특수관계 법인에 자산을 고가 양도한 개인의 양도가액과 상여 처분

부동산·영업권·자본금

대표가 개인 소유 부동산이나 주식을 본인 법인에 시가보다 높게 팔면 법인은 시가 초과액을 부당행위계산으로 부인해 대표의 상여로 처분하고 대표의 양도가액은 「소득세법」 제96조 제3항 제1호에 따라 시가로 낮아집니다. 초과액은 양도소득 대신 근로소득으로 과세되므로 세율 구조가 달라집니다.

법인 쪽에서 먼저 일어나는 일

「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제1호는 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하거나 현물출자받은 경우를 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 들고 있으며 같은 조 제3항은 이 유형을 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용합니다. 요건을 충족하면 법인이 지급한 대가 중 시가를 넘는 부분은 자산의 취득가액이 될 수 없고 같은 영 제72조 제4항 제3호에 따라 취득가액에서 제외됩니다.

취득가액에서 빠진 시가초과액은 「법인세법」 제67조와 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 귀속자에게 처분됩니다. 귀속자가 임원 또는 직원이면 상여, 임원·직원이 아닌 주주이면 배당, 법인이나 사업을 영위하는 개인이면 기타사외유출, 그 밖의 자이면 기타소득이 되므로 법인 대표가 매도인인 거래에서는 상여 처분이 원칙적인 결과입니다.

대표의 양도가액을 시가로 보는 조문

「소득세법」 제96조 제1항은 양도가액을 양도자와 양수자 간의 실지거래가액으로 정하지만 제3항 제1호는 거주자가 「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있으면 같은 법 제52조에 따른 시가를 실지거래가액으로 본다고 정합니다. 법인 단계에서 상여로 처분된 금액이 양도소득에서 다시 과세되지 않도록 양도가액을 시가로 끌어내리는 조정 규정입니다.

그 결과 대표가 받은 대금은 두 부분으로 나뉘어 시가까지는 양도소득, 시가 초과분은 근로소득으로 과세됩니다. 양도소득세는 보유기간과 자산 종류에 따라 세율과 공제가 정해지지만 상여는 다른 근로소득과 합산되어 종합소득세율이 적용되고 법인이 원천징수 의무를 지므로 같은 금액이라도 세후 결과와 신고 절차가 달라집니다.

시가를 무엇으로 정하는지

이 조문이 끌어오는 시가는 「법인세법」 제52조 제2항의 시가이고 같은 법 시행령 제89조가 그 순서를 정합니다. 부동산은 제3자 간 거래가격이 없으면 감정평가법인등의 감정가액이 먼저 적용되고 주식은 감정가액이 제외되어 「상속세 및 증여세법」 준용 평가액으로 넘어가므로 자산 종류에 따라 거래 전에 준비할 평가 자료가 다릅니다.

2026년 개정된 제3항 제2호

2025년 12월 23일 공포된 법률 제21221호는 특수관계법인 외의 자에게 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우를 정한 제3항 제2호를 고쳤습니다. 종전에는 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액만 양도가액에서 뺐으나 현행 문안은 가목에 그 증여재산가액을, 나목에 「법인세법」 제67조에 따라 해당 거주자의 배당 등으로 처분된 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액을 두어 두 가지 모두를 양도가액에서 빼도록 정하고 있습니다.

부칙 제6조는 이 개정규정을 법 시행일인 2026년 1월 1일 이후 자산을 양도하는 경우부터 적용한다고 정합니다. 나목의 구체적인 금액은 대통령령에 위임되어 있으므로 해당 유형의 거래라면 시행령 문안을 확인한 뒤 양도가액을 계산해야 합니다.

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-30 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다. 매도인이 임원인지 주주인지와 거래 자산의 시가 산정 방법에 따라 처분 유형과 세액이 달라지므로 거래 전에 평가 자료를 갖추어 검토하세요.

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