 10%

소파가 놓인 병원 대기실

「소득세법」 제81조의9 제2항 제3호는 제162조의3 제4항을 위반하여 현금영수증을 발급하지 아니한 경우 미발급금액의 100분의 20을 가산세로 정하고 착오나 누락으로 인하여 거래대금을 받은 날부터 10일 이내에 관할 세무서에 자진 신고하거나 현금영수증을 자진 발급한 경우에는 100분의 10으로 한다고 정하고 있습니다. 같은 호 괄호는 「국민건강보험법」에 따른 보험급여의 대상인 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하므로 20% 가산세의 계산 대상은 주로 환자가 전액 부담하는 비급여 진료비입니다.

같은 조 제3항은 제1항과 제2항의 가산세를 종합소득산출세액이 없는 경우에도 적용한다고 정하고 있어 결손이 난 개원 초기에도 가산세는 부과됩니다. 가입한 가맹점이 환자의 요청을 받고도 발급을 거부한 경우는 제2항 제2호의 5% 가산세 대상이 되며 이는 건당 5천원 이상인 경우에만 적용됩니다.

위반 유형 근거 가산세
10만원 이상 현금 미발급 제81조의9 제2항 제3호 미발급금액 20%(10일 이내 자진 발급·신고 시 10%)
요청 시 발급 거부·사실과 다른 발급 제81조의9 제2항 제2호 통보받은 금액 5%(건당 최소 5천원)
가맹점 미가입·지연 가입 제81조의9 제2항 제1호 수입금액 × 미가입일수/365 × 1%

가맹점 미가입과 세액감면 배제

계산기와 차트, 바인더가 놓인 책상

「조세특례제한법」 제128조 제4항 제2호는 「소득세법」 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간의 해당 사업장에 대하여 제6조의 창업중소기업 세액감면, 제7조의 중소기업 특별세액감면 등 같은 항 본문에 열거된 감면을 적용하지 아니한다고 정하며 정당한 사유가 있는 경우만 예외로 둡니다. 제7조의 중소기업 특별세액감면은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용되고 같은 조 제1항 제1호 허목이 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업을 감면 업종으로 두고 있어 병의원에는 감면 배제의 영향이 직접 미칩니다. 조세심판원도 현금영수증가맹점 가입의무를 이행하지 않은 사업자의 창업중소기업 세액감면 배제 처분을 유지했습니다(조심-2024-부-2536, 2024.6.25.).

의무발행업종은 「소득세법 시행령」 제210조의3 제1항 제4호에 따라 수입금액과 관계없이 가입 대상이고, 같은 조 제11항은 신규사업자의 경우 해당 업종에 대한 사업을 개시한 날을 요건에 해당하는 날로 봅니다. 「소득세법」 제162조의3 제1항의 가입 기한은 그날부터 60일이므로 개원한 병의원은 개업일부터 60일 안에 가맹점 가입을 마쳐야 합니다.

실무 포인트
· 10만원 이상 비급여 현금 수납은 요청이 없어도 발급합니다.
· 5일 발급 기한은 수납일 기준이 원칙입니다.
· 누락을 알았다면 10일 안에 자진 발급하면 가산세가 10%로 줄어듭니다.
· 개원일부터 60일 안에 가맹점 가입을 확인하세요.
주의리스크
· 미가입 과세기간에는 중소기업 특별세액감면 전액이 배제될 수 있습니다.
· 산출세액이 없어도 가산세는 부과됩니다.
· 환자 신고분은 5년 이내에 접수될 수 있어 과거 수납 기록까지 대상이 됩니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-30 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 진료 항목의 급여 여부와 수납 방식에 따라 가산세 대상 금액이 달라지므로 수납 대장과 현금영수증 발급 내역을 함께 확인하세요.

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