연금계좌 인출순서와 세액공제 한도 초과 납입액의 과세제외

법인 운영과 자금

연금계좌에서 일부 금액을 인출하면 소득세법 시행령 제40조의3 제1항에 따라 과세제외금액, 이연퇴직소득, 세액공제를 받은 납입액과 운용수익 순서로 인출된 것으로 보며 세액공제 한도를 넘겨 납입한 금액은 과세제외금액이어서 먼저 인출됩니다.

연금계좌에서 일부만 인출하면 어떤 금액부터 나간 것으로 보나요?

소득세법 시행령 제40조의3 제1항은 연금계좌에서 일부 금액이 인출되는 경우 소득세법 제20조의3 제1항 제2호 각 목에 해당하지 아니하는 금액인 과세제외금액이 첫째로, 이연퇴직소득이 둘째로, 같은 호 나목부터 라목까지의 금액이 셋째로 인출되는 것으로 본다고 정하고 있습니다. 가입자가 어느 금액을 인출할지 지정하는 구조가 아니고 법령이 인출 순서를 간주하므로, 연금계좌에 세액공제를 받은 납입액과 세액공제를 받지 않은 납입액과 퇴직소득이 함께 들어 있다면 인출 순서에 따라 같은 인출액에도 과세 대상 금액이 달라집니다.

과세제외금액 안에서도 제2항이 순서를 다시 정하며 인출된 날이 속하는 과세기간에 납입한 연금보험료가 가장 먼저이고, 그 과세기간에 납입한 전환금액이 다음이고, 해당 연금계좌만 있다고 가정할 때 연금계좌세액공제 한도액을 초과하는 납입액이 그 다음이며, 이들 외에 세액공제를 받지 아니한 연금보험료가 마지막입니다. 마지막 항목은 소득세법 시행령 제201조의10에 따라 확인되는 금액만 해당하고 확인되는 날부터 과세제외금액으로 봅니다.

세액공제 한도를 넘겨 납입한 금액은 인출할 때 과세되나요?

소득세법 제59조의3 제1항 단서는 연금저축계좌에 납입한 금액이 연 600만원을 넘으면 초과분을 세액공제 대상에서 없는 것으로 보고 연금저축 600만원 이내 금액과 퇴직연금계좌 납입액을 합한 금액이 연 900만원을 넘는 경우에도 같다고 정하고 있습니다. 이렇게 공제를 받지 못한 납입액은 같은 법 제20조의3 제1항 제2호 나목의 세액공제를 받은 납입액에 해당하지 않으므로 연금소득이 되지 않고 소득세법 시행령 제40조의3 제2항 제3호에 따라 과세제외금액으로 먼저 인출됩니다.

연금저축에 한 해 900만원을 넣었다면 인출 때는 어떻게 되나요?

해당 연금저축계좌만 있다고 가정하면 연금계좌세액공제 한도액은 600만원이므로 초과한 300만원이 과세제외금액이 되고 이후 계좌에서 인출이 일어나면 이 300만원이 이연퇴직소득이나 세액공제를 받은 금액보다 먼저 인출된 것으로 처리됩니다. 계좌에 세액공제를 받은 600만원과 운용수익 100만원이 더 있고 400만원을 인출한다면 300만원은 과세제외금액에서 나가고 나머지 100만원만 소득세법 제20조의3 제1항 제2호 나목 또는 다목의 금액으로 보아 연금수령이면 연령별 원천징수세율이, 연금외수령이면 기타소득 100분의 15가 적용됩니다. 세액공제를 받지 않은 납입액은 소득세법 시행령 제201조의10 제1항에 따라 연금계좌에서 인출하려는 사람이 관할 세무서장에게 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서를 신청해 발급받아 원천징수의무자에게 제출해야 하고 같은 조 제2항에 따라 원천징수의무자가 납입액 중 공제받은 금액을 초과하는 부분을 과세제외금액으로 확인합니다.

세액공제를 받은 한도 이내의 납입액은 같은 영 제40조의3 제4항에 따라 납입일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간 개시일부터 세액공제를 받은 금액으로 보며 납입한 과세기간에 연금수령 개시를 신청한 날이 속하면 그 신청일부터 세액공제를 받은 금액으로 봅니다.

계좌 평가액이 원금보다 줄었다면 인출 순서는 어떻게 되나요?

소득세법 시행령 제40조의3 제5항은 연금계좌의 운용에 따라 계좌에 있는 금액이 원금에 미달하는 경우 계좌의 금액은 원금이 제1항의 인출순서와 반대의 순서로 차감된 후의 금액으로 본다고 정하고 있습니다. 평가액이 줄어든 계좌에서는 세액공제를 받은 금액이 먼저 줄어드는 것으로 계산하고 과세제외금액이 마지막으로 줄어드는 것으로 계산하므로 손실이 난 계좌의 인출액에 포함되는 과세제외금액의 비중이 커질 수 있습니다.

연금계좌에서 인출하기 전에 확인할 4가지

같은 인출액이라도 계좌에 든 금액의 종류에 따라 과세 대상이 달라집니다.

1. 세액공제 한도를 넘겨 납입한 금액이 있습니다. 이 금액은 과세제외금액이어서 가장 먼저 인출된 것으로 보므로 한도 초과 납입분이 얼마인지 확인합니다.
2. 연금계좌에 퇴직소득과 세액공제를 받은 납입액이 함께 들어 있습니다. 인출 순서는 가입자가 고를 수 없고 과세제외금액, 이연퇴직소득, 세액공제를 받은 금액 순으로 법령이 간주합니다.
3. 세액공제를 받지 않고 납입한 금액이 있습니다. 공제확인서를 신청해 원천징수의무자에게 제출해야 과세제외금액으로 확인됩니다.
4. 계좌 평가액이 원금보다 줄었습니다. 원금이 인출 순서와 반대로 차감되어 인출액에 포함되는 과세제외금액의 비중이 커질 수 있습니다.

한도 초과 납입분이 여러 계좌에 나뉜 경우에는 시행령 제201조의10 제3항의 계산이 따로 적용됩니다.

상담 때 아래 자료가 있으면 인출액의 과세 대상을 첫 자리에서 같이 나눠 볼 수 있습니다.

• 연금계좌의 연도별 납입 내역
• 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서
• 연말정산 때 세액공제를 받은 내역
• 계좌 평가액과 인출 내역

다 갖추지 않아도 됩니다. 연금계좌의 연도별 납입 내역 하나로 시작해도 됩니다.

연금계좌의 인출 순서 계산과 과세제외금액 확인은 세무기장전문센터에서 같이 봅니다.

상담 신청 · 02-516-3830

연금계좌와 퇴직급여는 아래 글에서 이어서 볼 수 있습니다.

관련 서비스 · 세무기장전문센터(법인기장·결산)

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-09 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.