「의료법」에 따른 의료법인은 상속세 및 증여세법상 공익법인등이므로 출연받은 재산의 가액을 증여세 과세가액에 산입하지 않습니다. 대신 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 하고 출연자와 그 친족에게 그 재산을 사용하게 하면 그 가액에 증여세가 즉시 부과됩니다.
의료법인이 공익법인등에 들어가는 근거
「상속세 및 증여세법」 제16조 제1항은 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자를 공익법인등으로 부르고 그 범위를 대통령령에 위임하고 있습니다. 위임을 받은 같은 법 시행령 제12조는 공익법인등을 열 개 호로 열거하고 있으며 제4호가 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업입니다. 의료법인은 별도의 지정이나 고시 절차 없이 이 호만으로 공익법인등에 해당합니다.
상증법 제48조 제1항 본문은 공익법인등이 출연받은 재산의 가액을 증여세 과세가액에 산입하지 아니하도록 정합니다. 개인이 의료법인에 부동산이나 의료장비, 현금을 출연하는 경우 출연 단계에서는 증여세가 붙지 않고 사후관리 요건을 지키지 못한 때에 과세가 일어나는 구조입니다.
주식으로 출연할 때의 한도
같은 항 단서는 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 출연받은 경우를 따로 정합니다. 출연받은 주식등과 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하던 동일한 내국법인의 주식등, 출연자와 그 특수관계인이 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하면 초과 가액을 증여세 과세가액에 산입합니다.
| 공익법인등의 구분 | 발행주식총수등 대비 비율 |
|---|---|
| 원칙 | 100분의 10 |
| 의결권 미행사와 자선ㆍ장학ㆍ사회복지 목적 요건을 모두 갖춘 경우 | 100분의 20 |
| 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있는 경우 | 100분의 5 |
| 제48조 제11항 각 호의 요건을 충족하지 못하는 경우 | 100분의 5 |
3년 이내 사용 의무
상증법 제48조 제2항 제1호는 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 계속하여 사용하지 아니하는 경우 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 정합니다. 여기서 출연받은 재산에는 그 재산을 원본으로 취득한 재산과 수익용ㆍ수익사업용으로 운용하여 발생한 소득으로 취득한 재산, 매각대금으로 취득한 재산이 모두 포함되므로 출연재산을 처분하고 다른 자산으로 대체하더라도 사후관리가 이어집니다.
직접 공익목적사업에 사용한다는 뜻
시행령 제38조 제2항은 직접 공익목적사업에 사용하는 것을 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 정하면서 「법인세법 시행령」 제56조 제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액과 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설의 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비를 대상에서 뺍니다. 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에 출연하는 것은 직접 사용에 포함됩니다.
상속세 및 증여세법 제16조 제1항ㆍ제2항 제2호 · 제48조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제5항ㆍ제8항 · 제78조 제3항ㆍ제6항ㆍ제9항 · 같은 법 시행령 제12조 제4호 · 제38조
· 3년을 넘길 사정이 있으면 먼저 보고하세요.
· 제48조 제2항 제1호 단서가 부득이한 사유를 인정하는 전제는 제5항 보고서 제출 시 관할세무서장에게 그 사실을 보고하는 것입니다.
· 시행령 제38조 제3항은 부득이한 사유를 주무부장관이 인정한 경우와 인가ㆍ허가 관련 소송 등으로 사용이 곤란한 경우 두 가지로 한정합니다.
· 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용해야 과세 대상에서 빠집니다.
출연자와 친족이 사용하는 경우
상증법 제48조 제3항은 출연받은 재산과 운용소득, 매각대금을 출연자 및 그 친족, 출연자가 출연한 다른 공익법인등, 이들과 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에게 임대차, 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용ㆍ수익하게 하는 경우 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 정합니다. 출연한 건물의 일부를 출연자 가족이 운영하는 약국이나 임상검사 업체에 임대하는 형태가 이 조항의 적용 대상입니다. 공익법인등이 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령으로 정하는 경우는 단서에 따라 제외됩니다.
이사 구성 제한과 가산세
제48조 제8항은 출연자 또는 그의 특수관계인이 대통령령으로 정하는 공익법인등의 현재 이사 수의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 그 공익법인등의 임직원이 되는 경우 제78조 제6항에 따른 가산세를 부과하도록 정하며 현재 이사 수가 5명 미만이면 5명으로 봅니다. 제78조 제6항의 가산세는 그 사람과 관련하여 지출된 대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 부과하는 방식이라 급여와 복리후생비가 그대로 가산세가 됩니다.
이사 다섯 명 중 두 명이 출연자 측이면 한도를 넘습니다.
제48조 제8항 단서는 사망 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 초과하게 된 경우 그 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임하면 가산세를 부과하지 않도록 정합니다.
설립 시점의 이사 명부와 임직원 명부를 함께 관리하세요.
운용소득과 의무지출
출연재산을 수익용으로 운용한 뒤의 사용 기준도 조문에 있습니다. 제48조 제2항 제5호는 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우를 제78조 제9항 가산세 대상으로 정하고 시행령 제38조 제5항은 그 기준금액을 운용소득의 100분의 80에 상당하는 금액으로 정합니다. 제2항 제7호는 대통령령으로 정하는 출연받은 재산의 가액에 100분의 1을 곱한 기준금액에 미달하여 직접 공익목적사업에 사용한 경우를 같은 가산세 대상으로 삼으며 제78조 제9항의 가산세율은 미달 사용액의 100분의 10입니다.
보고 의무는 제48조 제5항에 있습니다. 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 관할세무서장에게 제출해야 하고 제출하지 않거나 내용이 불분명하면 제78조 제3항에 따라 그 부분에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1을 징수합니다.
보유 주택의 종합부동산세와 연결되는 지점
공익법인등에 해당하면 보유세에서도 차이가 생깁니다. 「종합부동산세법」 제9조 제2항 제1호는 상증법 제16조에 따른 공익법인등이 직접 공익목적사업에 사용하는 주택만을 보유한 경우 같은 조 제1항 제1호의 누진세율을 적용하도록 정하고 있어, 법인에 적용되는 1천분의 27 또는 1천분의 50의 단일세율을 적용받지 않습니다. 의료법인이 사택이나 기숙사를 보유하고 있다면 직접 공익목적사업 사용 여부가 증여세 사후관리와 종합부동산세 세율 판정에서 같은 사실관계로 쓰입니다.
· 공익법인 주식 출연 한도와 초과분 상속세 과세가액 산입
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· 사내근로복지기금 출연과 주식가치, 잔여재산 귀속
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-09-20 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.
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