옛날에 시작한 공제는 옛날 규칙 그대로 갑니다. 추징 조항도 그대로 살아 있습니다.
2024년, 2025년에 이미 공제받고 있는 것은 어떻게 되나요? 새 제도로 갈아탈 수 있나요?
경과규정상 2025.12.31. 이전에 개시한 과세연도를 최초 공제연도로 한 공제분은 종전 규정이 계속 적용됩니다. 즉 2024년이나 2025년 증가분에 1인당 1,450만원(중소 수도권 우대, 지방 1,550만원) 등 종전 단가로 받은 공제는 남은 2·3년차도 같은 단가로 추가 공제받되, 그 기간에 상시근로자가 최초 공제연도보다 줄면 공제액 상당액이 추징되고 잔여 공제도 배제되는 종전 사후관리를 그대로 받습니다. 새 제도로 소급해 갈아타는 선택권은 없습니다. 2026~2027년에는 한 회사 안에서 ‘종전분(추징 있음)’과 ‘신규분(추징 없음)’이 병존하게 되고 인원이 줄었을 때의 결과가 공제 개시 연도에 따라 완전히 달라집니다. 종전분의 고용유지 기간이 끝나기 전까지는 인원 감소가 곧 세금 추징으로 이어진다는 점을 잊으면 안 됩니다.
조특법 §29의8, 조특법 부칙(2025년 개정) 경과규정
공제 연도별로 ‘최초 공제연도-적용 규정-사후관리 만료 시점’을 표로 만들어 관리하세요. 종전분 사후관리가 끝나는 시점 전에는 구조조정·희망퇴직 시기를 세무팀과 먼저 협의해야 합니다.
종전분 추징은 이자상당가산액 성격의 부담까지 더해질 수 있어 실제 부담이 큽니다. 인원 감소가 불가피하면 감소 시점을 사후관리 기간 이후로 조정할 수 있는지부터 검토하세요.
계약직을 정규직으로 바꾸거나 육아휴직에서 복귀시켜도 공제가 있다던데요?
정규직 전환 공제는 이미 종료됐고 육아휴직 복귀 공제는 2026년 말까지가 마지막입니다.
통합고용세액공제에는 고용 증가 공제 외에 정규직 전환 공제와 육아휴직 복귀자 공제가 별도 유형으로 있었습니다. 정규직 전환 공제(중소 1인당 1,300만원, 중견 900만원)는 2024.12.31.까지 전환분을 끝으로 일몰되어 2026년 현재 신규 적용은 불가능합니다. 반면 육아휴직 복귀자 공제는 2026.12.31.까지 복귀하는 분에게 중소기업 1인당 1,300만원, 중견기업 900만원을 공제하며 자녀 1명당 한 차례만 적용됩니다. 복귀자는 해당 기업에서 1년 이상 근무한 후 육아휴직을 사용하고 복귀한 근로자여야 하며 복귀한 과세연도의 소득세·법인세에서 공제합니다. 고용 증가 공제(기본공제)와 별개 유형이므로 요건이 맞으면 함께 검토할 수 있습니다.
조특법 §29의8④·⑤(정규직 전환은 ‘24.12.31. 전환분으로 일몰)
2026년 중 육아휴직 복귀 예정자가 있다면 복귀일이 2026.12.31.을 넘기지 않도록 인사 일정을 확인하세요. 연장 입법 논의가 있으나 2026년 7월 현재 미확정입니다.
육아휴직 복귀자 공제는 복귀 후 근로관계 유지 등 사후관리 요건이 별도로 붙습니다(구체 범위는 시행령에서 확인해야 합니다). 복귀 직후 단기간 내 퇴사가 예상되는 경우라면 공제 신청 전에 유지 가능성을 따져보세요.
우리 회사는 본사가 서울이고 공장이 지방인데, 수도권과 지방 중 어느 단가를 적용받나요?
그 직원이 실제로 일하는 사업장이 어디냐가 단가를 정합니다.
