주식 양도소득세 대주주 판정 기준과 상장 50억원 비상장 10억원

승계 전략

소득세법 시행령 제157조는 주권상장법인의 대주주를 직전 사업연도 종료일 현재 지분율 1% 이상 또는 시가총액 50억원 이상인 주주로 정하고 소득세법 시행령 제167조의8은 비상장법인의 대주주를 지분율 4% 이상 또는 시가총액 10억원 이상인 주주로 정하고 있습니다.

대주주 여부는 주식 양도소득세 과세에 어떤 영향을 주나요?

소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 주식등과 대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등을 양도소득의 범위에 넣고 있습니다. 상장주식을 증권시장에서 거래하는 대주주 아닌 투자자의 양도차익은 이 조문의 과세 범위에 들어오지 않으므로 상장주식 양도소득세 과세 여부는 대주주 판정에 따라 달라집니다.

같은 호 나목은 주권비상장법인의 주식등을 원칙적으로 양도소득 과세 대상으로 두되 한국금융투자협회가 행하는 장외매매거래로 양도하는 중소기업과 중견기업의 주식등은 대주주에 해당하지 아니하는 자에 한해 제외하고 있습니다.

상장법인의 대주주는 어떤 기준으로 판정하나요?

시행령 제157조 제1항은 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식 비율이 100분의 1 이상이거나 그 주식등의 시가총액이 50억원 이상이면 대주주로 정하고 있습니다. 제2항은 코스닥시장상장법인의 경우 소유주식의 비율 100분의 2 이상 또는 시가총액 50억원 이상, 코넥스시장상장법인의 경우 100분의 4 이상 또는 시가총액 50억원 이상으로 정하고 있습니다.

시가는 상장법인의 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이며 그 날의 최종시세가액이 없으면 직전거래일의 최종시세가액에 따릅니다(제157조 제4항 제1호). 판정 기준일이 양도일이 아니라 직전 사업연도 종료일이므로 양도 시점의 주가나 보유 수량과는 다른 날의 수치로 대주주 여부가 정해집니다.

가족과 특수관계인의 주식은 합산하나요?

제157조 제1항 제1호 단서는 주주 1인과 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자의 소유주식 비율 합계가 주주 1인등 중에서 최대인 경우 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 각 호의 사람과 같은 항 제3항 제1호에 해당하는 자(주권상장법인기타주주)를 함께 대주주로 보도록 정하고 있습니다. 시가총액 50억원 기준에도 같은 구조의 단서가 있어 본인 지분이 기준에 미달하더라도 합산 결과로 대주주에 해당하는 경우가 생길 수 있습니다.

비상장법인의 대주주 기준과 예외는 무엇인가요?

소득세법 시행령 제167조의8 제1항 제2호는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주의 소유주식 비율 합계가 100분의 4 이상이거나 그 주식등의 시가총액이 10억원 이상인 경우를 대주주로 정하며 벤처기업의 주식등은 시가총액 기준을 40억원으로 올려 적용합니다. 이 경우 시가는 같은 조 제2항에 따라 소득세법 시행령 제165조 제4항의 평가액을 씁니다.

직전 사업연도 종료일 현재에는 기준에 미달했더라도 그 후 주식등을 취득하여 지분율 합계가 기준 이상이 되면 취득일 이후의 주주를 대주주로 본다는 규정이 상장법인(제157조 제9항)과 비상장법인(제167조의8 제1항 제2호 가목 후단) 양쪽에 있습니다.

합병과 분할이 끼어 있는 경우에는 피합병법인 주주가 합병법인의 신주를 받아 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도할 때 합병등기일 현재의 주식보유 현황에 따르며(소득세법 시행령 제167조의8 제3항) 분할의 경우도 분할등기일 현재의 보유 현황에 따릅니다(같은 조 제4항). 주식을 일정 기간 후 같은 종류와 수량으로 반환받는 조건으로 대여한 경우에는 대여한 날부터 반환받은 날까지 그 주식을 대여자의 주식으로 봅니다(같은 조 제5항).

주식 양도소득세 대주주 판정에서 확인할 4가지

같은 주식 양도라도 아래에 따라 대주주 기준과 판정 방법이 달라집니다.

1. 코스닥시장 상장주식을 보유하고 있습니다. 지분율 기준은 2% 이상이고 시가총액 기준은 상장법인과 같은 50억원입니다. 코넥스시장은 지분율 4% 이상을 적용합니다.
2. 비상장주식을 양도합니다. 지분율 4% 이상 또는 시가총액 10억원 이상이면 대주주이며 벤처기업 주식은 시가총액 기준이 40억원입니다.
3. 본인 지분은 기준에 못 미치지만 가족 등 특수관계인이 주식을 보유하고 있습니다. 합산한 지분율이 최대인 경우 함께 대주주로 보므로 합산 대상부터 확인합니다.
4. 직전 사업연도 종료일에는 기준에 미달했으나 이후 주식을 더 취득했습니다. 취득일 이후의 주주를 대주주로 보는 규정이 있으므로 판정일 이후 취득분도 점검합니다.

합병이나 분할이 끼어 있으면 합병등기일과 분할등기일 현재의 보유 현황에 따릅니다.

주식을 대여한 경우 대여한 날부터 반환받은 날까지는 대여자의 주식으로 봅니다.

상담 때 아래 자료가 있으면 대주주 여부를 첫 자리에서 같이 판정할 수 있습니다.

• 직전 사업연도 종료일 현재의 주주명부 또는 주식 보유 현황
• 직전 사업연도 종료일 현재의 보유 주식 수와 최종시세가액 내역 (상장주식)
• 가족과 특수관계인의 보유 주식 내역
• 비상장법인의 최근 재무제표와 주식 평가 자료

다 갖추지 않아도 됩니다. 직전 사업연도 종료일 현재 보유 주식 수 하나로 시작해도 됩니다.

대주주 판정과 주식 양도 시점의 세금 검토는 상증센터 가업승계 컨설팅에서 같이 봅니다.

상담 신청 · 02-516-3830

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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 본문의 조문은 2026-10-10 국가법령정보센터 원문으로 확인한 현행 법령입니다.