직원에게 지분을 나눠 주겠다는 결정과 그 세금이 누구에게 언제 붙느냐는 결정은 서로 다른 문제입니다. 조세특례제한법의 세 조문은 회사가 벤처기업에 해당하는지에서 이미 나뉩니다.
행사이익은 행사한 시점의 소득입니다
주식매수선택권을 행사하면 행사 당시의 시가와 실제 매수가액의 차액이 소득으로 잡힙니다. 소득의 종류는 행사한 사람의 지위에 따라 나뉩니다. 소득세법 제21조 제1항 제22호는 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 부여받아 행사함으로써 얻는 이익을 기타소득으로 열거합니다. 재직 중에 행사한 이익은 이 호에 걸리지 않으므로 제20조 제1항 제1호의 근로를 제공함으로써 받는 급여에 남습니다.
주식은 아직 팔지 않았는데 세금은 행사한 해에 발생한다는 점이 이 구조의 부담입니다. 조세특례제한법 제16조의2부터 제16조의4까지가 그 부담을 덜기 위해 놓인 장치입니다.
비과세 2억원은 대상이 좁습니다
제16조의2 제1항은 벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해 소득세를 과세하지 않도록 정합니다. 같은 항 단서는 비과세되는 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액이 5억원을 초과하지 못하도록 묶어 두었습니다.
대상 범위는 제2항이 좁혀 놓았습니다. 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권과 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권으로 한정하되 후자는 코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 제한됩니다. 벤처기업 확인을 받지 않은 비상장 중소기업이 상법 제340조의2로 부여한 주식매수선택권은 이 비과세에 들어오지 못합니다.
| 조문 | 내용 | 한도·요건 |
|---|---|---|
| 제16조의2 | 행사이익 비과세 | 연간 2억원 · 기업별 누적 5억원 |
| 제16조의3 | 소득세 분할납부 | 해당 세액의 5분의 4를 4개 연도에 4분의 1씩 |
| 제16조의4 | 행사 시 과세 이연, 양도 시 양도소득세 | 2년 합산 전체 행사가액 5억원 이하 |
분할납부는 다섯 해에 나누어 냅니다
제16조의3 제1항은 비과세 금액을 제외한 행사이익에 대한 소득세를 다음 방식으로 납부할 수 있도록 열어 두었습니다. 임직원이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하면 소득세를 원천징수하지 않고 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득 확정신고 때 해당 세액의 5분의 4를 빼고 납부한 뒤, 다음 4개 연도의 확정신고 때 그 5분의 4를 4분의 1씩 나누어 냅니다.
같은 항 단서는 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 교부받는 경우를 제외합니다. 주식을 받지 않고 차액만 정산하는 방식에는 이 특례가 붙지 않습니다.
과세이연을 택하면 세목 자체가 바뀝니다
제16조의4 제1항은 적격주식매수선택권을 행사한 경우 신청에 따라 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 행사 시점에 소득세를 과세하지 않을 수 있도록 정합니다. 적격 요건은 두 가지입니다. 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령의 요건을 갖출 것, 그리고 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계가 5억원 이하일 것입니다.
과세는 사라지지 않고 뒤로 밀립니다. 제2항은 그 주식을 양도할 때 양도소득세를 과세하도록 하고 제3항은 양도가액에서 행사 당시 실제 매수가액과 부여 당시 시가 중 큰 금액을 빼는 방식으로 양도소득금액을 계산합니다. 행사 당시 실제 매수가액이 부여 당시 시가보다 낮은 경우 그 차액은 시가 이하 발행이익으로 보아 제1항 단서에 따라 행사 시점에 근로소득 또는 기타소득으로 과세합니다.
1년 안에 팔면 이연이 취소됩니다
제16조의4 제5항은 세 경우에 이연을 거두고 행사이익 전부를 소득세법 제20조 또는 제21조에 따라 과세하도록 정합니다. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우가 제1호이고 전체 행사가액이 5억원을 초과한 경우가 제2호이며 제8항의 전용계좌를 통해 다른 주식을 거래한 경우가 제3호입니다. 제8항은 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하도록 요구합니다.
회사 쪽 처리도 함께 봐야 합니다. 제4항은 행사 시 과세하지 않은 경우 그 주식매수선택권 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 법인세법 제19조·제20조·제52조에도 불구하고 손금에 산입하지 않도록 정합니다. 임직원의 과세이연과 회사의 손금은 함께 가지 않습니다.
조세특례제한법 제16조의2 제1항·제2항, 제16조의3 제1항, 제16조의4 제1항·제2항·제3항·제4항·제5항·제8항. 소득세법 제20조 제1항 제1호, 제21조 제1항 제22호. 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3, 상법 제340조의2·제542조의3.
회사가 벤처기업 확인을 받았는지 먼저 확인합니다.
확인이 없으면 비과세 2억원은 코넥스상장기업에만 적용됩니다.
벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3과 상법 가운데 어느 쪽을 부여 근거로 둘지 먼저 정합니다.
부여 시점의 행사가격을 부여 당시 시가 이상으로 정합니다.
과세이연을 택하면 전용계좌를 먼저 만듭니다.
행사일부터 1년은 처분하지 않습니다.
행사이익은 주식을 팔지 않아도 행사한 해의 소득입니다.
비상장주식이면 현금 없이 세금만 발생하는 구간이 생깁니다.
과세이연을 택한 뒤 1년 내 처분하면 처분일이 속한 과세연도에 전액 과세됩니다.
회사는 그 경우에도 제4항의 손금불산입을 함께 검토해야 합니다.
세 조문의 적용기한은 2027년 12월 31일까지 부여받은 주식매수선택권이며 일몰 이후 부여분에는 적용되지 않습니다.
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 8일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 부여 근거와 회사의 벤처기업 해당 여부에 따라 적용이 달라지므로 실제 설계는 개별 확인이 필요합니다.
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