부가가치세법 제39조 제1항은 세금계산서합계표 미제출분과 사업과 직접 관련 없는 지출과 기업업무추진비 관련 매입세액 등 일곱 가지 유형을 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 정하며 제3호는 2014년 1월 1일 삭제되었습니다.
매출세액에서 공제하지 않는 매입세액은 무엇인가요?
부가가치세법 제39조 제1항은 제38조의 일반 공제 규정에도 불구하고 여덟 개 호의 매입세액을 공제하지 않는다고 정하되 제3호가 삭제 상태여서 실제 유형은 일곱 가지이며, 제2항은 공제하지 않는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 맡기고 있습니다.
| 호 | 공제하지 않는 매입세액 |
|---|---|
| 제1호 | 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않았거나 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 빠졌거나 사실과 다르게 적힌 부분 |
| 제2호 | 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 빠졌거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액 |
| 제4호 | 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것 |
| 제5호 | 개별소비세법 제1조 제2항 제3호의 자동차의 구입과 임차 및 유지(운수업, 자동차판매업 등 영업용은 제외) |
| 제6호 | 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용 |
| 제7호 | 면세사업등에 관련된 매입세액(투자 관련 포함)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 |
| 제8호 | 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액 |
합계표를 내지 못했을 때도 공제받을 방법이 있나요?
제1호와 제2호는 각각 단서로 대통령령이 정하는 경우의 매입세액을 제외하고 있으며 부가가치세법 시행령 제74조는 제1호 단서의 예외로 다섯 경우를 열거합니다.
세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우와 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우와 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우가 각각 제1호부터 제3호입니다.
제4호는 합계표의 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적혔으나 발급받은 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우이고 제5호는 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 세금계산서 등을 경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 경우입니다.
사업자등록 전에 낸 매입세액은 어떻게 되나요?
제8호 본문은 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 공제하지 않는다고 정하되 단서로 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 매입세액은 제외하고 있습니다.
시행령 제77조는 제4호의 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위를 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조와 제49조 제3항과 제50조에서 정하는 바에 따르도록 연결합니다.
공제하지 않는 매입세액에서 확인할 4가지
매입 사유와 서류 상태에 따라 공제 여부와 구제 방법이 달라집니다.
- 세금계산서합계표를 내지 않았거나 잘못 적었습니다. 과세표준수정신고나 경정청구나 기한후신고 때 합계표를 함께 내면 예외로 공제받을 수 있습니다. 어느 절차에 해당하는지 확인하세요.
- 사업자등록을 늦게 신청했습니다. 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 신청했다면 등록신청일부터 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 매입세액은 공제 대상입니다. 신청일을 확인하세요.
- 승용차 같은 자동차를 구입하거나 임차했습니다. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호의 자동차 관련 매입세액은 공제하지 않되 운수업과 자동차판매업 등 영업용은 제외합니다. 영업용 해당 여부를 먼저 보세요.
- 면세사업을 겸하거나 접대성 지출이 있습니다. 면세사업등 관련 매입세액과 기업업무추진비 관련 매입세액은 공제하지 않습니다. 면세사업 관련분은 공통매입세액 안분과 함께 읽어야 합니다.
상담 때 아래 자료가 있으면 공제 여부를 첫 자리에서 같이 볼 수 있습니다.
- 매입처별 세금계산서합계표와 수령한 세금계산서
- 사업자등록증과 신청일을 알 수 있는 접수증
- 자동차 구입·임차 계약서와 영업용 해당 여부를 보여 주는 자료
- 과세사업과 면세사업의 매출 구분 자료
다 갖추지 않아도 됩니다. 매입 세금계산서 목록 하나로 시작해도 됩니다.
매입세액 공제 여부 판정과 신고 정정은 세무기장전문센터에서 같이 봅니다.
상담 신청 · 02-516-3830
· 부가가치세법 제39조 제1항, 제2항 (2026.1.2 시행).
· 부가가치세법 시행령 제74조, 제77조 (2026.4.1 시행).
합계표를 빠뜨렸다면 수정신고나 경정청구나 기한후신고 때 함께 내세요.
사업자등록은 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 안에 신청하세요.
자동차 관련 매입세액은 영업용 업종 예외에 해당하는지 먼저 보세요.
세금계산서의 필요적 기재사항은 받을 때 바로 확인하세요.
제2호 단서의 대통령령 예외와 제4호와 제6호의 구체적 범위는 이 글에서 확인하지 않았습니다.
제7호의 면세사업등 관련 매입세액은 공통매입세액 안분과 함께 읽어야 합니다.
법인전환 때 사업자등록 시점과 매입세액의 관계는 개별 사실에 따라 달라집니다.
법인전환 때의 부가가치세 쟁점은 아래 글에서 이어서 볼 수 있습니다.
· 법인전환 부가가치세 · 포괄양수도 요건과 성립 범위
· 간이과세자의 전환, 폐업 확정신고, 사업자등록 시점
· 세금계산서 발행 주체 변경과 겸영사업자의 유의점
· 폐업 시 잔존재화 부가가치세와 사업양도 예외
관련 서비스 · 세무기장전문센터(법인기장·결산)
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-10 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.