조합법인 당기순이익과세 일몰 연장과 20억원 초과분 세율 15%

중소기업 세제 혜택

「조세특례제한법」이 열거한 신용협동조합ㆍ새마을금고ㆍ농업협동조합 등 여덟 가지 조합법인에 적용되는 당기순이익과세는 2026년 1월 1일 시행된 개정으로 적용 기한이 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지로 3년 연장되었고 과세표준 20억원을 초과하는 부분의 세율은 100분의 12에서 100분의 15로 올랐습니다.

당기순이익과세가 계산을 바꾸는 방식

「조세특례제한법」 제72조 제1항은 같은 항 각 호에 열거된 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 결산재무제표상 당기순이익을 기초로 계산하도록 정합니다. 여기서 말하는 당기순이익은 법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익이며 여기에 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액이 과세표준이 됩니다.

일반 법인의 법인세는 각 사업연도 소득금액에서 이월결손금과 비과세소득, 소득공제를 차례로 뺀 과세표준에 누진세율을 적용하는 구조입니다. 당기순이익과세는 그 두 조문의 적용을 배제하므로 세무조정의 범위가 대통령령이 정한 몇 가지 손금불산입액으로 좁혀지고 이월결손금 공제 단계도 거치지 않습니다.

2026년 1월 1일 시행된 개정의 신구대비

개정은 세 가지를 함께 바꾸었습니다. 일몰이 3년 연장되어 제도 자체는 유지되었으나 20억원을 넘는 구간의 부담은 3퍼센트포인트 늘었고 제2항의 적용배제 목록에는 조문 두 개가 더 들어왔습니다. 20억원이라는 구간의 경계는 그대로이며 2016년 12월 31일 이전에 조합법인 간 합병을 한 경우에 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 40억원을 적용하는 단서도 그대로 남아 있습니다.

적용 대상으로 열거된 법인

「조세특례제한법」 제72조 제1항은 대상을 한정적으로 열거합니다. 제1호는 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고이며 제2호는 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인입니다. 제4호는 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합과 어촌계를 포함한 조합공동사업법인이며 제5호는 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회입니다.

제6호는 산림계를 포함한 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합 및 조합공동사업법인이고 제7호는 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합, 제8호는 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합입니다. 제3호는 1999년 12월 28일 개정으로 삭제되었습니다. 「협동조합 기본법」에 따라 설립된 협동조합은 이 목록에 없습니다.

당기순이익에 합산하는 손금불산입액

「조세특례제한법 시행령」 제69조 제1항은 법 제72조 제1항 본문의 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 「법인세법」 제19조의2 제2항, 제24조부터 제28조까지, 제33조 및 제34조 제2항에 따른 손금불산입액으로 정하고 있으며 그 대상을 해당 법인의 수익사업과 관련된 것만으로 한정합니다.

설립목적 사업에 지출한 금액

같은 시행령 제69조 제3항은 조합법인등의 설립에 관한 법령이나 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업을 위하여 지출하는 금액을 「법인세법」 제24조 또는 제25조에 따른 기부금이나 기업업무추진비로 보지 않는다고 정합니다. 여기서 그 사업은 「법인세법 시행령」 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업에 한정되므로 수익사업으로 분류되는 활동에 지출한 금액은 이 항의 적용을 받지 못합니다.

기준소득금액의 계산

같은 시행령 제69조 제4항은 기부금 손금불산입액을 계산할 때 「법인세법」 제24조 제2항 제2호에 따른 기준소득금액을 해당 조합법인등의 결산재무제표상 당기순이익에 같은 조 제2항 제1호에 따른 기부금과 같은 조 제3항 제1호에 따른 기부금, 법 제76조에 따른 기부금을 합한 금액으로 정합니다.

배제되는 공제ㆍ감면과 포기 선택

당기순이익과세는 낮은 세율을 적용하는 대신 조세특례를 상당 부분 적용하지 않는 구조입니다. 「조세특례제한법」 제72조 제2항은 제1항 각 호의 법인에 적용하지 않는 조문을 열거하는데 그 목록에는 제5조의2, 제6조, 제7조, 제10조, 제24조, 제26조, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제63조, 제64조, 제66조부터 제68조까지가 들어 있고 2026년 1월 1일 시행된 개정으로 제25조의8과 제28조의5가 추가되었습니다.

창업중소기업 세액감면과 연구ㆍ인력개발비 세액공제, 통합투자세액공제와 통합고용세액공제 계열의 조문이 이 목록에 포함되어 있으므로 투자와 고용이 많은 조합법인은 9% 세율로 얻는 감소분과 배제되는 공제ㆍ감면의 크기를 함께 놓고 비교해야 합니다. 「조세특례제한법 시행령」 제69조 제2항은 당기순이익과세를 포기하려는 법인이 적용받지 아니하려는 사업연도의 직전 사업연도 종료일까지 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하도록 정하고 있으며 신설법인은 사업자등록증 교부신청일까지 제출하도록 정합니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-28 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 개정 내용은 법률 제21223호의 시행 전후 시점본을 대조하여 확인했습니다. 일몰 기한은 이후 개정으로 달라질 수 있으므로 결산 시점에 다시 확인하세요.

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