병의원 공동개원 탈퇴 정산금의 소득 구분과 원천징수

병·의원 세무

공동개원한 의원에서 탈퇴하는 원장이 남는 원장에게서 받는 정산금 중 영업권 대가는 병원 건물이나 토지 지분이 함께 넘어가지 않으면 소득세법 제21조제1항제7호의 기타소득이 되고 건물이나 토지 지분과 함께 넘어가면 소득세법 제94조제1항제4호가목의 양도소득이 됩니다.

탈퇴 정산금의 구성과 소득 구분

공동개원은 원장들이 출자해 공동사업을 경영하는 구조이며 한 원장이 동업관계를 정산하면서 자기 지분에 상당하는 대가를 받으면 조세심판원은 그 지분이 사실상 유상양도된 것으로 봅니다(조심-2012-부-0803, 2012. 12. 3.). 정산금에는 출자금과 그동안 쌓인 순자산 중 자기 몫, 의료기기·인테리어·비품 지분, 환자와 입지에서 나오는 영업권, 병원 건물·토지를 공동 소유했다면 그 지분 대가가 함께 들어 있습니다. 항목마다 소득 구분이 다릅니다.

소득세법 시행령 제41조제3항은 기타소득이 되는 영업권에서 소득세법 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권을 제외하고 소득세법 제94조제1항제4호가목은 영업권을 별도로 평가하지 않았더라도 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권까지 양도소득 과세대상에 넣습니다. 건물·토지 지분이나 등기된 부동산임차권 없이 임차 건물에서 개원한 의원이면 영업권 대가는 기타소득에 해당합니다. 건물을 공동 소유한 의원이면 계약서에 영업권을 적지 않아도 양도소득으로 과세될 수 있습니다.

영업권 대가를 기타소득으로 본 결정례

조세심판원 2017중1357 사건에서 두 원장은 각자 출자해 병원을 공동으로 운영하다가 동업관계를 종료하면서 병원 자산가치 평가액의 50%를 한 원장이 다른 원장에게 지급하고 병원은 남는 원장이 단독으로 운영하기로 합의했으며 지급액을 둘러싼 소송 끝에 법원 조정으로 금액이 확정되었습니다. 평가기관의 평가에서 유형자산은 집기·비품 등 소액이었고 나머지는 무형자산인 영업권 평가액이었습니다. 조세심판원은 합의서가 권리금을 포함한 지분가액을 평가해 지분을 넘기도록 정했고 지급한 원장이 그 금액을 영업권으로 계상해 상각했으며 탈퇴 원장도 기타소득으로 수정신고했다는 이유로 소득세법 제21조제1항제7호의 기타소득으로 보았고 지급명세서를 내지 않은 지급 원장에게 가산세를 부과한 처분을 유지했습니다(조심-2017-중-1357, 2017. 12. 18.). 장래 사업소득을 추정한 보상금이라는 주장은 받아들여지지 않았습니다.

필요경비와 지급 원장의 원천징수

소득세법 시행령 제87조제1호의2는 소득세법 제21조제1항제7호의 기타소득에 받은 금액의 100분의 60을 필요경비로 인정하고 실제 필요경비가 그보다 크면 그 초과액도 필요경비에 넣습니다. 지급하는 원장은 소득세법 제127조제1항제6호에 따라 기타소득을 원천징수하며 세율은 소득세법 제129조제1항제6호라목의 100분의 20입니다. 지급명세서는 소득세법 제164조제1항에 따라 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일까지 내야 하고 제출하지 않으면 소득세법 제81조의11제1항제1호가목에 따라 지급금액의 100분의 1(기한 후 3개월 이내 제출하면 1천분의 5)을 가산세로 냅니다. 지급 원장이 취득한 영업권은 소득세법 시행령 제62조제2항제2호가목의 감가상각자산입니다.

건물·토지 지분이 함께 넘어간 결정례

조세심판원 2015전0253 사건의 청구인은 분양받은 부동산을 사업장으로 하여 다른 원장 3명과 병원을 공동 운영하다가 동업계약을 해지하면서 부동산을 포함한 사업장 지분 전부를 동업자들에게 넘기고 동업해지정산금을 받은 뒤 부동산 양도가액만 신고했습니다. 처분청은 정산금에서 순자산가액을 뺀 금액을 영업권으로 보고 재무상태표상 부동산과 의료기기·비품의 장부가액 비율로 안분해 부동산과 함께 양도한 영업권을 양도가액에 더했습니다. 조세심판원은 영업권을 별도로 평가하지 않았더라도 사회통념상 함께 양도된 것으로 인정되면 양도소득세 과세대상이고 청구인이 낸 의료기기 추정견적은 객관적 교환가치를 반영한 시가로 보기 어렵다고 판단해 처분을 유지했습니다(조심-2015-전-0253, 2015. 8. 20.). 영업권 안분에 결산서상 장부가액을 쓴 계산도 정당하다고 보았습니다.

출자지분 환급 해당분의 제외

조세심판원 2012부0803 사건에서는 두 원장이 병원 토지·건물을 공동 소유하며 동업하다가 한 원장이 다른 곳에서 새로 개원하고 남는 원장이 기존 병원을 운영하는 방식으로 정산했습니다. 조세심판원은 동업관계 정산으로 받은 대가를 영업권을 포함한 사업용 고정자산의 유상양도로 보면서도 정산대금 중 청구인 몫으로 분배받아야 할 부채와 당좌자산 등 해당분은 양도차익에서 빼도록 경정을 결정했습니다. 기타소득으로 보아야 한다는 예비적 주장은 심리하지 않았습니다.

의료기기 지분 대가의 검토

소득세법 제19조제1항제20호는 소득세법 제160조제3항의 복식부기의무자가 차량 및 운반구 등 대통령령으로 정하는 사업용 유형자산을 양도하여 생긴 소득을 사업소득으로 정합니다. 공동사업 탈퇴로 의료기기 지분을 넘기는 대가에 이 조항을 적용한 해석례는 이번 조회에서 확인하지 못했습니다. 정산계약서에는 영업권, 의료기기·비품, 건물·토지, 출자금 환급을 나눠 가액을 적고 평가 근거를 붙여 두세요.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026년 9월 14일 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령이며 결정례는 같은 날 국세법령정보시스템에서 실재를 확인했습니다. 조세심판원 결정은 해당 사실관계에 대한 판단입니다.

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