수도권 여부는 수도권정비계획법 §2 1호에 따라 서울특별시·인천광역시·경기도 전역을 수도권으로 보고 그 밖의 지역(부산·대전·세종·강원 등 전부)을 ‘수도권 밖’으로 봅니다. 판정은 회사 본점 소재지가 아니라 증가한 근로자가 실제 근무하는 사업장 소재지를 기준으로 하는 것이 국세청 해석과 실무례입니다. 따라서 본사가 서울이어도 충청 공장에서 채용한 인원은 지방 단가를 적용받습니다. 단가 차이는 큽니다. 중소기업 우대 기준 3년 합계가 수도권 4,000만원, 지방 4,900만원으로 1인당 900만원, 기본 근로자도 2,300만원 대 3,200만원으로 900만원 차이가 납니다. 수도권과 지방 사업장이 모두 있으면 사업장별로 증가 인원을 나눠 각각의 단가로 계산합니다.
조특법 §29의8①(2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 적용), 조특령 §26의8, 수도권정비계획법 §2 1호
지방 사업장 채용 여력이 있다면 신규 인력의 소속 사업장을 지방으로 설계하는 것이 1인당 900만원씩 유리합니다. 근무지 발령·4대보험 사업장 신고를 실제 근무 실태와 일치시키세요.
서류상만 지방 사업장 소속으로 하고 실제로는 수도권에서 근무하면 부인당할 수 있는 전형적인 리스크입니다. 출퇴근 기록·업무 장소 증빙이 실태와 맞아야 합니다.
창업중소기업 감면을 받고 있는데, 통합고용세액공제도 같이 받을 수 있나요?
창업감면과는 한 해에 하나만, 중소기업특별세액감면과는 둘 다 가능합니다.
창업 시기부터 확인해야 합니다. 조특법 §127④ 단서에 따라 동일한 과세연도에 창업중소기업 등에 대한 세액감면(§6)과 통합고용세액공제(§29의8)는 함께 적용받을 수 없고 둘 중 하나를 선택해야 하는데, 이 중복배제는 2025.1.1. 이후 창업분부터 적용됩니다. 2024.12.31. 이전 창업 기업은 기본 창업감면과 통합고용세액공제의 병행이 가능하고 고용증가에 따른 추가감면(§6⑦)을 선택한 경우에만 중복이 배제됩니다. 택일 대상인 경우에도 선택은 과세연도별로 다시 할 수 있으므로, 창업감면율이 100%인 해에는 감면을, 감면율이 50%로 떨어지거나 소득이 적어 감면 실익이 없는 해에는 고용공제를 택하는 식의 연도별 유불리 계산이 필수입니다. 반면 중소기업에 대한 특별세액감면(§7)은 통합고용세액공제와 동일 과세연도 중복 적용이 가능하다는 것이 확립된 해석입니다. 종전 중소기업 사회보험료 세액공제(§30의4)의 2차연도분을 공제받은 사업연도에 통합고용세액공제 요건을 충족하면 통합고용 1차연도 공제를 함께 적용할 수 있습니다(서면2024법인-0625, 2024.4.22.). 고용공제를 택한 해에 못 쓴 창업감면이 이월되지는 않으므로 선택은 신중해야 합니다.
조특법 §127④, §6, §7, §29의8, §30의4, 서면2024법인-0625
창업감면 기업은 매년 결산 전에 ‘감면액 대 고용공제액’을 시뮬레이션해 유리한 쪽을 고르세요. 고용이 크게 늘어난 해에는 고용공제가 감면보다 유리할 수 있습니다.
통합고용세액공제는 최저한세 적용 대상이고 공제세액의 20%가 농어촌특별세로 과세됩니다. 농특세·최저한세 반영 후 실효 절세액으로 비교해야 합니다.
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 실행 전에는 반드시 실행 시점의 현행 법령을 기준으로 개별 검토가 필요합니다.
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