같은 자산의 중복 공제와 최저한세, 이월공제의 활용

중소기업 세제 혜택

공제는 ‘자산별로 하나’, 보조금으로 산 설비는 그 금액만큼 공제 대상에서 빠집니다.

같은 기계 하나에 통합투자세액공제 말고 다른 공제도 겹쳐 받을 수 있나요? 정부 보조금 받아 산 설비는요?

같은 투자자산에 통합투자세액공제 등 둘 이상의 공제가 동시에 걸리면 그중 하나만 선택해야 하고 이때 중복 여부는 투자자산별로 판단합니다(§127②). 기계 A는 통합투자공제, 기계 B는 다른 특례로 나눠 적용할 수 있습니다. 또 국가 등으로부터 출연금·보조금을 받아 투자했거나, 국가가 이자를 대납·지원하는 융자로 투자한 경우, 공사부담금을 받아 투자한 경우에는 그 지원받은 금액을 투자금액(취득금액)에서 차감한 뒤 공제를 계산합니다(§127①). 예컨대 10억원 설비 중 3억원을 정부 보조금으로 충당했다면 통합투자공제(중소기업 기본공제율 10%)는 7억원에만 적용되어 7,000만원이 됩니다. 성격이 다른 공제끼리, 즉 통합투자공제와 통합고용공제는 대상 자체가 달라 같은 해에 함께 받을 수 있습니다. 적용기한은 제도마다 다릅니다. 통합투자세액공제는 일반 투자분에 별도 기한이 없고 국가전략기술·반도체 분야 시설만 2029년 12월 31일까지 투자한 분에 우대 공제율이 적용되며(조특법 §24①2호), 통합고용세액공제는 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 적용됩니다(§29의8①).

감면·공제 다 합치면 낼 세금이 없는데도 세무사가 세금이 나온다고 합니다. 왜 그런가요?

아무리 감면을 쌓아도 뚫을 수 없는 바닥이 있습니다. 중소기업은 과세표준의 7%.

최저한세 제도 때문입니다. 조특법상 준비금·소득공제·세액공제·감면을 적용한 후의 세액이, 감면 전 과세표준에 최저한세율을 곱한 금액보다 작으면 그 미달액만큼 감면·공제가 부인됩니다(조특법 §132). 최저한세율은 중소기업 7%(졸업 후 유예기간 5년까지 7%, 이후 1~3년차 8%, 4~5년차 9%), 일반기업은 과세표준 100억원 이하 10%, 1천억원 이하 12%, 1천억원 초과 17%입니다. 개인사업자는 감면 전 산출세액 3천만원 이하분 35%, 초과분 45%가 하한입니다(§132②). 예를 들어 과세표준 5억원인 중소법인의 산출세액이 8,000만원(2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 세율 기준)이고 감면·공제 합계가 6,000만원이면 감면 후 세액은 2,000만원이지만 최저한세는 5억원의 7%인 3,500만원이므로 1,500만원어치 감면·공제가 그 해에는 잘립니다. 다만 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제, 수도권 밖 공장·본사 이전 감면(§63, §63의2) 등 최저한세 적용제외 항목은 이 바닥을 뚫고 전액 적용됩니다.

최저한세에 걸려서 못 쓴 공제는 그냥 날아가는 건가요?

공제는 10년을 기다려주지만 감면은 그 자리에서 소멸합니다. 그래서 적용 순서가 돈입니다.

항목에 따라 이월 여부가 달라집니다. 최저한세 때문에 공제받지 못한 세액공제(통합투자·통합고용·연구인력개발비 등)는 이후 10년간 이월해서 쓸 수 있습니다(조특법 §144). 반면 세액감면(창업감면·특별세액감면 등)은 이월 규정이 없어 그 해에 못 쓰면 그대로 소멸합니다. 따라서 감면과 공제가 함께 최저한세 한도에 몰리는 해에는, 이월이 안 되는 감면을 먼저 소진하고 이월 가능한 공제가 잘리도록 배치하는 것이 유리합니다. 신고 때는 납세자가 어떤 항목을 부인당할지 스스로 정할 수 있지만 무신고·경정 등으로 과세관청이 배제할 때는 손금산입·익금불산입, 세액공제, 세액면제·감면, 소득공제·비과세의 법정 순서를 따릅니다(조특령 §126⑤). 이월된 공제액은 이후 연도에도 해당 연도분보다 먼저 공제하는 것이 원칙입니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 실행 전에는 반드시 실행 시점의 현행 법령을 기준으로 개별 검토가 필요합니다.

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